ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 48

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016399	AAAG	3	1100	1111	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_016399	TTTG	3	1436	1446	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_016399	A	14	2111	2124	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_016399	CT	6	2715	2726	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
5	NC_016399	TTA	4	2980	2990	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_016399	GAA	4	3139	3150	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016399	GA	6	3669	3679	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_016399	CTA	4	3691	3701	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
9	NC_016399	CTTT	3	3979	3989	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
10	NC_016399	TTAT	3	4047	4058	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_016399	AAAAG	3	5953	5968	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_016399	AAAG	3	6276	6286	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_016399	GA	7	6682	6694	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_016399	CTTT	3	7123	7135	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
15	NC_016399	AAGA	3	7306	7316	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_016399	GAA	4	7502	7513	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016399	AGAA	3	8314	8324	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_016399	TATG	3	8758	8769	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_016399	G	12	11890	11901	12	0 %	0 %	100 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_016399	ATC	4	12287	12298	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
21	NC_016399	AAAAAG	4	12574	12597	24	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_016399	TTAT	3	13037	13048	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_016399	GAA	4	15108	15118	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016399	AAAG	3	15428	15439	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016399	TAAA	3	17141	17151	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016399	AAAGT	3	17695	17709	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016399	CT	6	17939	17949	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
28	NC_016399	TATG	3	18621	18632	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_016399	ACGA	3	19029	19040	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
30	NC_016399	GAAA	3	22543	22553	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_016399	CTTT	3	23029	23039	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
32	NC_016399	CAAG	3	23407	23417	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
33	NC_016399	TCT	4	24677	24688	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
34	NC_016399	GAA	4	24934	24944	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_016399	ATA	4	25147	25158	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_016399	CCG	4	25404	25414	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
37	NC_016399	GACAA	3	25481	25495	15	60 %	0 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
38	NC_016399	CTTT	3	25642	25653	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
39	NC_016399	TTA	4	25728	25738	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_016399	T	18	26006	26023	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
41	NC_016399	TA	6	26276	26286	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_016399	TCTTA	3	26602	26615	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
43	NC_016399	CTT	5	27891	27905	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
44	NC_016399	TAG	4	28653	28663	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_016399	ACTCT	3	28760	28773	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
46	NC_016399	TTGC	3	32446	32456	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
47	NC_016399	T	12	33381	33392	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_016399	AAG	4	34335	34345	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_016399	A	15	36588	36602	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
50	NC_016399	GAA	4	36627	36638	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
51	NC_016399	ACT	4	37257	37267	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
52	NC_016399	CTT	4	37538	37549	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
53	NC_016399	AATT	3	37572	37584	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
54	NC_016399	TTA	4	37634	37645	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_016399	AAG	4	38774	38785	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_016399	TAAG	3	39017	39027	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_016399	ACT	4	39720	39731	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
58	NC_016399	GAA	4	39733	39743	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_016399	TTCC	3	40455	40465	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
60	NC_016399	ACT	4	40679	40689	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
61	NC_016399	A	13	40840	40852	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
62	NC_016399	GA	6	41443	41453	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_016399	AGAT	3	41862	41873	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_016399	GAA	5	41911	41925	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
65	NC_016399	GCTTT	3	42006	42021	16	0 %	60 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
66	NC_016399	GAA	5	42217	42231	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
67	NC_016399	TTCT	3	43143	43154	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
68	NC_016399	GTA	4	43294	43304	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_016399	TCT	4	44153	44165	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
70	NC_016399	A	13	44766	44778	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_016399	A	13	45422	45434	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
72	NC_016399	ACTT	3	46351	46362	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016399	AGA	4	46562	46572	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_016399	A	12	47129	47140	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016399	GAA	4	47835	47846	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_016399	CTA	4	48348	48359	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
77	NC_016399	ATA	4	48379	48391	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_016399	ATA	4	48913	48925	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_016399	TA	8	49053	49067	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
80	NC_016399	TAT	4	52306	52316	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_016399	TCA	4	52723	52735	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
82	NC_016399	AAGA	3	52833	52843	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_016399	TTAGAG	3	53446	53464	19	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10 %	Non-Coding
84	NC_016399	ATTATA	3	55663	55681	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
85	NC_016399	TCAA	3	55783	55794	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
86	NC_016399	AGTC	3	56115	56125	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
87	NC_016399	CCTT	3	56743	56755	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
88	NC_016399	TTC	4	57376	57387	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
89	NC_016399	TTCT	3	57892	57903	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
90	NC_016399	AGGA	3	58578	58589	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_016399	A	12	59057	59068	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_016399	TCT	4	59926	59938	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
93	NC_016399	TAACTC	3	59999	60015	17	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
94	NC_016399	TA	8	60154	60169	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
95	NC_016399	AGAAA	3	60941	60954	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_016399	GTA	4	62279	62289	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_016399	CTTT	3	63109	63119	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
98	NC_016399	TAG	4	63785	63795	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_016399	GCA	4	64247	64258	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
100	NC_016399	A	12	65931	65942	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_016399	A	12	66535	66546	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_016399	AGA	4	67999	68009	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_016399	GAAA	3	68566	68576	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_016399	TAT	4	69024	69035	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016399	CGT	4	69773	69783	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
106	NC_016399	GTAA	3	70658	70668	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_016399	AGAA	3	70896	70907	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_016399	T	12	71602	71613	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_016399	ACAA	3	71631	71641	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
110	NC_016399	AGTA	4	73028	73043	16	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016399	CTA	4	73399	73409	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
112	NC_016399	GAA	4	74086	74096	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_016399	TA	6	74948	74958	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_016399	A	13	75029	75041	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
115	NC_016399	CTTTT	3	75306	75319	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
116	NC_016399	GAA	5	76415	76429	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
117	NC_016399	CTAAA	3	76582	76596	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
118	NC_016399	ATA	4	76717	76727	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_016399	AGA	4	76861	76872	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_016399	CTTA	4	77548	77563	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
121	NC_016399	TCT	4	78554	78565	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
122	NC_016399	TTCT	3	81325	81336	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
123	NC_016399	ACTC	3	82740	82751	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
124	NC_016399	CACG	3	83978	83988	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
125	NC_016399	T	16	84046	84061	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
126	NC_016399	TA	7	84192	84206	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
127	NC_016399	AGA	4	84797	84808	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_016399	AGA	5	85667	85681	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
129	NC_016399	ATG	4	85759	85770	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
130	NC_016399	T	13	85947	85959	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
131	NC_016399	GAT	4	87139	87150	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
132	NC_016399	AGTA	3	87243	87253	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
133	NC_016399	CT	6	88123	88133	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
134	NC_016399	CAT	5	88809	88824	16	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
135	NC_016399	ATA	5	90919	90932	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
136	NC_016399	TA	7	91048	91060	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
137	NC_016399	AGAA	3	91178	91189	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
138	NC_016399	AT	6	91325	91336	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
139	NC_016399	GCT	4	91689	91700	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
140	NC_016399	CTA	5	92068	92081	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
141	NC_016399	GATC	3	93037	93047	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 48