ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 42

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016376	TCC	4	233	244	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
2	NC_016376	GTAG	3	505	516	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016376	TAA	4	1158	1169	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_016376	CAT	4	1391	1401	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016376	TAT	4	2874	2886	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_016376	AAATA	3	3243	3257	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_016376	A	13	5660	5672	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_016376	TCTT	3	6059	6071	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
9	NC_016376	GTT	4	6677	6687	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_016376	TTACC	6	7600	7628	29	20 %	40 %	0 %	40 %	10 %	Non-Coding
11	NC_016376	CAAG	3	7764	7775	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
12	NC_016376	A	13	8746	8758	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_016376	AT	6	10852	10863	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_016376	TGA	4	11595	11606	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_016376	AAGTC	3	11969	11982	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
16	NC_016376	TACTTG	3	12229	12245	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
17	NC_016376	CTTG	3	13585	13595	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
18	NC_016376	TA	6	14528	14538	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_016376	A	14	14733	14746	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016376	T	14	15087	15100	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_016376	TCT	4	15188	15199	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
22	NC_016376	AT	8	16357	16371	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_016376	AG	6	16449	16460	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_016376	CTTT	3	17118	17129	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
25	NC_016376	CATT	3	18006	18016	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016376	AAAG	3	18783	18794	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_016376	CTA	4	18993	19004	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
28	NC_016376	TTCTC	3	19397	19411	15	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
29	NC_016376	AGA	4	20636	20647	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_016376	AAG	5	21172	21186	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
31	NC_016376	AGA	4	21313	21323	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_016376	CT	6	22260	22270	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
33	NC_016376	TTTC	3	22344	22355	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
34	NC_016376	CTTGTA	3	22873	22889	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
35	NC_016376	CTT	4	24013	24023	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
36	NC_016376	GAA	4	25007	25018	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_016376	ATTAT	3	26337	26351	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_016376	GGGC	3	26598	26609	12	0 %	0 %	75 %	25 %	8 %	Non-Coding
39	NC_016376	AAG	4	27076	27087	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_016376	ATTAGA	3	27110	27126	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
41	NC_016376	CGAT	3	28545	28556	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016376	AATC	3	28742	28753	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016376	TCT	4	29140	29150	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
44	NC_016376	TTC	4	31209	31219	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
45	NC_016376	GAAAAG	3	31283	31300	18	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
46	NC_016376	AT	6	31457	31467	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_016376	AGA	4	31471	31483	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_016376	AAAG	3	32153	32163	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_016376	AAGT	3	32795	32805	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_016376	GCT	4	33293	33304	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
51	NC_016376	CTT	4	33651	33663	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
52	NC_016376	ACA	4	34364	34374	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
53	NC_016376	AAAG	3	34713	34723	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_016376	TGCA	3	35237	35247	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
55	NC_016376	TTC	4	35476	35488	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
56	NC_016376	AT	7	35771	35783	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
57	NC_016376	TTTG	3	36920	36931	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_016376	GTATA	3	37554	37569	16	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
59	NC_016376	GA	6	37582	37592	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_016376	AAAG	3	39616	39627	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016376	TA	8	40760	40774	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
62	NC_016376	TCT	4	40847	40858	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016376	ATAGTA	3	41472	41488	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
64	NC_016376	GTAGG	3	44147	44160	14	20 %	20 %	60 %	0 %	7 %	Non-Coding
65	NC_016376	A	12	44829	44840	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_016376	TTC	4	45030	45040	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
67	NC_016376	CTTTC	4	45764	45783	20	0 %	60 %	0 %	40 %	10 %	35805107
68	NC_016376	TC	6	46521	46531	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35805107
69	NC_016376	GCTT	3	46577	46588	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	35805107
70	NC_016376	CT	6	46655	46665	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35805107
71	NC_016376	TTC	4	46667	46677	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35805107
72	NC_016376	GCTA	3	47345	47356	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
