ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Silene vulgaris mitochondrion chromosome 1

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016406	TTA	4	1850	1861	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_016406	GAT	5	5466	5480	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
3	NC_016406	ATC	4	12355	12366	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
4	NC_016406	AGA	4	13984	13995	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_016406	AGA	4	15180	15192	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_016406	ATC	4	17380	17391	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016406	ATT	4	19162	19173	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35796733
8	NC_016406	AAT	4	24747	24758	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_016406	TCT	4	26446	26456	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
10	NC_016406	TAT	4	28220	28230	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_016406	TGT	4	29862	29874	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_016406	ATA	4	30409	30419	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_016406	GCC	4	31757	31767	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	35796732
14	NC_016406	AAT	4	36051	36062	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35796732
15	NC_016406	ATC	4	38148	38158	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35796732
16	NC_016406	TAA	4	38427	38439	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	35796732
17	NC_016406	TAG	4	38563	38574	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
18	NC_016406	TCA	4	39595	39605	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35796732
19	NC_016406	CTT	4	40909	40920	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
20	NC_016406	CTT	4	40953	40963	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35796732
21	NC_016406	ATA	5	48855	48868	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	35796732
22	NC_016406	TTG	4	54674	54685	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
23	NC_016406	TAT	4	61540	61550	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	35796732
24	NC_016406	AGA	4	64861	64872	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
25	NC_016406	TTA	4	66780	66791	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35796732
26	NC_016406	TAT	4	67473	67483	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	35796732
27	NC_016406	TAA	4	72048	72059	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35796732
28	NC_016406	TTG	4	75229	75240	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
29	NC_016406	TAT	4	78586	78600	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	35796732
30	NC_016406	ATC	4	78680	78691	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
31	NC_016406	TGT	5	81783	81797	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	35796732
32	NC_016406	AAG	4	83932	83942	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35796732
33	NC_016406	CTT	4	84713	84724	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	35796732
34	NC_016406	CTT	4	85846	85857	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	35796732
35	NC_016406	AAG	4	86601	86611	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35796732
36	NC_016406	GAA	5	87512	87526	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	35796732
37	NC_016406	ACA	4	89092	89103	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
38	NC_016406	GGA	4	95630	95641	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	35796732
39	NC_016406	CTT	4	95758	95768	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35796732
40	NC_016406	TAG	5	100355	100369	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	35796732
41	NC_016406	GTA	5	102405	102418	14	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	35796732
42	NC_016406	CTT	4	102742	102752	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35796732
43	NC_016406	TTA	4	107646	107657	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35796732
44	NC_016406	TCT	4	109278	109289	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
45	NC_016406	TCT	4	111051	111061	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35796732
46	NC_016406	AGA	4	112018	112029	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
47	NC_016406	CTC	4	115679	115689	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	35796732
48	NC_016406	TTC	4	127459	127470	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
49	NC_016406	TTC	5	127849	127863	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	35796732
50	NC_016406	TCT	4	128207	128218	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
51	NC_016406	CTG	4	128750	128761	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35796732
52	NC_016406	CAT	4	128889	128900	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
53	NC_016406	CTT	4	128955	128966	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
54	NC_016406	ATC	4	129295	129306	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
55	NC_016406	ACT	4	129446	129457	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
56	NC_016406	AGA	4	133705	133716	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
57	NC_016406	CAG	4	134915	134926	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35796732
58	NC_016406	TTC	4	136234	136245	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
59	NC_016406	ATT	4	137768	137779	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35796732
60	NC_016406	CTT	4	141152	141164	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35796732
61	NC_016406	CTT	5	141717	141730	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35796732
62	NC_016406	ACT	4	142093	142103	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35796732
63	NC_016406	TGT	4	144864	144875	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
64	NC_016406	CTT	4	145728	145738	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35796732
65	NC_016406	CTT	4	150366	150376	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35796732
66	NC_016406	TAA	5	151758	151771	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	35796732
67	NC_016406	TAT	4	153105	153116	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35796732
