ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 11

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016377	AAAG	4	918	933	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_016377	AGA	4	1270	1281	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_016377	T	17	1372	1388	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
4	NC_016377	CTTG	3	1407	1419	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
5	NC_016377	CTT	4	1986	1997	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
6	NC_016377	CTTGA	3	2038	2052	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
7	NC_016377	GCTT	3	2231	2241	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
8	NC_016377	GAA	4	2253	2264	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_016377	AG	6	3147	3157	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_016377	TCT	4	3316	3329	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
11	NC_016377	ATGC	3	3466	3476	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
12	NC_016377	AAAG	3	3757	3768	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_016377	ATAA	3	3972	3982	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_016377	TAGA	3	4191	4202	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_016377	TAT	4	5138	5148	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_016377	TTAA	3	5206	5217	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016377	TAT	4	6654	6665	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_016377	TCT	4	7696	7706	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
19	NC_016377	TGACTT	3	7774	7791	18	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
20	NC_016377	TAAG	3	9500	9510	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016377	TTG	4	10969	10980	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_016377	CAT	4	12903	12914	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
23	NC_016377	AAAGA	3	14295	14308	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_016377	CAAT	3	14362	14373	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
25	NC_016377	CTTG	3	14619	14630	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016377	CTCCAC	3	14931	14948	18	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	5 %	Non-Coding
27	NC_016377	TC	6	15451	15461	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
28	NC_016377	CTT	4	16691	16701	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
29	NC_016377	GAAA	3	17729	17739	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_016377	GTA	4	18605	18615	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_016377	TCA	4	19439	19449	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
32	NC_016377	TTCT	3	19808	19819	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
33	NC_016377	TATTA	3	20932	20945	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_016377	TCT	4	20994	21005	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
35	NC_016377	CTTT	3	21794	21804	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
36	NC_016377	AAGT	4	21975	21989	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
37	NC_016377	TATGA	3	22377	22390	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_016377	AT	6	24542	24552	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_016377	CTTT	3	24686	24696	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
40	NC_016377	CTA	4	25850	25860	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
41	NC_016377	CCAT	3	26243	26255	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
42	NC_016377	TA	6	28395	28405	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_016377	TTCA	3	30458	30468	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
44	NC_016377	CT	6	31137	31147	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
45	NC_016377	CTTC	3	31516	31527	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
46	NC_016377	GAA	4	32367	32378	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_016377	T	15	32941	32955	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
48	NC_016377	TTA	4	33377	33389	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_016377	CCATT	3	33641	33654	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
50	NC_016377	A	12	34004	34015	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
51	NC_016377	CTT	4	34614	34624	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
52	NC_016377	TCTA	3	34768	34779	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
53	NC_016377	TA	6	35557	35568	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_016377	A	13	36470	36482	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_016377	GAA	7	36668	36689	22	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_016377	AAAG	3	37150	37160	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_016377	AGAC	3	40139	40149	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
58	NC_016377	AAAG	3	41407	41418	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_016377	AGA	4	41895	41906	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_016377	TCAA	3	41954	41964	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
61	NC_016377	ACGA	3	42092	42103	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
62	NC_016377	TTGC	3	42241	42252	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
63	NC_016377	CTTT	3	42454	42464	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
64	NC_016377	ATGT	3	43236	43247	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_016377	A	13	43716	43728	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_016377	CCAT	4	44135	44149	15	25 %	25 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
67	NC_016377	GAT	4	44949	44960	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_016377	TC	6	46156	46166	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
69	NC_016377	AAGA	4	47353	47368	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
70	NC_016377	TCT	4	47929	47940	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
71	NC_016377	ATG	4	48196	48207	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_016377	AAACA	3	48222	48235	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
73	NC_016377	AAGA	3	48777	48787	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_016377	A	15	49658	49672	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
75	NC_016377	AAAGG	4	49724	49743	20	60 %	0 %	40 %	0 %	10 %	Non-Coding
76	NC_016377	A	14	50117	50130	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_016377	ATC	4	50584	50594	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
78	NC_016377	AGA	4	50937	50947	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_016377	TAAAG	4	52429	52447	19	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
80	NC_016377	TCTATA	3	52731	52749	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
81	NC_016377	TCT	4	53442	53452	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
82	NC_016377	AACAAA	3	53582	53599	18	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
83	NC_016377	AAAG	4	53848	53863	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
84	NC_016377	ACC	4	54996	55007	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
85	NC_016377	TCTT	3	55565	55576	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
86	NC_016377	AGAA	3	57151	57162	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_016377	ATA	5	57448	57461	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_016377	AAT	4	58105	58117	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_016377	AT	6	58696	58706	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_016377	CAAA	3	59977	59987	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
91	NC_016377	AG	6	60538	60549	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_016377	CTC	4	62104	62114	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
93	NC_016377	ATA	4	63448	63460	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_016377	AACAAG	3	64579	64597	19	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
95	NC_016377	TAT	5	64737	64750	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_016377	GAAA	3	66031	66042	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016377	TCT	4	66609	66620	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
98	NC_016377	A	15	67373	67387	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
99	NC_016377	CT	6	68659	68669	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
100	NC_016377	CTAT	3	69533	69544	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
101	NC_016377	CTTG	3	69560	69571	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016377	AAAG	3	69821	69831	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_016377	CCT	4	70659	70670	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
104	NC_016377	CTT	4	71180	71192	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
105	NC_016377	TCT	4	72055	72066	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
106	NC_016377	TTTG	3	72393	72404	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_016377	ACTTT	3	73172	73186	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016377	TGCTT	3	73362	73375	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
109	NC_016377	CTT	4	74037	74048	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
110	NC_016377	TTAG	3	75503	75513	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_016377	CTA	4	75754	75765	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016377	CTT	4	76186	76198	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
113	NC_016377	AGT	4	76679	76689	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_016377	TTA	4	77946	77956	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_016377	TAA	4	78531	78542	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016377	CTT	4	81157	81167	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
117	NC_016377	TCT	4	81718	81729	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
118	NC_016377	AAGA	3	83859	83870	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016377	CCA	4	83946	83957	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
120	NC_016377	GTT	4	84162	84173	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016377	AAAAG	4	84375	84393	19	80 %	0 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
122	NC_016377	TA	6	84778	84788	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
123	NC_016377	AGA	4	85497	85507	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_016377	AT	6	85809	85820	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_016377	TAA	5	85855	85869	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
126	NC_016377	AAAG	3	86485	86496	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_016377	TGCT	3	86630	86642	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
128	NC_016377	A	12	88047	88058	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_016377	TTC	4	89577	89587	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
130	NC_016377	CTA	4	89866	89876	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
131	NC_016377	ATA	4	89876	89887	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
132	NC_016377	CGG	4	89916	89926	11	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
133	NC_016377	ATT	4	90713	90723	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
134	NC_016377	CTTT	3	92494	92505	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
135	NC_016377	TA	6	92846	92856	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
136	NC_016377	ATTA	3	93054	93065	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016377	TAT	4	93205	93217	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
138	NC_016377	TTGC	3	93492	93502	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
139	NC_016377	ATT	4	95500	95510	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
140	NC_016377	ATA	4	95521	95532	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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201	NC_016377	TTAA	3	134744	134754	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
202	NC_016377	TTGC	3	135628	135638	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 11