73	NC_016376	AAG	4	47744	47754	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_016376	TGA	4	47756	47768	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_016376	TAAG	3	48684	48694	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_016376	CTTA	4	48869	48884	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
77	NC_016376	CTA	4	49540	49551	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
78	NC_016376	AGG	4	50480	50492	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_016376	AAAAGA	3	50734	50752	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
80	NC_016376	TATT	3	50851	50862	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_016376	ACC	4	51021	51032	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
82	NC_016376	GGCTG	3	53129	53142	14	0 %	20 %	60 %	20 %	7 %	Non-Coding
83	NC_016376	AT	6	53322	53332	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_016376	GAA	4	53891	53903	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_016376	ACG	4	54342	54352	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
86	NC_016376	CAAAG	3	54719	54732	14	60 %	0 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
87	NC_016376	CTTT	3	56153	56163	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
88	NC_016376	TA	7	56176	56189	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_016376	AAAG	3	59328	59339	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_016376	TAA	4	59580	59591	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_016376	T	14	60052	60065	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_016376	AAAG	3	60694	60704	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_016376	CAA	4	61255	61266	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
94	NC_016376	TA	6	61585	61595	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_016376	A	16	61833	61848	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
96	NC_016376	TCT	4	62496	62506	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
97	NC_016376	ATT	4	63173	63184	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_016376	TCTT	3	63685	63696	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016376	A	12	63767	63778	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016376	CATT	3	64674	64685	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
101	NC_016376	TTATA	3	65288	65302	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
102	NC_016376	A	14	67598	67611	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
103	NC_016376	AGA	4	68367	68377	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_016376	AAGA	3	69133	69143	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_016376	CTTT	3	69902	69913	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016376	TCC	4	70188	70200	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	Non-Coding
107	NC_016376	CATA	3	70543	70553	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
108	NC_016376	AAGA	3	70703	70714	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_016376	ATTA	3	71443	71454	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_016376	AAAG	3	72465	72475	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_016376	ATC	4	75643	75654	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
112	NC_016376	ATA	4	75665	75675	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_016376	AGC	4	76540	76552	13	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
114	NC_016376	CTT	5	77049	77063	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
115	NC_016376	TG	6	77525	77535	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
116	NC_016376	TCT	4	78054	78066	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
117	NC_016376	TTCT	3	78755	78766	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
118	NC_016376	AGA	4	80442	80453	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016376	TCTT	4	80539	80554	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
120	NC_016376	AGA	5	80943	80956	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
121	NC_016376	TC	6	81604	81614	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
122	NC_016376	ATAGA	3	81906	81919	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
123	NC_016376	ACTT	3	82221	82232	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
124	NC_016376	CCTG	3	83853	83864	12	0 %	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016376	CTTTA	5	85016	85040	25	20 %	60 %	0 %	20 %	8 %	Non-Coding
126	NC_016376	TAAT	3	85041	85052	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_016376	ATGA	3	85184	85194	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_016376	TTC	4	85618	85629	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
129	NC_016376	CTTA	3	85661	85673	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
130	NC_016376	A	16	86084	86099	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
131	NC_016376	AAAG	3	86199	86210	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
132	NC_016376	ATTG	3	86583	86595	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
133	NC_016376	AG	6	88514	88524	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
134	NC_016376	TAAA	3	88862	88873	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_016376	A	13	89570	89582	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
136	NC_016376	TAAC	3	89855	89866	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
137	NC_016376	TTCT	3	90036	90047	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016376	AAGA	3	91396	91407	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
139	NC_016376	CTTT	3	91421	91433	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
140	NC_016376	CTT	4	91488	91498	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
141	NC_016376	TAA	4	91508	91519	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016376	AAG	4	92289	92300	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
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144	NC_016376	TAAG	4	95867	95881	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
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147	NC_016376	AATG	3	97281	97291	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
148	NC_016376	AATC	3	97629	97641	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 42