ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 4

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016397	TTCG	3	1723	1734	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
2	NC_016397	GTCAT	3	1760	1773	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
3	NC_016397	TA	6	1928	1939	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016397	AATGT	3	2560	2575	16	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
5	NC_016397	AAG	4	4669	4679	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_016397	A	15	5236	5250	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_016397	TATAG	3	5547	5560	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_016397	AAAG	3	5624	5634	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_016397	T	14	6065	6078	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_016397	CTT	4	6600	6610	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
11	NC_016397	AATA	3	6638	6650	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_016397	AAAG	3	7085	7095	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_016397	AAGT	3	7346	7357	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_016397	ATCC	3	7405	7416	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
15	NC_016397	GTAAAG	3	7837	7853	17	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
16	NC_016397	ATCA	3	8949	8961	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
17	NC_016397	TTCA	3	11344	11356	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
18	NC_016397	AAAG	3	11399	11411	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_016397	AAGG	3	12811	12821	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_016397	ATGAA	3	12940	12954	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
21	NC_016397	TA	6	14883	14894	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_016397	CTTT	3	15463	15474	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
23	NC_016397	GAAA	3	19066	19077	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_016397	ATAAG	3	20825	20838	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_016397	CAT	4	21237	21247	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016397	CTTT	3	21315	21326	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016397	A	13	21423	21435	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_016397	CAAG	3	21815	21829	15	50 %	0 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
29	NC_016397	CTTT	3	21890	21900	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
30	NC_016397	CTT	4	22421	22432	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
31	NC_016397	CTT	4	23823	23833	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
32	NC_016397	ACTC	3	25012	25023	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
33	NC_016397	AAT	4	25338	25348	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_016397	AAAG	3	27179	27189	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_016397	GAAA	3	27668	27678	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_016397	A	13	28376	28388	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
37	NC_016397	AGC	4	28405	28415	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
38	NC_016397	CTTG	4	30866	30882	17	0 %	50 %	25 %	25 %	5 %	Non-Coding
39	NC_016397	TAAGAT	3	31226	31244	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
40	NC_016397	TCTT	3	31356	31367	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
41	NC_016397	AAGA	3	33451	33462	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016397	AAGA	3	34093	34104	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_016397	CAA	4	34251	34262	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
44	NC_016397	T	13	35760	35772	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_016397	CAAG	3	37673	37683	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
46	NC_016397	TAAA	3	38606	38618	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_016397	GATAA	3	38786	38799	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_016397	TCT	5	39095	39109	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
49	NC_016397	GCAG	3	40457	40468	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
50	NC_016397	AGTT	3	40506	40516	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_016397	ATA	4	42500	42511	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_016397	T	16	42873	42888	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
53	NC_016397	CAAA	3	43009	43019	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
54	NC_016397	CAG	4	43666	43677	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
55	NC_016397	TA	6	44274	44284	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_016397	TCT	4	44351	44361	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
57	NC_016397	AAG	4	45385	45396	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_016397	AGAA	4	45426	45440	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
59	NC_016397	AAGA	3	46278	46289	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016397	CTT	4	46491	46503	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
61	NC_016397	CTA	4	46572	46584	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
62	NC_016397	TTTC	3	47015	47027	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
63	NC_016397	ATTT	3	47051	47062	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_016397	TGTC	3	47422	47433	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
65	NC_016397	TAT	4	47637	47648	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_016397	CAA	4	48726	48736	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
67	NC_016397	ACAG	3	49026	49036	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
68	NC_016397	GT	6	49593	49603	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_016397	TTTA	3	49616	49627	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_016397	T	15	49963	49977	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016397	TTAT	3	51963	51975	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
72	NC_016397	GAAA	3	52127	52137	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_016397	CTTTTT	3	53647	53664	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
74	NC_016397	TAGG	3	53683	53694	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_016397	AGAA	3	54663	54674	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_016397	AATG	3	55179	55190	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_016397	CTAT	3	56201	56212	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016397	AAGA	3	56357	56368	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_016397	TGGC	3	56554	56565	12	0 %	25 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
80	NC_016397	TCTT	3	57321	57331	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
81	NC_016397	TCTT	3	57645	57656	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
82	NC_016397	AACTC	3	58524	58537	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
83	NC_016397	AGA	4	58565	58575	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_016397	TA	7	60315	60327	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_016397	T	13	60442	60454	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016397	TAT	5	60781	60794	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_016397	A	12	61155	61166	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016397	TA	6	62171	62181	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_016397	TTTC	3	62790	62801	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016397	TA	7	63149	63161	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_016397	ATA	4	63688	63698	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_016397	TA	7	64261	64274	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_016397	TATAT	3	64919	64933	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016397	TTA	4	66146	66157	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_016397	GAT	4	66217	66227	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_016397	ATAAG	3	66944	66958	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
97	NC_016397	AAAG	3	67563	67574	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_016397	CTTT	3	67610	67621	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
99	NC_016397	CCT	4	67665	67676	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
100	NC_016397	TTTC	3	67853	67865	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
101	NC_016397	TTAG	3	67878	67889	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_016397	ATCG	3	68111	68122	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
103	NC_016397	ATC	4	68582	68593	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
104	NC_016397	T	17	69426	69442	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
105	NC_016397	TAT	4	69693	69704	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_016397	A	13	70731	70743	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016397	TCT	4	70968	70978	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
108	NC_016397	TTTC	3	71195	71206	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
109	NC_016397	TA	6	72091	72102	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_016397	TCGA	3	72372	72383	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
111	NC_016397	AT	6	72700	72710	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_016397	ATCG	3	73809	73819	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
113	NC_016397	ATAGGA	3	74115	74131	17	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
114	NC_016397	AAAAG	3	74588	74602	15	80 %	0 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016397	T	13	75649	75661	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
116	NC_016397	TTAAA	3	76723	76736	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
117	NC_016397	GAAA	3	76953	76963	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_016397	ACTTC	3	77397	77410	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
119	NC_016397	AACC	3	77466	77477	12	50 %	0 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016397	AAAG	3	77548	77559	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_016397	CTTT	3	77572	77584	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
122	NC_016397	TGAAT	3	77661	77674	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
123	NC_016397	A	14	77920	77933	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
124	NC_016397	AAC	4	78204	78215	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
125	NC_016397	AAGAA	3	78544	78557	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
126	NC_016397	A	12	78717	78728	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_016397	AG	6	79188	79198	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_016397	TA	6	79415	79425	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
129	NC_016397	A	13	79616	79628	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
130	NC_016397	CACT	3	80257	80267	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
131	NC_016397	TTGC	3	81204	81216	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
132	NC_016397	GAA	4	81368	81378	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
133	NC_016397	TCC	4	83194	83205	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
134	NC_016397	CCTT	3	83491	83501	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
135	NC_016397	TCA	4	84297	84307	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
136	NC_016397	TATAGT	4	84821	84842	22	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	9 %	Non-Coding
137	NC_016397	TA	6	84916	84926	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
138	NC_016397	ATC	4	85044	85056	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
139	NC_016397	AAAGAT	3	85141	85158	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
140	NC_016397	CTTT	3	86208	86218	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35805111
141	NC_016397	A	15	88379	88393	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
142	NC_016397	AAGA	4	88627	88642	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
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237	NC_016397	TA	8	150996	151011	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
238	NC_016397	CTT	5	151135	151149	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 4