ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 20

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016368	AAG	4	6	17	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_016368	TCT	4	133	143	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
3	NC_016368	GAAA	3	191	201	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_016368	CTAA	3	395	406	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
5	NC_016368	AGCG	3	438	448	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
6	NC_016368	TGGA	3	619	629	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_016368	AAGC	4	1998	2013	16	50 %	0 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
8	NC_016368	AAAAG	4	2588	2607	20	80 %	0 %	20 %	0 %	5 %	Non-Coding
9	NC_016368	TTTTA	3	3921	3935	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
10	NC_016368	CTT	4	4078	4089	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
11	NC_016368	TCTCTT	4	4212	4235	24	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
12	NC_016368	TGAG	3	5038	5048	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_016368	AGAA	4	6039	6053	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
14	NC_016368	ATA	5	6390	6404	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
15	NC_016368	T	14	6435	6448	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_016368	GAAA	3	7033	7043	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_016368	AATAG	3	7401	7415	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_016368	T	12	9350	9361	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_016368	ACGT	3	9540	9550	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
20	NC_016368	GCT	5	10095	10109	15	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
21	NC_016368	TTTC	3	11774	11785	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
22	NC_016368	AAGG	3	11938	11949	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_016368	GCAT	3	14097	14107	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016368	AAAG	3	14566	14577	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016368	TTC	4	15259	15269	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016368	GAA	4	15634	15645	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_016368	GCCC	3	15775	15786	12	0 %	0 %	25 %	75 %	8 %	Non-Coding
28	NC_016368	A	13	17618	17630	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_016368	TAAA	3	18074	18084	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_016368	TCT	4	19407	19419	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
31	NC_016368	TTTG	3	19572	19583	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_016368	AT	6	19605	19615	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_016368	TTA	4	19964	19975	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_016368	ACTT	3	21294	21305	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
35	NC_016368	TTTC	3	21458	21468	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
36	NC_016368	TCATA	3	21879	21893	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
37	NC_016368	ATGG	3	22516	22527	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_016368	GAAT	3	23975	23985	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_016368	TGAA	3	23998	24009	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_016368	TTGG	3	24253	24264	12	0 %	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016368	ACT	4	24859	24869	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
42	NC_016368	TGC	4	25021	25032	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
43	NC_016368	CTTT	3	25613	25624	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016368	TCTT	3	25673	25684	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
45	NC_016368	TAT	4	26449	26461	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_016368	A	14	26592	26605	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_016368	TTTA	3	26695	26706	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_016368	CAT	4	27991	28001	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
49	NC_016368	AGC	4	29581	29591	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
50	NC_016368	T	15	30080	30094	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
51	NC_016368	TCT	4	30150	30161	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
52	NC_016368	G	14	30622	30635	14	0 %	0 %	100 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_016368	AGAA	3	31121	31132	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_016368	GGCA	3	31781	31792	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
55	NC_016368	ACT	4	32011	32022	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
56	NC_016368	AAG	5	32071	32086	16	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
57	NC_016368	AATCT	7	33703	33734	32	40 %	40 %	0 %	20 %	9 %	Non-Coding
58	NC_016368	CTT	4	35572	35583	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
59	NC_016368	TTA	4	35806	35817	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_016368	TTC	4	35901	35912	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016368	TCT	4	36544	36554	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
62	NC_016368	CTTT	3	37160	37170	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
63	NC_016368	CTGC	4	38440	38455	16	0 %	25 %	25 %	50 %	6 %	Non-Coding
64	NC_016368	GCT	4	38665	38675	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
65	NC_016368	TAAAC	3	39170	39183	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
66	NC_016368	CCTT	3	40295	40307	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
67	NC_016368	TC	6	40802	40812	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
68	NC_016368	ATTG	3	40981	40992	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_016368	TTTA	3	41182	41192	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_016368	GAA	4	45009	45020	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_016368	TAT	4	45355	45366	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_016368	ATTT	3	45972	45982	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_016368	GGAA	3	46322	46334	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_016368	GAA	4	48193	48204	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_016368	TTTC	3	48803	48813	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
76	NC_016368	AAG	4	50670	50682	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_016368	AGA	4	52984	52995	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_016368	A	13	53054	53066	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_016368	CAAG	3	53236	53246	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
80	NC_016368	CTA	4	54044	54056	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
81	NC_016368	AGC	4	54166	54177	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
82	NC_016368	GAA	4	55022	55033	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_016368	T	13	55249	55261	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016368	GA	7	56678	56690	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_016368	ACAT	3	56820	56831	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
86	NC_016368	GAA	4	56999	57010	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_016368	A	12	57295	57306	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_016368	TC	6	57560	57571	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
