ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Penta-nucleotide Imperfect Repeats of Silene vulgaris mitochondrion chromosome 1

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016406	AAAAG	9	8324	8367	44	80 %	0 %	20 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_016406	TTAAA	3	11759	11773	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016406	AGCGA	3	25488	25502	15	40 %	0 %	40 %	20 %	6 %	Non-Coding
4	NC_016406	TTTTA	3	29449	29463	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
5	NC_016406	ATACG	3	30865	30878	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	35796732
6	NC_016406	CAATA	3	34823	34837	15	60 %	20 %	0 %	20 %	0 %	35796732
7	NC_016406	CTTTT	3	42933	42946	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	35796732
8	NC_016406	TCCTA	4	49428	49447	20	20 %	40 %	0 %	40 %	5 %	35796732
9	NC_016406	GGCTT	3	58614	58627	14	0 %	40 %	40 %	20 %	7 %	35796732
10	NC_016406	TTTTA	3	62769	62783	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	35796732
11	NC_016406	CCCTA	3	63730	63743	14	20 %	20 %	0 %	60 %	7 %	35796732
12	NC_016406	CTATA	3	73035	73049	15	40 %	40 %	0 %	20 %	0 %	35796732
13	NC_016406	GTATG	4	74244	74262	19	20 %	40 %	40 %	0 %	5 %	35796732
14	NC_016406	TAAAT	4	78569	78588	20	60 %	40 %	0 %	0 %	5 %	35796732
15	NC_016406	CAAAG	3	82405	82419	15	60 %	0 %	20 %	20 %	0 %	35796732
16	NC_016406	TTATA	4	82922	82940	19	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	35796732
17	NC_016406	AGAAT	5	88088	88111	24	60 %	20 %	20 %	0 %	8 %	35796732
18	NC_016406	TTAAA	3	97549	97563	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	35796732
19	NC_016406	CTTAA	4	117660	117679	20	40 %	40 %	0 %	20 %	5 %	35796732
20	NC_016406	TTTAA	3	123283	123296	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	35796732
21	NC_016406	CTTCT	3	125064	125077	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	35796732
22	NC_016406	TAAAT	3	133772	133786	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	35796732
23	NC_016406	AACTT	3	138886	138900	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	35796732
24	NC_016406	TTCAA	3	154770	154783	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	35796732
25	NC_016406	CCTTA	3	156104	156117	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	35796732
26	NC_016406	TATGA	3	159115	159129	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	35796732
27	NC_016406	ATTAA	3	161670	161684	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	35796732
28	NC_016406	GAAAA	4	166545	166564	20	80 %	0 %	20 %	0 %	0 %	35796732
29	NC_016406	GAAAA	4	181353	181372	20	80 %	0 %	20 %	0 %	0 %	35796732
30	NC_016406	CAAAG	4	183689	183708	20	60 %	0 %	20 %	20 %	0 %	35796732
31	NC_016406	ATTAT	3	184010	184024	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	35796732
32	NC_016406	GAAAT	6	196612	196641	30	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	35796732
33	NC_016406	TAATA	3	214560	214574	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	35796732
34	NC_016406	TAGTA	3	214650	214665	16	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	35796732
35	NC_016406	TTTAA	3	220486	220500	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	35796732
36	NC_016406	AATTT	3	220503	220517	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	35796732
37	NC_016406	TCCTA	3	225936	225950	15	20 %	40 %	0 %	40 %	0 %	35796732
38	NC_016406	ATATT	3	228597	228611	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	35796732
39	NC_016406	AAGGA	3	232400	232414	15	60 %	0 %	40 %	0 %	0 %	35796732
40	NC_016406	ATTCA	3	238180	238194	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	35796732
41	NC_016406	CAAAA	3	240743	240757	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	35796732
42	NC_016406	TTATA	3	242504	242518	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	35796732
43	NC_016406	TCCTA	3	246562	246576	15	20 %	40 %	0 %	40 %	0 %	35796732
44	NC_016406	TATAT	4	252535	252554	20	40 %	60 %	0 %	0 %	5 %	35796732
45	NC_016406	AATTA	4	253919	253938	20	60 %	40 %	0 %	0 %	5 %	35796732
46	NC_016406	TAAAA	3	254129	254143	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	35796732
47	NC_016406	AAGTG	3	255405	255418	14	40 %	20 %	40 %	0 %	7 %	35796732
48	NC_016406	TAACA	3	259948	259961	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	35796732
49	NC_016406	AAATG	3	261604	261617	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	35796732
50	NC_016406	AGGAT	3	282756	282770	15	40 %	20 %	40 %	0 %	0 %	35796732
51	NC_016406	AAAGG	3	285035	285050	16	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	35796732
52	NC_016406	ATATA	4	287021	287039	19	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	35796732
53	NC_016406	AGTCA	3	287250	287263	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	35796732
54	NC_016406	AATTA	4	288628	288647	20	60 %	40 %	0 %	0 %	5 %	35796732
55	NC_016406	TTTTA	3	290091	290105	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	35796732
56	NC_016406	ATACG	3	291507	291520	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	35796732
57	NC_016406	TAGCA	3	291934	291948	15	40 %	20 %	20 %	20 %	0 %	35796732
58	NC_016406	CCCAA	8	294436	294476	41	40 %	0 %	0 %	60 %	9 %	35796732
59	NC_016406	TTTCT	3	302968	302981	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	35796732
60	NC_016406	ATAGA	4	304361	304379	19	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	35796732
61	NC_016406	AAGAG	3	306590	306604	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	35796732
62	NC_016406	CTTTT	3	326538	326552	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	35796732
63	NC_016406	TTAAA	3	329289	329303	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	35796732
64	NC_016406	ATTTA	3	334145	334159	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	35796732
65	NC_016406	AAATC	3	336446	336461	16	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	35796732
66	NC_016406	AAATT	3	340249	340262	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	35796732
67	NC_016406	TAAAA	3	345441	345455	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	35796732
68	NC_016406	GAAAA	3	347395	347409	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	35796732
69	NC_016406	ATTGT	11	355515	355569	55	20 %	60 %	20 %	0 %	3 %	35796732
70	NC_016406	CAAGG	3	364081	364095	15	40 %	0 %	40 %	20 %	6 %	Non-Coding
71	NC_016406	GCTAA	5	364370	364392	23	40 %	20 %	20 %	20 %	8 %	Non-Coding
72	NC_016406	ATGTT	3	369545	369558	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Penta-nucleotide Imperfect Repeats of Silene vulgaris mitochondrion chromosome 1