ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 29

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016362	AAAG	3	339	349	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_016362	GTTA	3	437	447	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_016362	TTTAC	3	823	836	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
4	NC_016362	TCT	4	1461	1472	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
5	NC_016362	T	12	2338	2349	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016362	TTTC	3	2670	2681	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016362	TA	7	3383	3397	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_016362	AT	7	3558	3571	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_016362	TTAA	3	3606	3618	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_016362	AGA	4	4391	4401	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_016362	GAC	4	4932	4943	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
12	NC_016362	GAAA	3	6065	6075	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_016362	TCTT	3	6409	6421	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
14	NC_016362	CTTA	3	7080	7090	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
15	NC_016362	AATTC	4	7457	7475	19	40 %	40 %	0 %	20 %	10 %	Non-Coding
16	NC_016362	CTTT	3	7992	8003	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016362	CTTA	5	8456	8476	21	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
18	NC_016362	CTT	4	8535	8545	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
19	NC_016362	ATC	4	8756	8767	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
20	NC_016362	ATGC	3	9053	9063	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016362	GCAT	3	9151	9162	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
22	NC_016362	ATCT	3	9633	9643	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
23	NC_016362	CCTTTG	3	10249	10267	19	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	10 %	Non-Coding
24	NC_016362	TCTA	3	10553	10565	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
25	NC_016362	GAA	4	10571	10581	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016362	TCAT	3	10713	10724	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
27	NC_016362	TTA	4	10849	10860	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016362	TAT	4	11771	11782	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_016362	CTTT	3	13057	13068	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
30	NC_016362	TCAA	3	13086	13096	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
31	NC_016362	TAC	4	13696	13706	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
32	NC_016362	TTAC	3	14464	14474	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
33	NC_016362	TTAA	3	15494	15506	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_016362	AAGT	3	16813	16823	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_016362	TAG	4	17563	17573	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_016362	GCAC	3	17582	17593	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
37	NC_016362	TAT	4	18304	18316	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_016362	CA	6	18969	18979	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
39	NC_016362	TTTA	3	19163	19174	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_016362	AAT	4	19231	19243	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
41	NC_016362	ATG	4	21819	21830	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_016362	GTA	4	22397	22408	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_016362	CT	6	23241	23252	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
44	NC_016362	A	12	23566	23577	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016362	GTA	4	24046	24057	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_016362	TCT	4	24310	24320	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
47	NC_016362	GGC	4	24339	24350	12	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
48	NC_016362	TAAA	3	24655	24666	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_016362	ATA	4	26179	26190	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_016362	TCT	4	26315	26326	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
51	NC_016362	TACT	3	26624	26634	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
52	NC_016362	AAC	4	26896	26907	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
53	NC_016362	TTGAC	3	27701	27714	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
54	NC_016362	ATA	4	30439	30449	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_016362	A	15	30556	30570	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
56	NC_016362	TTTCTC	3	31013	31030	18	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
57	NC_016362	GCT	4	31269	31280	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
58	NC_016362	GTCT	3	32194	32204	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
59	NC_016362	AAAG	3	32225	32235	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_016362	TTA	4	32366	32377	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016362	TA	6	32617	32627	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_016362	TTG	4	32963	32974	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_016362	AT	6	34613	34624	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_016362	AAG	4	36310	36320	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_016362	AAAG	3	36708	36719	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_016362	A	13	37695	37707	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_016362	CTC	4	37724	37735	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
68	NC_016362	TTTG	3	38010	38020	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_016362	CTTT	3	38146	38157	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
70	NC_016362	CT	6	38336	38347	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
71	NC_016362	TC	7	39805	39817	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
72	NC_016362	CCTT	3	39951	39962	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
73	NC_016362	TA	6	40421	40431	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_016362	AGA	4	40460	40471	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_016362	AAAG	3	40719	40730	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_016362	GAAA	3	40990	41000	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_016362	ATGA	3	41176	41187	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_016362	T	14	41292	41305	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_016362	CATG	3	41749	41759	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
80	NC_016362	AGA	4	42564	42576	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_016362	TA	6	42622	42632	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_016362	AAGA	3	44024	44034	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_016362	ACT	4	44257	44268	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
84	NC_016362	T	12	44417	44428	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016362	AAAG	3	45093	45104	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_016362	CA	6	45464	45474	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
87	NC_016362	AAGA	3	46314	46325	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_016362	TTTC	3	46604	46614	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
89	NC_016362	GAAGTA	3	47023	47040	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
90	NC_016362	ACT	4	47334	47344	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
91	NC_016362	CTTT	3	47917	47927	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
92	NC_016362	CTC	4	49331	49343	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	Non-Coding
93	NC_016362	T	14	49671	49684	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_016362	AGA	4	49880	49892	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_016362	ATAG	3	50000	50011	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_016362	A	13	50600	50612	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016362	TTA	4	50825	50835	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_016362	AAAG	3	52576	52586	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_016362	CT	6	52644	52654	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