89	NC_016368	ATAA	3	58239	58250	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_016368	AAGA	5	58317	58336	20	75 %	0 %	25 %	0 %	10 %	Non-Coding
91	NC_016368	TC	6	60290	60300	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
92	NC_016368	GCTT	3	61402	61414	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
93	NC_016368	AGA	4	61587	61597	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_016368	TAC	4	62823	62834	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
95	NC_016368	AAGA	3	63093	63104	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_016368	GCCT	3	64289	64301	13	0 %	25 %	25 %	50 %	7 %	Non-Coding
97	NC_016368	AAGAA	3	64631	64644	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_016368	AGA	4	65162	65173	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_016368	CCTT	3	65432	65443	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
100	NC_016368	TTAT	3	65474	65485	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_016368	TTAC	3	67274	67285	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
102	NC_016368	T	13	68029	68041	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016368	G	13	68536	68548	13	0 %	0 %	100 %	0 %	7 %	Non-Coding
104	NC_016368	TTTTA	3	68693	68707	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
105	NC_016368	AAGC	3	68981	68992	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
106	NC_016368	ATTCT	3	69295	69308	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
107	NC_016368	CGTT	3	69759	69770	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016368	GTAGAA	3	71705	71722	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
109	NC_016368	AT	7	72292	72304	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
110	NC_016368	GTTC	3	72595	72606	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
111	NC_016368	TAT	4	73254	73265	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_016368	TCC	4	75709	75720	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
113	NC_016368	AATC	3	75915	75926	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
114	NC_016368	TTGA	3	76227	76238	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_016368	AAGC	4	76729	76743	15	50 %	0 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
116	NC_016368	TTTC	3	77031	77042	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
117	NC_016368	A	13	78012	78024	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_016368	TAAA	3	78522	78533	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_016368	CA	7	78755	78767	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
120	NC_016368	ATTT	3	80635	80646	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_016368	A	14	80733	80746	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
122	NC_016368	TATAA	3	81366	81380	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
123	NC_016368	ACA	4	81577	81588	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
124	NC_016368	A	12	83868	83879	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016368	TAA	4	84396	84407	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_016368	AAC	4	85578	85588	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
127	NC_016368	TA	7	85702	85714	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
128	NC_016368	A	13	85771	85783	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
129	NC_016368	TGAT	3	88828	88839	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
130	NC_016368	CTT	4	89715	89725	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
131	NC_016368	AT	6	89782	89793	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
132	NC_016368	T	16	89844	89859	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
133	NC_016368	GATA	3	90253	90263	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
134	NC_016368	TAT	7	91185	91205	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
135	NC_016368	AGT	4	92294	92305	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_016368	A	13	92684	92696	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
137	NC_016368	ATA	4	93139	93149	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
138	NC_016368	GCAG	3	94412	94423	12	25 %	0 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016368	CTTT	3	98316	98326	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
140	NC_016368	CTT	4	99156	99166	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
141	NC_016368	GTC	4	99346	99357	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
142	NC_016368	AAGA	5	99885	99905	21	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
143	NC_016368	ACT	4	99910	99921	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
144	NC_016368	TCT	4	100310	100321	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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152	NC_016368	AAGT	3	104129	104141	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
153	NC_016368	GTTT	3	104194	104205	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
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155	NC_016368	T	14	105158	105171	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
156	NC_016368	GGATC	3	105772	105787	16	20 %	20 %	40 %	20 %	6 %	Non-Coding
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159	NC_016368	AAAT	3	109115	109125	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
160	NC_016368	TAAA	3	110140	110150	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
161	NC_016368	ATGA	3	110478	110488	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
162	NC_016368	CAGG	3	111146	111156	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
163	NC_016368	CCTT	3	111320	111330	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
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165	NC_016368	T	13	113162	113174	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
166	NC_016368	TAG	4	113379	113390	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
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169	NC_016368	CTTT	3	114017	114027	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
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173	NC_016368	TATAA	3	115288	115302	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_016368	AG	6	116955	116965	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
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176	NC_016368	TC	6	117086	117097	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
177	NC_016368	T	13	119049	119061	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_016368	A	12	119185	119196	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
179	NC_016368	CTT	4	119519	119530	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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182	NC_016368	TCAA	3	121967	121978	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
183	NC_016368	TAAG	3	122181	122191	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
184	NC_016368	AAGAA	3	124258	124271	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
185	NC_016368	GA	6	124324	124334	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
186	NC_016368	AAG	4	124405	124416	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
187	NC_016368	CTTA	3	124432	124443	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
188	NC_016368	ATAAA	3	125607	125621	15	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 20