ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 46

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016353	GAA	4	190	200	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_016353	CTG	4	882	894	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
3	NC_016353	AGA	4	1274	1284	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_016353	TA	6	2885	2895	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016353	ACT	4	3758	3768	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
6	NC_016353	CTTT	3	4396	4408	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
7	NC_016353	TGAC	3	4944	4955	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
8	NC_016353	CTT	4	4997	5008	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
9	NC_016353	ACTT	3	5777	5787	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
10	NC_016353	CAT	4	6056	6066	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
11	NC_016353	CATT	3	6082	6093	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
12	NC_016353	T	14	6864	6877	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_016353	TTCT	3	7195	7206	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
14	NC_016353	A	14	8347	8360	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_016353	GAAT	3	9042	9052	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_016353	TTATA	3	9923	9937	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016353	AGT	4	10519	10530	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_016353	TCAG	3	11668	11678	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
19	NC_016353	TCA	4	11715	11726	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
20	NC_016353	TAAGA	3	12017	12030	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_016353	AAAG	3	17629	17639	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_016353	GGTA	3	18179	18190	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_016353	GCAAG	3	18363	18376	14	40 %	0 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
24	NC_016353	CTC	4	18406	18416	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
25	NC_016353	TA	6	21080	21090	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016353	TTTAAG	3	21547	21564	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
27	NC_016353	GAAA	3	22153	22165	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_016353	TTTG	3	22660	22671	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_016353	AGA	4	22918	22928	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_016353	TCT	5	23323	23337	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
31	NC_016353	TTAA	3	23654	23665	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_016353	GACC	3	24420	24431	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
33	NC_016353	AGAA	4	24587	24602	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
34	NC_016353	GAAA	3	24604	24614	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_016353	A	12	25173	25184	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_016353	TTATTT	3	25820	25838	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
37	NC_016353	CCCT	3	26706	26717	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
38	NC_016353	CTTT	3	27062	27072	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
39	NC_016353	ATGG	3	27116	27128	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
40	NC_016353	T	12	27398	27409	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016353	AGC	4	27462	27473	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
42	NC_016353	ATC	4	27901	27911	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
43	NC_016353	T	13	30309	30321	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_016353	CTTT	3	30800	30811	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
45	NC_016353	T	12	31213	31224	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_016353	TAA	4	31417	31428	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_016353	GGCAAA	3	31510	31528	19	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
48	NC_016353	CTT	4	31539	31550	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
49	NC_016353	AG	6	32081	32092	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_016353	GGAA	3	34658	34668	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_016353	CAAG	3	35220	35231	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
52	NC_016353	GAAA	3	35323	35334	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_016353	ATG	4	37798	37808	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_016353	ATTC	3	38110	38122	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
55	NC_016353	AGA	5	38138	38152	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
56	NC_016353	TTAA	3	39608	39619	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_016353	T	13	39991	40003	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016353	TTCA	3	40302	40314	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
59	NC_016353	ATA	4	40675	40686	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_016353	CATT	3	41117	41128	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016353	AG	6	41351	41361	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_016353	T	15	41626	41640	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
63	NC_016353	AAAGT	3	41939	41953	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
64	NC_016353	CAGA	3	42133	42145	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
65	NC_016353	TTAT	3	43346	43358	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_016353	TTTC	3	44181	44191	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
67	NC_016353	AGTA	3	44339	44350	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_016353	CTT	4	45115	45125	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
69	NC_016353	TCTT	3	45836	45847	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
70	NC_016353	GAAA	3	46279	46289	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_016353	A	13	47347	47359	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016353	TA	6	47844	47854	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_016353	AGAA	3	48755	48766	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_016353	CTTT	3	49194	49205	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
75	NC_016353	AGA	4	49227	49238	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_016353	CTTGG	4	50625	50643	19	0 %	40 %	40 %	20 %	10 %	Non-Coding
77	NC_016353	GTAAA	3	51017	51031	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
78	NC_016353	TGCC	3	51927	51937	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
79	NC_016353	CTTG	5	52805	52823	19	0 %	50 %	25 %	25 %	10 %	Non-Coding
80	NC_016353	TGTA	3	53414	53426	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_016353	GA	6	55082	55093	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_016353	TA	6	56307	56318	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_016353	TTAC	3	56943	56954	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
84	NC_016353	TA	6	58443	58453	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_016353	A	12	59282	59293	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_016353	TTCT	3	59410	59420	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
87	NC_016353	GAA	4	60002	60012	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_016353	TTA	4	60431	60441	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_016353	AAAGA	3	61190	61203	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_016353	GATC	3	61379	61389	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
91	NC_016353	AAAGTC	3	62277	62295	19	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
92	NC_016353	TAT	4	62298	62308	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_016353	TTAA	3	62391	62401	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_016353	AT	7	62587	62600	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_016353	T	18	62753	62770	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
96	NC_016353	TAT	4	62849	62860	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_016353	AGAA	3	63165	63175	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_016353	TCTT	3	63215	63225	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
99	NC_016353	TA	7	64030	64042	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_016353	CTT	4	64821	64831	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
101	NC_016353	TAGG	3	66749	66760	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_016353	GAA	4	67351	67362	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_016353	T	12	67555	67566	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_016353	TTA	4	68848	68858	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_016353	TA	7	69556	69568	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_016353	TCTA	3	70377	70388	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
107	NC_016353	TTTA	3	70813	70824	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016353	CT	6	71192	71203	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
109	NC_016353	CAG	4	71243	71254	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
110	NC_016353	AATC	4	71710	71724	15	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
111	NC_016353	TGA	4	72073	72084	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_016353	TCT	4	74533	74544	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
113	NC_016353	TTAT	6	74547	74571	25	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_016353	GAA	4	74800	74810	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_016353	ATA	4	76484	76494	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
116	NC_016353	AG	7	77293	77305	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
117	NC_016353	GCTT	3	78018	78029	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
118	NC_016353	TAAA	3	78788	78798	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_016353	CCT	4	78970	78981	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
120	NC_016353	TGC	4	79337	79348	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
121	NC_016353	AAAG	3	79458	79468	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
122	NC_016353	TAA	4	79551	79562	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
123	NC_016353	AGTA	3	79674	79684	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_016353	TCT	4	80082	80093	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
125	NC_016353	CTTT	3	80247	80257	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
126	NC_016353	TTTA	3	81072	81082	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
127	NC_016353	TTCT	3	82016	82026	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
128	NC_016353	TAAG	3	82471	82481	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
129	NC_016353	A	14	82753	82766	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
130	NC_016353	TCTT	3	83014	83025	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
131	NC_016353	ACTC	3	83446	83456	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
132	NC_016353	GAAG	3	83474	83485	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
133	NC_016353	TTTC	4	85412	85428	17	0 %	75 %	0 %	25 %	5 %	Non-Coding
134	NC_016353	GAA	4	86402	86413	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
135	NC_016353	G	12	86637	86648	12	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016353	AAGA	3	87233	87244	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
137	NC_016353	T	13	87862	87874	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016353	TTA	4	87974	87985	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
139	NC_016353	GGTCA	3	88335	88348	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
140	NC_016353	TAA	4	88815	88827	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
141	NC_016353	TTTC	3	89286	89297	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
142	NC_016353	AATT	3	89347	89358	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
143	NC_016353	AT	6	90014	90024	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
144	NC_016353	AAT	4	90064	90075	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
145	NC_016353	AACG	4	90554	90569	16	50 %	0 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
146	NC_016353	AAG	4	90851	90862	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
147	NC_016353	TA	6	93359	93369	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
148	NC_016353	AGA	4	93397	93407	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 46