ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Silene vulgaris mitochondrion chromosome 1

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016406	TAAG	3	4161	4172	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016406	TCTT	4	4506	4521	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
3	NC_016406	CTTT	3	4950	4961	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016406	CATG	3	8929	8939	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016406	AGAA	3	11149	11160	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_016406	CTTT	4	11721	11736	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
7	NC_016406	AAAG	3	12197	12207	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_016406	AAGA	3	12725	12736	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_016406	CTTC	4	13500	13514	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
10	NC_016406	GCCT	3	16661	16671	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
11	NC_016406	GCCA	3	20232	20242	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	35796733
12	NC_016406	GAAC	3	22418	22428	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	35796733
13	NC_016406	CTTT	3	23039	23050	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35796733
14	NC_016406	TTTC	3	24498	24509	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	35796733
15	NC_016406	GGCT	3	24943	24955	13	0 %	25 %	50 %	25 %	7 %	Non-Coding
16	NC_016406	TTTA	3	29504	29515	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016406	AAAG	3	33684	33694	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	35796732
18	NC_016406	GGAC	3	34312	34322	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	35796732
19	NC_016406	TACT	3	35764	35775	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35796732
20	NC_016406	AAGG	3	47163	47174	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	35796732
21	NC_016406	CTTT	3	50506	50517	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	35796732
22	NC_016406	AGTA	3	50606	50616	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35796732
23	NC_016406	AGGA	3	52018	52029	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	35796732
24	NC_016406	CTAG	4	53417	53432	16	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	35796732
25	NC_016406	ACTG	3	55252	55263	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	35796732
26	NC_016406	CAGG	3	56507	56517	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	35796732
27	NC_016406	AGAA	3	58103	58114	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	35796732
28	NC_016406	ACGA	4	59507	59522	16	50 %	0 %	25 %	25 %	6 %	35796732
29	NC_016406	TTTA	3	62824	62835	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35796732
30	NC_016406	AAGA	3	64483	64494	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35796732
31	NC_016406	GGCT	3	64687	64698	12	0 %	25 %	50 %	25 %	8 %	35796732
32	NC_016406	ATTG	3	64722	64732	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	35796732
33	NC_016406	AGAT	3	65275	65285	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35796732
34	NC_016406	TAAG	3	65662	65672	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35796732
35	NC_016406	AAGA	3	72036	72047	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	35796732
36	NC_016406	GAAC	3	86689	86700	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	35796732
37	NC_016406	ATTC	3	88688	88699	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35796732
38	NC_016406	AAAG	3	89676	89687	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35796732
39	NC_016406	TTCT	3	92069	92080	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35796732
40	NC_016406	TACT	3	92432	92442	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	35796732
41	NC_016406	TCTT	3	94067	94078	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35796732
42	NC_016406	AATC	3	94445	94456	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	35796732
43	NC_016406	AAGA	4	95437	95451	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	35796732
44	NC_016406	AAGG	3	97165	97175	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	35796732
45	NC_016406	CTTC	3	97346	97357	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	35796732
46	NC_016406	TAAG	3	97478	97488	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35796732
47	NC_016406	TAAT	3	101067	101078	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35796732
48	NC_016406	TTTA	3	104334	104345	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35796732
49	NC_016406	TTCT	3	106096	106107	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	35796732
50	NC_016406	TATT	3	106392	106403	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35796732
51	NC_016406	AAAT	3	108483	108493	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	35796732
52	NC_016406	AAGC	3	110650	110660	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	35796732
53	NC_016406	TACT	3	111933	111943	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	35796732
54	NC_016406	AGAA	3	112497	112509	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	35796732
55	NC_016406	GAAA	3	112709	112720	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	35796732
56	NC_016406	TCTT	3	114031	114042	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35796732
57	NC_016406	TTTA	3	114797	114808	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	35796732
58	NC_016406	TTCC	3	120840	120851	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	35796732
59	NC_016406	GTAA	3	121407	121417	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35796732
60	NC_016406	TCTT	3	125496	125506	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35796732
61	NC_016406	GAAA	3	125613	125623	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	35796732
62	NC_016406	TTTC	3	129692	129703	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35796732
63	NC_016406	AAAT	3	129797	129808	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35796732
64	NC_016406	AGTT	3	131048	131059	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	35796732
65	NC_016406	CTTC	3	132749	132761	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	35796732
66	NC_016406	GTAA	3	134183	134194	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35796732
