ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 49

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016369	CTTT	3	259	269	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
2	NC_016369	GAAA	3	1654	1664	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_016369	ATTT	3	1729	1739	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_016369	GAAA	3	2864	2875	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_016369	CTTT	3	3549	3559	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
6	NC_016369	TA	8	3690	3704	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_016369	TC	6	4516	4527	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
8	NC_016369	TAT	4	5535	5545	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_016369	TTCA	3	5741	5752	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
10	NC_016369	A	16	5935	5950	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_016369	CA	6	7604	7614	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
12	NC_016369	GA	7	8719	8731	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_016369	GATA	3	9010	9022	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_016369	CTGC	3	9246	9256	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
15	NC_016369	CTC	4	11058	11068	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
16	NC_016369	TAT	4	13005	13016	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016369	GCTT	3	14262	14272	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
18	NC_016369	CTT	4	15210	15221	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
19	NC_016369	AGA	4	16341	16352	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_016369	ATA	4	17709	17720	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_016369	GCGA	3	19944	19955	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
22	NC_016369	TCCC	3	20600	20612	13	0 %	25 %	0 %	75 %	7 %	Non-Coding
23	NC_016369	AGT	4	21864	21874	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016369	TA	6	22057	22067	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_016369	TAG	4	22536	22546	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016369	TAGA	3	22804	22814	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_016369	TAT	5	23526	23539	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_016369	AT	6	23538	23548	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_016369	GAAA	3	25794	25804	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_016369	TAAT	3	26634	26645	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_016369	CTT	4	26676	26686	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
32	NC_016369	CTT	4	28066	28077	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
33	NC_016369	CTT	4	29263	29273	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
34	NC_016369	TC	6	29422	29432	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
35	NC_016369	AGA	4	29474	29484	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_016369	ACT	4	29804	29817	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
37	NC_016369	GTATG	3	30368	30383	16	20 %	40 %	40 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_016369	AT	6	30389	30399	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_016369	T	14	30572	30585	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
40	NC_016369	GCA	4	30810	30820	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
41	NC_016369	TAG	4	31256	31267	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_016369	TTAT	3	31596	31607	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_016369	TTCTT	3	32502	32516	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
44	NC_016369	TTTAG	3	33211	33225	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
45	NC_016369	GAAT	3	33348	33359	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016369	A	15	34464	34478	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
47	NC_016369	TCA	4	34920	34931	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
48	NC_016369	ATAA	3	34957	34967	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_016369	AG	6	35270	35281	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_016369	CCCCTC	3	35653	35670	18	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	5 %	Non-Coding
51	NC_016369	ACAA	3	35913	35923	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
52	NC_016369	CTTT	3	37799	37809	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
53	NC_016369	TAT	4	38010	38020	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_016369	CTA	4	38024	38035	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
55	NC_016369	CAAG	3	38209	38219	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
56	NC_016369	ATTT	3	38261	38272	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_016369	T	12	38666	38677	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_016369	ATT	4	41957	41968	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_016369	TGT	5	42457	42471	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
60	NC_016369	AAGA	3	43555	43565	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_016369	TAA	4	44393	44404	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_016369	CTTT	3	44847	44859	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
63	NC_016369	AAGCA	3	45271	45284	14	60 %	0 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
64	NC_016369	TTC	4	45720	45731	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
65	NC_016369	CTGT	3	45751	45761	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
66	NC_016369	CAT	4	47125	47136	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
67	NC_016369	T	15	47907	47921	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
68	NC_016369	AAAG	3	48221	48232	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016369	TTAA	3	48853	48865	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_016369	TCTT	3	49205	49216	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
71	NC_016369	T	16	49489	49504	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_016369	TACT	3	51446	51457	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
73	NC_016369	GCTT	4	51619	51634	16	0 %	50 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
74	NC_016369	TCCA	3	52835	52845	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
75	NC_016369	CTT	4	52934	52946	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
76	NC_016369	TTAG	3	53058	53069	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_016369	TTTC	3	53263	53273	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
78	NC_016369	AGA	4	53321	53331	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_016369	TCT	4	53449	53460	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
80	NC_016369	TAGT	3	54369	54380	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_016369	GAA	4	54901	54912	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_016369	TA	6	54972	54982	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_016369	TTACT	3	55531	55545	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
84	NC_016369	AGA	4	55966	55976	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_016369	CGGG	3	56693	56704	12	0 %	0 %	75 %	25 %	8 %	Non-Coding
86	NC_016369	AGA	4	58704	58715	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_016369	GCT	4	59180	59192	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
88	NC_016369	TAT	4	59325	59335	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_016369	ATT	4	60041	60051	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_016369	ATA	4	61193	61203	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_016369	CTA	4	61223	61237	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
92	NC_016369	TA	6	62549	62559	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_016369	TCTTAT	3	62897	62913	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
94	NC_016369	AT	6	65892	65902	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_016369	AGA	4	66005	66016	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_016369	CTT	4	66634	66646	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
97	NC_016369	TTAA	3	67109	67120	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_016369	TA	6	67145	67156	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_016369	TTTG	3	67657	67668	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_016369	GCA	4	68501	68512	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
101	NC_016369	GATTAT	3	68549	68565	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
102	NC_016369	AATT	3	68991	69001	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_016369	CAAG	3	70111	70122	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
104	NC_016369	GCT	4	70533	70543	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
105	NC_016369	AACA	3	71151	71161	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
106	NC_016369	AGGC	3	71463	71474	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
107	NC_016369	CAAGG	3	73129	73143	15	40 %	0 %	40 %	20 %	6 %	Non-Coding
108	NC_016369	TG	6	73153	73163	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_016369	TTA	4	73453	73464	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_016369	TTC	4	73956	73968	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
111	NC_016369	CTTA	3	74070	74081	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
112	NC_016369	CTGA	3	74082	74094	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
113	NC_016369	AGC	4	74485	74496	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
114	NC_016369	CTA	4	75005	75015	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
115	NC_016369	CTT	4	75134	75144	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
116	NC_016369	ATT	4	78810	78820	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_016369	CTC	4	79635	79646	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
118	NC_016369	CTAT	5	79911	79931	21	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
119	NC_016369	CTT	4	80045	80057	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
120	NC_016369	AAGA	3	80321	80331	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
121	NC_016369	ATAA	3	80707	80718	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_016369	AAGC	4	80973	80988	16	50 %	0 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
123	NC_016369	TTG	4	81104	81116	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
124	NC_016369	AAG	4	81923	81935	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
125	NC_016369	GCGA	3	82472	82484	13	25 %	0 %	50 %	25 %	7 %	Non-Coding
126	NC_016369	TAT	4	83760	83770	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
127	NC_016369	TC	6	85453	85463	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
128	NC_016369	CTTTT	3	85727	85740	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
129	NC_016369	TTTC	3	87417	87428	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
130	NC_016369	GACC	3	88121	88133	13	25 %	0 %	25 %	50 %	7 %	Non-Coding
131	NC_016369	AAGG	3	88161	88172	12	50 %	0 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016369	TA	7	88212	88224	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
133	NC_016369	TACC	3	88510	88520	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
134	NC_016369	TAATA	3	88556	88570	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
135	NC_016369	GA	6	89980	89991	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_016369	TAA	4	90195	90206	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
137	NC_016369	A	13	90736	90748	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
138	NC_016369	ATTA	3	91176	91187	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016369	AGA	5	92120	92133	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
140	NC_016369	AAG	5	92175	92191	17	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
141	NC_016369	TTTTA	3	92912	92925	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 49