ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 9

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016382	GGAA	3	1	12	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_016382	CT	6	1516	1527	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
3	NC_016382	AAG	4	1633	1644	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_016382	GTTT	3	2702	2713	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_016382	TGC	4	3776	3788	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
6	NC_016382	GCT	4	4180	4191	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016382	GT	6	4767	4777	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_016382	AGAA	3	5001	5012	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016382	CTTT	3	5107	5118	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
10	NC_016382	T	13	5193	5205	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_016382	AAAG	3	6298	6309	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_016382	ATT	5	6503	6517	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
13	NC_016382	GCTA	4	7184	7199	16	25 %	25 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
14	NC_016382	CT	6	7811	7821	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
15	NC_016382	TCTT	3	8656	8666	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
16	NC_016382	GAA	4	9042	9053	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016382	ATA	4	9492	9503	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_016382	AT	6	9638	9648	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_016382	ATC	4	9820	9831	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
20	NC_016382	CAC	4	10973	10984	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
21	NC_016382	CTA	4	11096	11106	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
22	NC_016382	TAGT	3	11395	11405	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_016382	GAAAA	3	11930	11944	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
24	NC_016382	CAT	4	12048	12059	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
25	NC_016382	AACC	3	12140	12151	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
26	NC_016382	GAAA	3	12493	12503	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_016382	AG	7	12607	12619	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_016382	AAAG	3	14089	14100	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_016382	TGAT	3	14950	14962	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
30	NC_016382	A	14	15985	15998	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
31	NC_016382	AAAG	3	16659	16670	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_016382	AT	7	16945	16957	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_016382	CTA	5	18336	18349	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
34	NC_016382	CAC	4	18710	18721	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
35	NC_016382	AAG	4	19233	19243	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_016382	CTTT	3	19509	19519	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
37	NC_016382	AGT	4	19765	19777	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_016382	TA	8	20155	20171	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
39	NC_016382	AAG	4	20181	20192	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_016382	TTTA	3	20551	20561	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_016382	TAAA	3	20565	20575	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_016382	TAG	4	23497	23508	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_016382	ACCC	3	24050	24060	11	25 %	0 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
44	NC_016382	TTAG	3	27741	27753	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_016382	TAAG	3	28625	28637	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_016382	ATAG	3	29279	29290	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_016382	AAGT	3	30225	30236	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016382	CCCA	3	30412	30422	11	25 %	0 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
49	NC_016382	CTT	4	31700	31710	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
50	NC_016382	TAGT	3	31859	31869	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_016382	CAATTG	3	32752	32769	18	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
52	NC_016382	TGGCT	3	32881	32895	15	0 %	40 %	40 %	20 %	6 %	Non-Coding
53	NC_016382	ATC	4	34453	34463	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
54	NC_016382	TTCGT	3	34591	34606	16	0 %	60 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
55	NC_016382	AAAGG	3	36741	36754	14	60 %	0 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
56	NC_016382	AGGAAG	3	37361	37378	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	Non-Coding
57	NC_016382	A	12	37515	37526	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_016382	AAAGA	3	37724	37738	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
59	NC_016382	TTATA	3	38134	38147	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_016382	CTTG	3	41285	41296	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016382	CATT	3	41364	41374	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
62	NC_016382	TAT	4	41777	41787	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_016382	AGA	4	42737	42749	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
64	NC_016382	GCCTG	3	42823	42837	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
65	NC_016382	ACGA	3	43249	43260	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
66	NC_016382	AACTTT	3	44107	44125	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
67	NC_016382	TCT	4	44317	44329	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
68	NC_016382	AT	6	44755	44766	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_016382	AAT	4	45754	45764	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_016382	CAT	4	45831	45841	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
71	NC_016382	AAAG	3	46374	46384	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_016382	AT	7	46969	46981	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_016382	GCCT	3	47581	47591	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
74	NC_016382	AT	6	48042	48052	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_016382	TCTT	3	49391	49402	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016382	AAGT	3	49453	49463	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_016382	TAA	4	49570	49581	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_016382	TA	6	49916	49926	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_016382	TA	6	50794	50804	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_016382	TA	6	50868	50879	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_016382	TAA	4	51188	51198	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_016382	GAAA	3	51757	51768	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_016382	AAAC	3	52162	52173	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
84	NC_016382	GATA	3	52492	52503	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_016382	CTG	4	52885	52896	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
86	NC_016382	CGAA	3	54948	54958	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
