ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene vulgaris mitochondrion chromosome 1

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016406	TTA	4	1850	1861	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_016406	AT	7	1914	1926	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_016406	TAAG	3	4161	4172	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016406	TCTT	4	4506	4521	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
5	NC_016406	CTTT	3	4950	4961	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016406	GAT	5	5466	5480	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_016406	TA	6	7311	7322	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_016406	AGGAAT	4	7667	7690	24	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_016406	AAAAG	9	8324	8367	44	80 %	0 %	20 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_016406	CATG	3	8929	8939	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
11	NC_016406	AGAA	3	11149	11160	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_016406	CTTT	4	11721	11736	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
13	NC_016406	TTAAA	3	11759	11773	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016406	TC	6	12180	12190	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
15	NC_016406	AAAG	3	12197	12207	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_016406	ATC	4	12355	12366	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016406	TCTTAT	3	12622	12638	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
18	NC_016406	AAGA	3	12725	12736	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_016406	CTTC	4	13500	13514	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
20	NC_016406	AGA	4	13984	13995	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_016406	AGA	4	15180	15192	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_016406	GCCT	3	16661	16671	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
23	NC_016406	ATC	4	17380	17391	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
24	NC_016406	TC	7	18991	19003	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	35796733
25	NC_016406	ATT	4	19162	19173	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35796733
26	NC_016406	TA	6	19363	19374	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35796733
27	NC_016406	GCCA	3	20232	20242	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	35796733
28	NC_016406	GAAC	3	22418	22428	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	35796733
29	NC_016406	CTTT	3	23039	23050	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35796733
30	NC_016406	AT	6	23288	23298	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35796733
31	NC_016406	TA	7	23681	23693	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35796733
32	NC_016406	TTTC	3	24498	24509	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	35796733
33	NC_016406	AAT	4	24747	24758	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_016406	GGCT	3	24943	24955	13	0 %	25 %	50 %	25 %	7 %	Non-Coding
35	NC_016406	AT	8	25208	25222	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
36	NC_016406	CT	6	25392	25402	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
37	NC_016406	AGCGA	3	25488	25502	15	40 %	0 %	40 %	20 %	6 %	Non-Coding
38	NC_016406	TCT	4	26446	26456	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
39	NC_016406	TA	7	28089	28102	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
40	NC_016406	TA	6	28207	28217	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_016406	TAT	4	28220	28230	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_016406	TTTTA	3	29449	29463	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
43	NC_016406	TTAAAT	3	29465	29483	19	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
44	NC_016406	TTTA	3	29504	29515	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_016406	TA	6	29612	29622	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_016406	TGT	4	29862	29874	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_016406	ATA	4	30409	30419	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_016406	ATACG	3	30865	30878	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	35796732
49	NC_016406	GCC	4	31757	31767	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	35796732
50	NC_016406	TC	7	32180	32192	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	35796732
51	NC_016406	AG	6	32212	32223	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	35796732
52	NC_016406	TA	6	33131	33141	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35796732
53	NC_016406	AAAG	3	33684	33694	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	35796732
54	NC_016406	GGAC	3	34312	34322	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	35796732
55	NC_016406	CAATA	3	34823	34837	15	60 %	20 %	0 %	20 %	0 %	35796732
56	NC_016406	TACT	3	35764	35775	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35796732
57	NC_016406	AAT	4	36051	36062	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35796732
58	NC_016406	A	14	36725	36738	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_016406	ATC	4	38148	38158	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35796732
60	NC_016406	TAA	4	38427	38439	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	35796732
61	NC_016406	TAG	4	38563	38574	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
62	NC_016406	TA	8	39153	39167	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	35796732
63	NC_016406	TCA	4	39595	39605	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35796732
64	NC_016406	TA	6	39606	39616	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35796732
65	NC_016406	TTTAGT	3	40745	40763	19	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	10 %	35796732
66	NC_016406	CTT	4	40909	40920	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
67	NC_016406	CTT	4	40953	40963	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35796732
68	NC_016406	CTTTT	3	42933	42946	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	35796732
69	NC_016406	AAGG	3	47163	47174	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	35796732
70	NC_016406	AT	6	48693	48703	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35796732
71	NC_016406	ATA	5	48855	48868	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	35796732
72	NC_016406	TA	6	49226	49236	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35796732
73	NC_016406	TCCTA	4	49428	49447	20	20 %	40 %	0 %	40 %	5 %	35796732
74	NC_016406	CTTT	3	50506	50517	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	35796732
75	NC_016406	AGTA	3	50606	50616	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35796732
76	NC_016406	TGTTAT	3	50630	50648	19	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	10 %	35796732
77	NC_016406	TA	6	51576	51586	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35796732
78	NC_016406	AGGA	3	52018	52029	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	35796732
79	NC_016406	CTAG	4	53417	53432	16	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	35796732
80	NC_016406	AG	6	53670	53680	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	35796732
81	NC_016406	TTG	4	54674	54685	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
82	NC_016406	ACTG	3	55252	55263	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	35796732
83	NC_016406	A	12	55864	55875	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	35796732
84	NC_016406	CAGG	3	56507	56517	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	35796732
