ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 13

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016363	CTTG	3	186	197	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
2	NC_016363	A	13	459	471	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_016363	TCT	4	654	665	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
4	NC_016363	AG	6	898	908	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016363	TA	6	2581	2591	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_016363	TTC	4	2995	3006	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016363	ACA	5	3012	3025	14	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
8	NC_016363	TACTTT	3	3194	3210	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
9	NC_016363	GAAA	3	3394	3406	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_016363	TA	6	3679	3690	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_016363	GAAAA	3	4253	4266	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_016363	TCT	4	4566	4577	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
13	NC_016363	GAAT	3	4723	4734	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_016363	GAA	4	4863	4873	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_016363	ATTT	3	4943	4955	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_016363	ACT	4	7639	7650	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016363	AGA	4	7702	7713	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_016363	CT	6	7969	7979	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
19	NC_016363	TATCA	3	8668	8683	16	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
20	NC_016363	CGAG	3	9542	9552	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016363	A	15	9710	9724	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_016363	AATCT	3	9846	9859	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
23	NC_016363	AAGG	3	10009	10020	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_016363	CTT	4	10243	10254	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
25	NC_016363	GAA	4	11271	11282	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_016363	TTAA	3	12274	12286	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_016363	CTA	4	12774	12785	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
28	NC_016363	AAGG	3	12813	12825	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_016363	A	15	13402	13416	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
30	NC_016363	AGGCT	3	14303	14316	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
31	NC_016363	AT	7	14404	14416	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_016363	GCTT	3	14785	14795	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
33	NC_016363	TTTC	3	15392	15403	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
34	NC_016363	TTAAAG	3	15655	15672	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
35	NC_016363	GTT	4	17360	17371	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_016363	TGTTAA	3	17374	17392	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
37	NC_016363	AG	6	18208	18218	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_016363	CTTTT	3	18258	18272	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
39	NC_016363	CTTT	3	19824	19834	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
40	NC_016363	TTCT	3	20106	20116	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
41	NC_016363	CTAA	3	20520	20531	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
42	NC_016363	TTCG	3	20720	20731	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
43	NC_016363	GA	6	21436	21446	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_016363	TGT	4	22323	22334	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_016363	TAT	5	22367	22381	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
46	NC_016363	TAG	5	22449	22463	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
47	NC_016363	AG	6	22540	22550	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_016363	TTTC	3	22982	22993	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
49	NC_016363	TA	6	23679	23689	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_016363	TA	6	24482	24492	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_016363	TA	6	25805	25815	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_016363	AGA	4	27564	27575	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_016363	AGCT	3	27828	27839	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
54	NC_016363	ACTC	3	28791	28801	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
55	NC_016363	CGAG	3	29070	29081	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
56	NC_016363	AGGC	3	29258	29269	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
57	NC_016363	ATCT	3	29512	29523	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016363	CTTT	3	30068	30079	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
59	NC_016363	CAAG	3	30157	30168	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
60	NC_016363	ATA	4	31392	31403	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016363	TA	6	31801	31811	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_016363	ACA	4	31946	31956	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
63	NC_016363	CAAA	3	33043	33054	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
64	NC_016363	A	14	33848	33861	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
65	NC_016363	T	17	35078	35094	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
66	NC_016363	GAAA	3	35392	35403	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016363	AGC	4	35485	35495	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
68	NC_016363	ACCT	3	35613	35624	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
69	NC_016363	CAC	4	36131	36142	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
70	NC_016363	TAA	4	36542	36553	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016363	GAA	4	37593	37604	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_016363	AAACA	3	38689	38702	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
73	NC_016363	GGTA	3	40873	40884	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_016363	ATA	4	42529	42541	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_016363	GAGT	3	42730	42742	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_016363	T	14	42811	42824	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_016363	TAT	4	43500	43512	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_016363	ATCA	4	43934	43949	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
79	NC_016363	TATGA	3	44845	44858	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_016363	TA	6	49612	49622	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_016363	AT	6	50384	50395	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_016363	ATA	4	50600	50610	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_016363	ATCA	3	51631	51642	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016363	AGA	4	52365	52375	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_016363	AGA	4	52412	52422	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_016363	AGCA	3	52450	52460	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
87	NC_016363	ATA	4	52762	52773	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_016363	CAAG	3	52845	52856	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
89	NC_016363	ATAGA	3	53828	53842	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016363	GAAAG	3	54070	54083	14	60 %	0 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_016363	A	14	55733	55746	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_016363	TA	7	57237	57250	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_016363	ATA	4	61049	61060	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_016363	TACT	3	61237	61248	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016363	GGT	4	61347	61359	13	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_016363	GCTTTT	3	61808	61826	19	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
97	NC_016363	TA	6	62081	62091	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_016363	TTA	4	62098	62108	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_016363	AG	6	63445	63456	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_016363	AAG	4	64153	64164	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_016363	GTTT	3	65195	65206	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_016363	AAG	4	65381	65393	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