100	NC_016362	GAAAA	3	52810	52823	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_016362	AGA	4	52989	52999	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_016362	TCTT	3	53762	53773	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
103	NC_016362	AT	6	53836	53847	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_016362	AGA	4	54537	54548	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_016362	TGG	4	54813	54824	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_016362	GAA	4	55184	55195	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_016362	CTTT	3	55783	55795	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
108	NC_016362	ATCG	3	55985	55997	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
109	NC_016362	AAAGA	3	56302	56316	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
110	NC_016362	TTTGAG	3	56496	56513	18	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
111	NC_016362	GAA	4	57175	57187	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
112	NC_016362	AGT	4	57740	57750	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_016362	TC	7	58183	58195	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
114	NC_016362	AAG	4	58903	58914	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_016362	CACC	3	59834	59845	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
116	NC_016362	TA	6	60468	60478	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_016362	A	13	61023	61035	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_016362	TA	6	61034	61045	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_016362	CTA	4	61162	61172	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
120	NC_016362	ATATG	3	62469	62484	16	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
121	NC_016362	AGA	4	63249	63259	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
122	NC_016362	CGGT	3	63611	63622	12	0 %	25 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
123	NC_016362	CAGT	3	64081	64091	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
124	NC_016362	CAT	4	64322	64332	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
125	NC_016362	CGAG	3	64501	64513	13	25 %	0 %	50 %	25 %	7 %	Non-Coding
126	NC_016362	AGTA	3	65155	65166	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_016362	CTTT	3	66046	66058	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
128	NC_016362	TAG	5	66203	66217	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
129	NC_016362	AAAAG	4	66281	66300	20	80 %	0 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
130	NC_016362	TAA	4	67061	67071	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
131	NC_016362	AGA	4	67229	67240	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
132	NC_016362	TCTA	3	67912	67922	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
133	NC_016362	CTTT	3	68478	68488	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
134	NC_016362	CGT	4	68868	68879	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
135	NC_016362	CTC	4	69405	69415	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
136	NC_016362	TCT	5	69581	69595	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
137	NC_016362	AGA	4	70351	70361	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
138	NC_016362	TGACTC	3	72534	72550	17	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
139	NC_016362	TA	6	73589	73599	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
140	NC_016362	AAG	4	75118	75129	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
141	NC_016362	CGTT	3	76068	76078	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
142	NC_016362	AAAG	3	76323	76333	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
143	NC_016362	AAAG	3	76828	76838	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
144	NC_016362	AAAAG	3	78067	78080	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
145	NC_016362	TATTG	4	78815	78834	20	20 %	60 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016362	AGA	4	78980	78991	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
147	NC_016362	AGA	4	79099	79110	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
148	NC_016362	TA	9	79400	79417	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
149	NC_016362	ATGT	3	79418	79428	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
150	NC_016362	AGGAG	3	79759	79773	15	40 %	0 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_016362	CTTT	3	80692	80703	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_016362	CTTC	3	80895	80906	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
153	NC_016362	GAA	4	82160	82171	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
154	NC_016362	AAG	4	82941	82951	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
155	NC_016362	A	12	83108	83119	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
156	NC_016362	CTT	4	83711	83721	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
157	NC_016362	CTTT	3	83996	84006	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
158	NC_016362	AGA	4	84218	84229	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
159	NC_016362	CTGC	3	84691	84701	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
160	NC_016362	TAA	4	84704	84715	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
161	NC_016362	A	12	87287	87298	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
162	NC_016362	TTA	4	87775	87786	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
163	NC_016362	CTAG	3	87943	87954	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
164	NC_016362	TA	7	88598	88610	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
165	NC_016362	ATGAAG	3	89362	89379	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
166	NC_016362	CAAG	3	89382	89392	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
167	NC_016362	T	14	90001	90014	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
168	NC_016362	TTTC	3	90471	90483	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
169	NC_016362	CCTT	3	91598	91608	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
170	NC_016362	T	12	92018	92029	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
171	NC_016362	TAATAC	3	92110	92126	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
172	NC_016362	AGTG	3	92566	92577	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
173	NC_016362	TCTTT	4	94165	94183	19	0 %	80 %	0 %	20 %	10 %	Non-Coding
174	NC_016362	ACT	4	94335	94347	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
175	NC_016362	TGC	4	96837	96849	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
176	NC_016362	A	12	97071	97082	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_016362	AAT	4	98223	98234	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
178	NC_016362	CTT	4	101352	101363	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
179	NC_016362	G	14	101597	101610	14	0 %	0 %	100 %	0 %	7 %	Non-Coding
180	NC_016362	GCAA	3	101745	101756	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
181	NC_016362	CTTT	3	101851	101862	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
182	NC_016362	AGAAA	3	102396	102409	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
183	NC_016362	CATA	3	102939	102951	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
184	NC_016362	GAAA	3	103039	103049	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
185	NC_016362	AAAG	3	103072	103083	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_016362	AC	6	103841	103851	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
187	NC_016362	CA	6	105162	105172	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
188	NC_016362	TCTT	3	105352	105362	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
189	NC_016362	GTCAA	3	106097	106112	16	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
190	NC_016362	AAGG	3	106668	106678	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 29