67	NC_016406	GGAC	3	136009	136020	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	35796732
68	NC_016406	CGAT	3	137071	137082	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	35796732
69	NC_016406	GAAA	3	147344	147355	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35796732
70	NC_016406	GGGA	3	147464	147475	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	35796732
71	NC_016406	TTGC	3	147745	147755	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	35796732
72	NC_016406	TCTT	3	148688	148699	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35796732
73	NC_016406	AGAA	3	149436	149447	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	35796732
74	NC_016406	TTAA	3	152579	152589	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35796732
75	NC_016406	AAAT	3	155669	155680	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35796732
76	NC_016406	TATG	3	156118	156129	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	35796732
77	NC_016406	TTGA	4	158751	158765	15	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	35796732
78	NC_016406	AAAT	3	162402	162413	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35796732
79	NC_016406	AGTT	3	163653	163664	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	35796732
80	NC_016406	CTTC	3	165354	165366	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	35796732
81	NC_016406	GAAA	3	165709	165719	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	35796732
82	NC_016406	CACT	3	166128	166139	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	35796732
83	NC_016406	TTCC	3	169894	169905	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	35796732
84	NC_016406	ACTC	3	171830	171840	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	35796732
85	NC_016406	AGCA	3	172799	172810	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	35796732
86	NC_016406	GAAG	3	173414	173426	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	35796732
87	NC_016406	TTTG	3	174424	174435	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	35796732
88	NC_016406	GCTT	3	174445	174455	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	35796732
89	NC_016406	GGTT	4	174771	174786	16	0 %	50 %	50 %	0 %	0 %	35796732
90	NC_016406	AAAT	3	177210	177221	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35796732
91	NC_016406	AGTT	3	178461	178472	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	35796732
92	NC_016406	CTTC	3	180162	180174	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	35796732
93	NC_016406	GAAA	3	180517	180527	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	35796732
94	NC_016406	CACT	3	180936	180947	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	35796732
95	NC_016406	GGAA	3	182795	182806	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	35796732
96	NC_016406	ATAG	3	184986	184996	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35796732
97	NC_016406	TGCT	3	185337	185347	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	35796732
98	NC_016406	CTTT	3	190362	190373	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35796732
99	NC_016406	CCTT	3	190924	190935	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	35796732
100	NC_016406	CTTT	3	191189	191201	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	35796732
101	NC_016406	AAAT	3	194747	194757	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	35796732
102	NC_016406	CAAA	4	195479	195494	16	75 %	0 %	0 %	25 %	6 %	35796732
103	NC_016406	ATGA	3	195545	195556	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35796732
104	NC_016406	AAAG	3	197100	197111	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35796732
105	NC_016406	ATTT	3	197584	197594	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	35796732
106	NC_016406	AAAG	3	198297	198307	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	35796732
107	NC_016406	TCGT	3	199442	199453	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	35796732
108	NC_016406	GATG	3	200096	200106	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	35796732
109	NC_016406	GAAA	3	200487	200498	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35796732
110	NC_016406	CTGA	3	204026	204036	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35796732
111	NC_016406	CTTT	3	204102	204113	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	35796732
112	NC_016406	GAAA	3	204903	204913	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	35796732
113	NC_016406	AATG	3	205657	205668	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35796732
114	NC_016406	CATT	3	206199	206209	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	35796732
115	NC_016406	TGAA	3	207033	207045	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	35796732
116	NC_016406	CTTT	3	211051	211062	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35796732
117	NC_016406	AGAT	4	212896	212911	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	35796732
118	NC_016406	AAAG	4	220523	220538	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	35796732
119	NC_016406	AAGG	3	221781	221791	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	35796732
120	NC_016406	CTTT	3	221978	221988	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35796732
121	NC_016406	TAAA	3	222247	222258	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35796732
122	NC_016406	TACC	3	222620	222631	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	35796732
123	NC_016406	ATAA	3	223067	223078	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35796732
124	NC_016406	GAAA	3	223477	223488	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35796732
125	NC_016406	AAAT	3	225488	225499	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35796732
126	NC_016406	CAAG	3	226217	226228	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	35796732
127	NC_016406	AGGA	3	230146	230157	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	35796732
128	NC_016406	TGTA	3	230298	230308	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	35796732
129	NC_016406	CTAA	3	230502	230513	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	35796732
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Silene vulgaris mitochondrion chromosome 1