85	NC_016406	AGAA	3	58103	58114	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	35796732
86	NC_016406	GGCTT	3	58614	58627	14	0 %	40 %	40 %	20 %	7 %	35796732
87	NC_016406	TA	7	58703	58716	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35796732
88	NC_016406	ACGA	4	59507	59522	16	50 %	0 %	25 %	25 %	6 %	35796732
89	NC_016406	TC	6	61146	61157	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	35796732
90	NC_016406	TA	7	61409	61422	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35796732
91	NC_016406	TA	6	61527	61537	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35796732
92	NC_016406	TAT	4	61540	61550	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	35796732
93	NC_016406	TTTTA	3	62769	62783	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	35796732
94	NC_016406	TTAAAT	3	62785	62803	19	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	35796732
95	NC_016406	TTTA	3	62824	62835	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35796732
96	NC_016406	TA	6	62932	62942	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35796732
97	NC_016406	A	15	62969	62983	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	35796732
98	NC_016406	CCCTA	3	63730	63743	14	20 %	20 %	0 %	60 %	7 %	35796732
99	NC_016406	AT	6	64422	64435	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35796732
100	NC_016406	AAGA	3	64483	64494	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35796732
101	NC_016406	GGCT	3	64687	64698	12	0 %	25 %	50 %	25 %	8 %	35796732
102	NC_016406	ATTG	3	64722	64732	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	35796732
103	NC_016406	AGA	4	64861	64872	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
104	NC_016406	AGAT	3	65275	65285	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35796732
105	NC_016406	TAAG	3	65662	65672	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35796732
106	NC_016406	CT	6	66055	66065	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35796732
107	NC_016406	TCAGGC	4	66609	66632	24	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35796732
108	NC_016406	TTA	4	66780	66791	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35796732
109	NC_016406	TAT	4	67473	67483	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	35796732
110	NC_016406	AAGA	3	72036	72047	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	35796732
111	NC_016406	TAA	4	72048	72059	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35796732
112	NC_016406	CTATA	3	73035	73049	15	40 %	40 %	0 %	20 %	0 %	35796732
113	NC_016406	CT	6	73879	73889	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35796732
114	NC_016406	GTATG	4	74244	74262	19	20 %	40 %	40 %	0 %	5 %	35796732
115	NC_016406	TTG	4	75229	75240	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	35796732
116	NC_016406	AT	8	76551	76566	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	35796732
117	NC_016406	TA	6	77654	77664	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35796732
118	NC_016406	TAAAT	4	78569	78588	20	60 %	40 %	0 %	0 %	5 %	35796732
119	NC_016406	TAT	4	78586	78600	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	35796732
120	NC_016406	ATC	4	78680	78691	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	35796732
121	NC_016406	CA	6	79563	79574	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	35796732
122	NC_016406	T	12	81238	81249	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	35796732
123	NC_016406	TGT	5	81783	81797	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	35796732
124	NC_016406	CAAAG	3	82405	82419	15	60 %	0 %	20 %	20 %	0 %	35796732
125	NC_016406	TTATA	4	82922	82940	19	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	35796732
126	NC_016406	AAG	4	83932	83942	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35796732
127	NC_016406	CTT	4	84713	84724	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	35796732
128	NC_016406	TA	6	85112	85123	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35796732
129	NC_016406	CTT	4	85846	85857	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	35796732
130	NC_016406	AAG	4	86601	86611	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35796732
131	NC_016406	GAAC	3	86689	86700	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	35796732
132	NC_016406	GAA	5	87512	87526	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	35796732
133	NC_016406	AGAAT	5	88088	88111	24	60 %	20 %	20 %	0 %	8 %	35796732
134	NC_016406	ATTC	3	88688	88699	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35796732
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138	NC_016406	TTCT	3	92069	92080	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35796732
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141	NC_016406	AT	7	93242	93254	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35796732
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143	NC_016406	TA	6	93459	93469	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35796732
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156	NC_016406	TAAT	3	101067	101078	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35796732
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252	NC_016406	AG	6	159822	159832	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	35796732
253	NC_016406	TG	6	159851	159861	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	35796732
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256	NC_016406	ATTAA	3	161670	161684	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	35796732
257	NC_016406	AT	7	162293	162305	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35796732
258	NC_016406	AAAT	3	162402	162413	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35796732
259	NC_016406	TA	7	162414	162426	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35796732
260	NC_016406	ATTTAA	3	162433	162451	19	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	35796732
261	NC_016406	A	14	162454	162467	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	35796732
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289	NC_016406	TA	7	177222	177234	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35796732
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365	NC_016406	TTTAA	3	220486	220500	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	35796732
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371	NC_016406	TAAA	3	222247	222258	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35796732
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501	NC_016406	TTTA	3	290146	290157	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35796732
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503	NC_016406	TGT	4	290504	290516	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	35796732
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615	NC_016406	TTCC	3	360938	360949	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
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620	NC_016406	TA	6	365253	365263	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
621	NC_016406	ATTG	3	365382	365393	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
622	NC_016406	CAA	4	366484	366495	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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625	NC_016406	GAAA	3	367167	367178	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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669	NC_016406	TAAG	3	393930	393940	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene vulgaris mitochondrion chromosome 1