103	NC_016363	TTA	4	65528	65538	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_016363	CTTA	3	65891	65903	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
105	NC_016363	TA	7	65956	65969	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_016363	ATG	4	66792	66802	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_016363	AAAG	3	67393	67403	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_016363	GAA	4	67461	67471	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_016363	TGAA	3	67569	67579	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_016363	AAC	4	68153	68164	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
111	NC_016363	TAG	4	68313	68324	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_016363	AAG	4	68832	68843	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_016363	GTCT	3	68902	68912	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
114	NC_016363	A	13	69812	69824	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
115	NC_016363	TAG	4	70505	70516	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_016363	TAG	4	70639	70650	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_016363	AATTTA	3	70947	70964	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
118	NC_016363	ACT	4	70986	70998	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
119	NC_016363	TGTT	3	71473	71485	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
120	NC_016363	TGC	4	71699	71709	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
121	NC_016363	AG	6	71749	71760	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_016363	TAA	4	71854	71864	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
123	NC_016363	AAAG	3	71925	71935	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_016363	TA	6	72260	72270	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
125	NC_016363	CTG	4	72411	72422	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
126	NC_016363	TA	7	72442	72454	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
127	NC_016363	CTAT	3	72779	72790	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
128	NC_016363	A	14	74093	74106	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
129	NC_016363	GAA	5	75137	75151	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016363	TACT	3	76750	76761	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
131	NC_016363	CTTT	3	76978	76989	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
132	NC_016363	AAG	4	78280	78290	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
133	NC_016363	TTCT	3	79261	79272	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
134	NC_016363	AAAG	3	79306	79316	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
135	NC_016363	A	12	79441	79452	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_016363	CTT	4	79595	79605	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
137	NC_016363	GATA	3	80036	80047	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
138	NC_016363	TCT	4	80591	80602	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
139	NC_016363	CTTT	3	81040	81052	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
140	NC_016363	AGC	4	81063	81074	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
141	NC_016363	A	14	81482	81495	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
142	NC_016363	CTC	4	82421	82432	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
143	NC_016363	TAA	4	82802	82812	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
144	NC_016363	GCTT	3	83314	83325	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
145	NC_016363	TA	6	83882	83894	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
146	NC_016363	A	12	85128	85139	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
147	NC_016363	CCTT	3	85774	85786	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
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151	NC_016363	A	17	88179	88195	17	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_016363	TTA	4	88510	88521	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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154	NC_016363	GCAAA	3	90053	90067	15	60 %	0 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
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156	NC_016363	TCTT	3	91853	91865	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
157	NC_016363	AAGC	3	92651	92662	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
158	NC_016363	GA	6	93692	93703	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
159	NC_016363	CTT	4	93880	93891	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
160	NC_016363	T	12	94049	94060	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_016363	ATGGA	3	94384	94397	14	40 %	20 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
163	NC_016363	TAAG	3	94612	94622	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
164	NC_016363	TTA	4	94845	94856	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
165	NC_016363	ATT	4	95294	95304	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
166	NC_016363	CTT	4	95709	95719	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
167	NC_016363	AAAG	3	96121	96131	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
168	NC_016363	TAT	4	98443	98454	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
169	NC_016363	TCAAA	3	98467	98480	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
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172	NC_016363	AAAAG	3	99386	99400	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
173	NC_016363	TA	6	99605	99615	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
174	NC_016363	A	12	100001	100012	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
175	NC_016363	GGAA	3	100035	100045	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
176	NC_016363	AAACT	3	100171	100185	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
177	NC_016363	CTTT	3	100780	100790	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
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181	NC_016363	TATAC	3	103523	103538	16	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
182	NC_016363	TGCA	3	103584	103594	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
183	NC_016363	AAG	4	103616	103627	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
184	NC_016363	A	12	103645	103656	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
185	NC_016363	AT	6	103731	103742	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
186	NC_016363	AT	6	103804	103814	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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194	NC_016363	AAAAT	3	107215	107229	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
195	NC_016363	AGAA	3	107522	107532	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
196	NC_016363	CTAA	3	108713	108724	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
197	NC_016363	AAAG	3	109614	109626	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
198	NC_016363	GTA	4	109684	109695	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
199	NC_016363	TGAG	3	109996	110007	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
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208	NC_016363	TCCT	3	119900	119910	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
209	NC_016363	TCCC	3	120494	120504	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
210	NC_016363	AAGG	3	120538	120549	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
211	NC_016363	TTGAA	3	121418	121432	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
212	NC_016363	TTAC	3	121439	121451	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
213	NC_016363	TTTG	3	122479	122490	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
214	NC_016363	TTAAT	3	124330	124343	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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219	NC_016363	TCTT	3	127689	127699	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
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221	NC_016363	GTCAT	3	128356	128369	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
222	NC_016363	CTAT	3	128869	128879	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
223	NC_016363	AAGAA	3	129493	129506	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
224	NC_016363	TTC	5	129814	129828	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 13