ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 41

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016350	AAAG	3	230	241	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_016350	CTAAGG	3	357	373	17	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
3	NC_016350	AAAG	3	1362	1372	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_016350	CAATTA	4	1772	1795	24	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
5	NC_016350	TTGA	3	1863	1873	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_016350	A	13	3516	3528	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016350	CAT	4	3930	3940	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
8	NC_016350	CAG	4	4224	4235	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
9	NC_016350	CGCT	3	5665	5676	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
10	NC_016350	GGTT	3	5699	5710	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_016350	ATTTT	4	7024	7044	21	20 %	80 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_016350	CTA	4	7393	7403	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
13	NC_016350	TA	6	7596	7606	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_016350	AGA	4	8545	8556	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_016350	CTTT	3	9019	9030	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
16	NC_016350	CTTTT	3	9203	9216	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
17	NC_016350	CAA	4	9622	9633	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
18	NC_016350	ATTGG	3	9705	9719	15	20 %	40 %	40 %	0 %	6 %	Non-Coding
19	NC_016350	TTTC	3	9973	9983	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
20	NC_016350	TCT	4	11674	11684	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016350	AAG	5	12694	12707	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_016350	CTAT	3	14909	14920	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
23	NC_016350	TCTT	3	15597	15607	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016350	CTTT	3	15819	15829	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
25	NC_016350	GAA	4	16319	16329	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016350	TA	7	17054	17066	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_016350	CAAT	3	19880	19891	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
28	NC_016350	ATT	4	20570	20581	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_016350	CTA	4	20777	20787	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
30	NC_016350	AAAG	3	20887	20898	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_016350	TA	6	20977	20987	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_016350	TCAT	3	25077	25088	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
33	NC_016350	A	12	25138	25149	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_016350	TAAA	3	25238	25249	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_016350	AACAA	3	27080	27094	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
36	NC_016350	TTTC	3	28465	28477	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
37	NC_016350	TTTC	3	28684	28695	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
38	NC_016350	CCTTTT	3	29124	29141	18	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
39	NC_016350	TCT	4	29161	29171	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
40	NC_016350	AT	6	29315	29325	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_016350	ACTG	3	29937	29947	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
42	NC_016350	TAA	5	31746	31759	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
43	NC_016350	CTTAAT	3	31892	31908	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
44	NC_016350	AGA	4	32638	32649	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_016350	TGA	4	32647	32658	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_016350	TA	6	33325	33335	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_016350	TA	7	34503	34515	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_016350	AGT	4	35566	35576	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_016350	AT	6	37258	37268	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_016350	CAAAAG	3	38066	38082	17	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
51	NC_016350	A	13	38290	38302	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_016350	ATTCTT	3	39657	39673	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
53	NC_016350	AATAGC	3	40478	40494	17	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
54	NC_016350	AAAGC	3	40782	40796	15	60 %	0 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
55	NC_016350	ATT	4	41048	41059	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_016350	TAT	4	41798	41809	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_016350	ATA	4	42874	42884	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_016350	CTT	4	43301	43311	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
59	NC_016350	CGAAAC	3	43631	43648	18	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
60	NC_016350	AATC	3	44293	44304	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016350	ACCT	3	44724	44736	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
62	NC_016350	AAGA	3	46461	46472	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_016350	ATTA	3	46474	46485	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_016350	TCT	4	47408	47418	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
65	NC_016350	GAAA	3	48622	48632	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_016350	CAAG	3	48812	48822	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
67	NC_016350	CTT	4	49552	49564	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
68	NC_016350	GA	6	50884	50897	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_016350	CTT	4	51640	51650	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
70	NC_016350	ACT	4	51714	51725	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
71	NC_016350	AAGC	4	54300	54314	15	50 %	0 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
72	NC_016350	TTTC	3	56407	56418	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016350	TCTT	3	56792	56803	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
74	NC_016350	ATT	4	57770	57780	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_016350	TTCA	3	59024	59035	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016350	TCTT	3	59665	59676	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
77	NC_016350	CTT	4	59832	59843	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
78	NC_016350	TGTT	3	60142	60153	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_016350	TTTC	3	60555	60565	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
80	NC_016350	AG	6	60948	60959	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_016350	CCTTG	3	66608	66621	14	0 %	40 %	20 %	40 %	7 %	Non-Coding
82	NC_016350	TTA	4	66985	66996	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_016350	ACT	4	67013	67023	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
84	NC_016350	CTA	4	67137	67147	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
85	NC_016350	TA	6	67971	67981	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_016350	ACA	4	68119	68130	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
87	NC_016350	CCAG	3	68374	68386	13	25 %	0 %	25 %	50 %	7 %	Non-Coding
88	NC_016350	TCTT	3	68394	68405	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
89	NC_016350	ATA	4	68942	68953	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_016350	CAAT	3	70166	70177	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
91	NC_016350	TA	6	70480	70490	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_016350	TAC	4	70792	70803	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
93	NC_016350	TTA	4	71416	71426	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_016350	TTTC	3	71913	71924	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
95	NC_016350	CTTT	3	72134	72144	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
96	NC_016350	A	14	74290	74303	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_016350	CTT	4	74661	74672	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
98	NC_016350	AAGG	3	74952	74962	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_016350	GAAA	3	75098	75109	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_016350	GAAA	3	75153	75163	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_016350	AAGA	4	76261	76275	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
102	NC_016350	TTTTTC	4	77105	77128	24	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
103	NC_016350	ATTAAA	3	79367	79384	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
104	NC_016350	TTTG	3	79909	79920	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016350	AT	6	80059	80069	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_016350	AT	6	80072	80082	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_016350	AAG	4	81926	81937	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_016350	GAAA	3	82196	82206	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_016350	ATTA	3	82247	82258	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_016350	ATTCTT	3	83153	83170	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
111	NC_016350	ATA	4	85938	85948	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_016350	AAAG	3	86200	86211	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_016350	AAAT	3	86702	86713	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_016350	CAT	4	87391	87401	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
115	NC_016350	AGT	4	88066	88077	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_016350	TTCC	3	88674	88685	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
117	NC_016350	AAG	4	89796	89808	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_016350	TATAGA	3	90474	90491	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
119	NC_016350	CTTT	4	92216	92231	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
120	NC_016350	A	16	92373	92388	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
121	NC_016350	AG	6	92440	92451	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_016350	TCCTT	3	92659	92672	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
123	NC_016350	TCT	4	94052	94064	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
124	NC_016350	ATA	5	94196	94209	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
125	NC_016350	T	12	94293	94304	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_016350	TAATG	3	94983	94997	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016350	AAGA	3	95883	95894	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_016350	CTT	4	96351	96361	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
129	NC_016350	GCAA	3	96814	96824	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
130	NC_016350	TCGATC	3	97152	97170	19	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
131	NC_016350	CCTT	3	97210	97221	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016350	GC	6	97537	97547	11	0 %	0 %	50 %	50 %	9 %	Non-Coding
133	NC_016350	TA	6	97662	97672	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
134	NC_016350	AGC	4	98087	98098	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
135	NC_016350	GAAA	3	98439	98450	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_016350	AT	7	99571	99584	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
137	NC_016350	ATT	4	100006	100017	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

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