ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 39

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016379	TAGA	4	181	195	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_016379	TAAA	3	835	845	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_016379	TAAG	3	1337	1347	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_016379	TA	6	2196	2206	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016379	TAGA	3	2365	2377	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_016379	TAG	4	3295	3306	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016379	TA	7	3680	3693	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_016379	AG	6	5314	5325	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_016379	TA	6	5963	5973	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_016379	A	12	7704	7715	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_016379	AGA	4	8046	8057	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_016379	CTTT	3	8682	8692	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
13	NC_016379	AAGA	3	9348	9359	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_016379	TTGAA	3	9376	9390	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
15	NC_016379	GA	6	9883	9893	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_016379	GAT	4	12257	12267	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_016379	TCAA	3	12279	12290	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
18	NC_016379	T	16	13274	13289	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
19	NC_016379	CTTT	3	13365	13376	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
20	NC_016379	GGAA	3	14004	14014	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016379	TCT	4	14432	14443	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
22	NC_016379	CTTT	3	14746	14756	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
23	NC_016379	GAAT	3	16432	16443	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_016379	CGT	4	17071	17082	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
25	NC_016379	TTTG	3	17489	17499	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016379	CTTT	3	18138	18148	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
27	NC_016379	ATGA	3	18174	18185	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016379	CAG	4	19925	19936	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
29	NC_016379	TGAA	3	20228	20239	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_016379	GCTA	3	20385	20397	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
31	NC_016379	CAT	4	21187	21197	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
32	NC_016379	TTTAAA	3	21391	21409	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
33	NC_016379	CT	6	24366	24377	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
34	NC_016379	CTTT	3	24870	24881	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
35	NC_016379	CTAT	4	26104	26119	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
36	NC_016379	CTTT	3	26174	26184	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
37	NC_016379	T	12	27228	27239	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_016379	ATAAAG	3	32344	32361	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
39	NC_016379	CAAAG	3	32683	32698	16	60 %	0 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
40	NC_016379	TCC	4	32715	32725	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
41	NC_016379	GAAA	3	32937	32948	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016379	TAA	4	33450	33460	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_016379	TA	6	33731	33741	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_016379	TA	6	33930	33940	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_016379	AT	7	34110	34123	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_016379	TCT	4	34165	34176	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
47	NC_016379	ATA	4	34274	34286	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_016379	ATTG	3	34764	34776	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_016379	CTTT	3	36104	36114	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
50	NC_016379	CTAAAG	3	37446	37462	17	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
51	NC_016379	TCTTTC	3	38262	38280	19	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10 %	Non-Coding
52	NC_016379	TCTT	3	38328	38339	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
53	NC_016379	CAGT	3	38576	38586	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
54	NC_016379	TAAT	4	39452	39468	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
55	NC_016379	TA	6	39583	39593	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_016379	ATA	6	39838	39854	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
57	NC_016379	TTGA	3	40555	40565	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_016379	GCT	4	41369	41380	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
59	NC_016379	TTAT	3	42804	42814	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_016379	CT	6	43066	43077	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016379	CTTA	4	45429	45444	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
62	NC_016379	ATT	4	45634	45645	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016379	T	15	45796	45810	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016379	TGA	4	46321	46332	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_016379	CTC	4	46392	46403	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
66	NC_016379	T	12	47083	47094	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016379	T	13	47540	47552	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_016379	AT	6	47881	47891	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_016379	CA	6	50140	50150	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
70	NC_016379	TTAA	3	50786	50796	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_016379	A	16	51079	51094	16	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016379	TGCC	3	53161	53171	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
73	NC_016379	TTTCG	3	53859	53873	15	0 %	60 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
74	NC_016379	AAAG	3	54453	54464	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_016379	ACTT	3	55741	55752	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016379	CTTAAT	3	55911	55928	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
77	NC_016379	AGAA	3	57127	57138	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_016379	TC	6	57233	57243	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
79	NC_016379	CTG	4	59263	59273	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
80	NC_016379	AAG	4	59516	59528	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_016379	AGT	4	59917	59928	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_016379	TTCC	3	60898	60908	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
83	NC_016379	TTCT	3	60941	60952	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
84	NC_016379	TGCATT	3	61462	61480	19	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
85	NC_016379	CTTT	3	61723	61734	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
86	NC_016379	TA	8	64500	64514	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_016379	T	12	65744	65755	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_016379	ACATA	3	66120	66133	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
89	NC_016379	ACCA	3	66389	66400	12	50 %	0 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016379	TCT	4	66775	66785	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
91	NC_016379	TA	6	67641	67651	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_016379	TTTC	3	68053	68064	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
93	NC_016379	TTTC	3	68337	68349	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
94	NC_016379	CTA	4	68425	68436	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
95	NC_016379	TTTA	3	69761	69772	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_016379	TAT	4	70624	70634	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_016379	TGA	4	71222	71233	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_016379	A	16	71365	71380	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
99	NC_016379	TAT	4	72079	72089	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_016379	CTTTTT	3	73162	73180	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
101	NC_016379	AGA	4	73313	73324	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_016379	A	17	74152	74168	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
103	NC_016379	TCTT	3	74325	74335	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
104	NC_016379	TTA	4	74568	74578	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_016379	TTTC	3	74824	74835	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
106	NC_016379	AGAA	3	76887	76897	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_016379	A	13	78272	78284	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
108	NC_016379	GCCC	3	78356	78367	12	0 %	0 %	25 %	75 %	8 %	Non-Coding
109	NC_016379	GCA	4	79030	79041	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
110	NC_016379	ATTT	3	79328	79338	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_016379	CGAT	3	79490	79501	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
112	NC_016379	GATA	3	79999	80009	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_016379	TACT	3	80039	80050	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
114	NC_016379	CAGC	3	80121	80132	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
115	NC_016379	GTAA	3	80849	80859	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
116	NC_016379	GCTT	3	83007	83018	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
117	NC_016379	AGT	4	83169	83181	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_016379	TCTT	3	85029	85039	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
119	NC_016379	TAC	4	85350	85361	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
120	NC_016379	AGA	5	85471	85484	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
121	NC_016379	CTTT	3	85677	85687	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
122	NC_016379	TAA	4	86248	86258	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
123	NC_016379	TTTG	3	87329	87340	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_016379	TA	6	87772	87782	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
125	NC_016379	AAAG	3	88818	88828	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_016379	GGCG	3	88997	89008	12	0 %	0 %	75 %	25 %	8 %	Non-Coding
127	NC_016379	A	13	89959	89971	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
128	NC_016379	CTAA	3	90602	90612	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
129	NC_016379	CTA	4	91649	91660	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
130	NC_016379	TCT	4	91919	91929	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
131	NC_016379	ACT	4	92900	92910	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
132	NC_016379	CTT	4	93387	93397	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
133	NC_016379	CTA	4	93748	93759	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
134	NC_016379	AAAT	3	94449	94460	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
135	NC_016379	T	12	95002	95013	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016379	AGAT	3	95720	95731	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016379	TA	6	97943	97954	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
138	NC_016379	A	13	99129	99141	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016379	ATA	4	100374	100384	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 39