68	NC_016406	AAG	5	154693	154708	16	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	35796732
69	NC_016406	CTG	4	155432	155443	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35796732
70	NC_016406	CTG	4	157645	157656	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35796732
71	NC_016406	TCT	5	160383	160397	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	35796732
72	NC_016406	CTT	4	161421	161432	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
73	NC_016406	TAT	6	166633	166649	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	35796732
74	NC_016406	GTT	4	167197	167209	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	35796732
75	NC_016406	ATA	4	167298	167308	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35796732
76	NC_016406	ATA	4	170577	170588	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35796732
77	NC_016406	ATC	4	173541	173551	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35796732
78	NC_016406	TTA	4	175537	175549	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35796732
79	NC_016406	TAT	6	181441	181457	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	35796732
80	NC_016406	GTT	4	182005	182017	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	35796732
81	NC_016406	ATA	4	182106	182116	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35796732
82	NC_016406	CTT	4	188198	188209	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
83	NC_016406	AAG	4	190114	190124	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35796732
84	NC_016406	TCT	4	191103	191114	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
85	NC_016406	TAG	4	194905	194916	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
86	NC_016406	TGA	4	195271	195281	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35796732
87	NC_016406	AGA	4	195410	195421	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
88	NC_016406	CTT	4	201385	201396	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
89	NC_016406	AAT	4	202119	202129	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35796732
90	NC_016406	TGC	4	202874	202886	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	35796732
91	NC_016406	TTA	4	202955	202966	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35796732
92	NC_016406	ACC	4	205728	205740	13	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	7 %	35796732
93	NC_016406	ATA	4	206841	206851	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35796732
94	NC_016406	ACT	4	207512	207522	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35796732
95	NC_016406	TGC	4	210448	210458	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	35796732
96	NC_016406	TCA	4	211795	211806	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
97	NC_016406	TCT	4	212469	212480	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
98	NC_016406	ATA	4	215007	215018	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35796732
99	NC_016406	TAA	4	225644	225654	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35796732
100	NC_016406	CTT	4	226679	226689	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35796732
101	NC_016406	GAA	4	230391	230402	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
102	NC_016406	AAG	4	239527	239538	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
103	NC_016406	TAT	4	242786	242799	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35796732
104	NC_016406	TTC	4	243794	243805	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
105	NC_016406	TCT	4	244407	244418	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
106	NC_016406	TAA	4	246270	246280	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35796732
107	NC_016406	CTT	4	247305	247315	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35796732
108	NC_016406	AGA	4	249196	249207	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
109	NC_016406	TTC	4	250581	250592	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
110	NC_016406	CTT	4	250961	250972	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
111	NC_016406	TTC	4	251895	251906	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
112	NC_016406	CTT	4	255833	255844	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
113	NC_016406	TAA	5	257464	257477	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	35796732
114	NC_016406	CTT	4	258865	258876	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
115	NC_016406	AGA	4	260249	260261	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	35796732
116	NC_016406	GAT	4	260951	260961	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35796732
117	NC_016406	GCT	4	261487	261498	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35796732
118	NC_016406	AGA	4	262786	262797	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
119	NC_016406	GAT	4	262844	262855	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
120	NC_016406	GAT	4	265734	265745	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
121	NC_016406	GAA	4	268424	268435	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
122	NC_016406	CTC	4	268801	268811	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	35796732
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125	NC_016406	TTC	4	276205	276215	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35796732
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128	NC_016406	GAT	4	280805	280815	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35796732
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131	NC_016406	TAG	4	283787	283798	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
132	NC_016406	AAG	4	283793	283804	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
133	NC_016406	GAA	4	285064	285075	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
134	NC_016406	TAT	4	288862	288872	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	35796732
135	NC_016406	TGT	4	290504	290516	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	35796732
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148	NC_016406	ATA	4	316123	316134	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35796732
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195	NC_016406	AAT	4	389741	389752	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Silene vulgaris mitochondrion chromosome 1