87	NC_016382	AGA	4	55520	55532	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_016382	GCT	4	57772	57783	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
89	NC_016382	CTC	4	57884	57894	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
90	NC_016382	ATCTT	3	58786	58800	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016382	TTAA	3	59763	59774	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_016382	TAG	4	61370	61381	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_016382	TAG	5	61754	61768	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
94	NC_016382	TCT	4	61923	61934	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
95	NC_016382	ATAGTA	3	64346	64362	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
96	NC_016382	GAT	4	66811	66822	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_016382	AT	7	66898	66910	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_016382	CTT	4	67525	67535	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
99	NC_016382	CCTT	3	68221	68231	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
100	NC_016382	AAAG	3	68317	68327	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_016382	TCT	4	68694	68705	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
102	NC_016382	AT	6	68706	68716	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_016382	AGAT	3	69270	69282	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
104	NC_016382	AGT	4	73048	73059	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_016382	GTAA	3	73506	73517	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_016382	AT	6	73687	73697	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_016382	TCTA	3	73880	73890	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
108	NC_016382	ATT	4	74052	74063	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_016382	ATTC	3	75329	75340	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
110	NC_016382	AGT	4	75374	75384	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_016382	TCTT	3	75821	75831	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
112	NC_016382	ATCT	3	76965	76976	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
113	NC_016382	AAG	4	78448	78459	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_016382	ATT	4	78674	78685	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_016382	CTA	5	79933	79947	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
116	NC_016382	AT	6	80027	80037	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_016382	A	13	82340	82352	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_016382	TTC	4	83606	83617	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
119	NC_016382	TTGC	4	84992	85006	15	0 %	50 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
120	NC_016382	TTAGAG	3	85273	85291	19	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10 %	Non-Coding
121	NC_016382	TAAG	3	85928	85940	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
122	NC_016382	ACT	4	87830	87841	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
123	NC_016382	AGA	4	87979	87989	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_016382	TCT	4	88591	88602	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
125	NC_016382	ATAGT	3	88886	88899	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
126	NC_016382	TAG	4	89119	89129	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
127	NC_016382	GAA	4	89536	89547	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_016382	CTT	4	90901	90912	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
129	NC_016382	T	12	91015	91026	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016382	GAA	4	92323	92333	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
131	NC_016382	A	17	92709	92725	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
132	NC_016382	TTA	6	94469	94486	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
133	NC_016382	TA	6	95274	95284	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
134	NC_016382	CTTT	3	95447	95457	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
135	NC_016382	CAAAG	3	95521	95535	15	60 %	0 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
136	NC_016382	T	13	95646	95658	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016382	AAGTC	3	95829	95843	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
138	NC_016382	CTT	4	95853	95864	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
139	NC_016382	AG	6	96764	96775	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	35805108
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141	NC_016382	GAGT	3	100371	100381	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
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148	NC_016382	TTGCT	3	104543	104556	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
149	NC_016382	CTTG	3	104577	104587	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
150	NC_016382	CTCTAA	3	104666	104683	18	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
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162	NC_016382	CTT	4	113680	113690	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35805108
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169	NC_016382	GAAA	3	116963	116973	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
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174	NC_016382	CTTT	3	118170	118181	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
175	NC_016382	TGAA	3	118286	118297	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
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179	NC_016382	AGAA	3	119065	119076	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
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181	NC_016382	TCT	4	119710	119720	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
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184	NC_016382	TTC	4	120457	120467	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
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195	NC_016382	AAGG	3	128100	128110	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
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197	NC_016382	A	14	128185	128198	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
198	NC_016382	AAGTC	3	128231	128245	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
199	NC_016382	AAAG	3	128607	128618	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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212	NC_016382	TAAA	3	138171	138182	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
213	NC_016382	CTTT	3	138242	138252	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
214	NC_016382	TCAA	3	138388	138399	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
215	NC_016382	GACT	3	138467	138477	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
216	NC_016382	CAAG	3	139212	139223	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
217	NC_016382	TTAA	3	139808	139820	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
218	NC_016382	TA	6	140032	140043	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
219	NC_016382	TTTC	3	140685	140695	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
220	NC_016382	CCA	4	141157	141168	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 9