ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 10

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016349	A	14	847	860	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_016349	AACTGC	3	3824	3841	18	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
3	NC_016349	CATT	3	4324	4335	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
4	NC_016349	GGAG	3	5135	5146	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_016349	AGA	4	6269	6281	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_016349	ATTG	3	7016	7027	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016349	GCT	4	7258	7269	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
8	NC_016349	AATC	3	7440	7452	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
9	NC_016349	CCAA	3	7949	7959	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
10	NC_016349	ATA	4	8244	8254	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_016349	TA	6	9651	9661	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_016349	TAT	4	10441	10452	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_016349	GAA	4	10650	10660	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_016349	TA	6	10866	10876	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_016349	ACT	4	11041	11052	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
16	NC_016349	CTT	5	11305	11319	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
17	NC_016349	CTTT	3	11641	11651	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
18	NC_016349	CCTT	3	13482	13493	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
19	NC_016349	TCCCAA	3	14617	14635	19	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	5 %	Non-Coding
20	NC_016349	TTTC	3	14708	14718	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016349	CTA	4	14819	14829	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
22	NC_016349	TA	7	15506	15519	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_016349	ATTC	3	15844	15854	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016349	TAG	5	15948	15961	14	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_016349	AGCA	3	16296	16307	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
26	NC_016349	CAG	4	16338	16349	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
27	NC_016349	AGTAT	3	18305	18319	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016349	AT	6	18837	18847	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_016349	TA	6	21338	21348	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_016349	AAAG	3	21568	21578	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_016349	AAAG	3	21699	21710	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_016349	AGA	4	21753	21764	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_016349	AAGC	3	22205	22216	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
34	NC_016349	TTGA	3	22309	22319	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_016349	CTTT	3	22536	22547	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
36	NC_016349	ACT	4	22808	22818	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
37	NC_016349	AAAAT	3	23385	23399	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_016349	TTGA	3	23413	23424	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016349	ATT	4	23455	23465	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_016349	AAG	4	24140	24151	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_016349	GAA	4	24926	24936	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_016349	GAAA	3	25331	25342	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016349	GTTT	3	25357	25367	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_016349	AGA	5	25845	25859	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
45	NC_016349	A	13	27727	27739	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_016349	AGCA	3	27830	27841	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016349	ATG	4	29692	29702	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_016349	GGAAA	3	29828	29841	14	60 %	0 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_016349	CT	6	30898	30908	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
50	NC_016349	CTT	4	31003	31013	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
51	NC_016349	A	12	31341	31352	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_016349	TCA	4	31900	31911	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
53	NC_016349	TAA	4	32048	32058	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_016349	TATAGT	3	32101	32117	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
55	NC_016349	GAAA	3	32174	32185	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_016349	CTATA	3	32722	32736	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
57	NC_016349	TGA	4	33157	33168	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_016349	TA	6	33277	33287	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_016349	GTA	4	34169	34180	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_016349	AAGT	4	36388	36402	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
61	NC_016349	ATCG	3	36648	36659	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
62	NC_016349	GAA	4	36769	36781	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
63	NC_016349	ACCC	3	37050	37060	11	25 %	0 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
64	NC_016349	GCC	4	39327	39337	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
65	NC_016349	TA	6	39801	39811	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_016349	TAA	4	39949	39960	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_016349	AGAA	3	40168	40179	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_016349	TTA	4	42948	42959	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_016349	AG	6	43688	43699	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_016349	TAGA	3	43711	43722	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_016349	GATT	3	45456	45467	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_016349	TTTC	3	46313	46324	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
73	NC_016349	GCAA	3	46481	46492	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
74	NC_016349	TCCT	3	46682	46693	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
75	NC_016349	TTTTA	3	46779	46792	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_016349	TCCC	3	46866	46877	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
77	NC_016349	ATA	5	46921	46934	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_016349	CTTT	3	48547	48559	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
79	NC_016349	ATA	4	48570	48581	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_016349	AT	6	48728	48739	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_016349	AAG	4	49217	49228	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_016349	CAA	5	49637	49650	14	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
83	NC_016349	GCGA	3	50246	50257	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
84	NC_016349	GAA	4	50698	50709	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_016349	AT	6	51184	51195	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_016349	T	13	51193	51205	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016349	ATT	6	51739	51755	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
88	NC_016349	CTTT	3	52017	52028	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
89	NC_016349	GTATA	3	52101	52114	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_016349	TTTG	3	52717	52728	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_016349	TCT	4	53001	53012	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
92	NC_016349	ATTTT	3	53033	53047	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
93	NC_016349	AGT	4	53564	53574	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_016349	CTTT	3	53877	53887	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
95	NC_016349	AGT	4	54119	54130	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_016349	A	14	55360	55373	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_016349	TTA	4	55593	55604	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_016349	GTA	4	55895	55905	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_016349	TATAA	3	55999	56012	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_016349	CTT	4	56947	56957	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
101	NC_016349	ATTG	3	57143	57154	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_016349	TA	6	58126	58136	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_016349	GACTAA	3	58928	58945	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
104	NC_016349	AT	6	59427	59437	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_016349	TAT	4	59819	59830	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_016349	T	17	60040	60056	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
107	NC_016349	CTTA	3	61512	61522	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
108	NC_016349	CTTT	3	62149	62160	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016349	AAAG	3	62287	62298	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_016349	TTTCT	3	62319	62332	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
111	NC_016349	TCT	5	62443	62456	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
112	NC_016349	AATTAA	3	62818	62835	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
113	NC_016349	AGAT	3	63505	63517	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
114	NC_016349	TTA	4	64667	64677	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_016349	TA	6	65149	65159	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
116	NC_016349	A	13	65310	65322	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
117	NC_016349	TA	6	65839	65849	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_016349	CAA	4	65879	65890	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
119	NC_016349	TCT	4	66300	66311	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
120	NC_016349	T	19	66530	66548	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
121	NC_016349	CCTT	4	66781	66796	16	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
122	NC_016349	AAAG	3	68160	68171	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
123	NC_016349	AAGC	3	69139	69150	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
124	NC_016349	CTT	4	69960	69970	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
125	NC_016349	G	12	70893	70904	12	0 %	0 %	100 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_016349	TAC	4	71532	71544	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
127	NC_016349	TAA	4	71911	71921	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_016349	CAAA	3	71947	71957	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
129	NC_016349	AAT	4	71960	71970	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
130	NC_016349	AGA	4	72247	72259	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
131	NC_016349	AGA	4	72950	72960	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
132	NC_016349	TC	6	73291	73301	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
133	NC_016349	CTTTA	3	73659	73673	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
134	NC_016349	A	13	73785	73797	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
135	NC_016349	CTT	4	75285	75295	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
136	NC_016349	AAG	4	75398	75410	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
137	NC_016349	TA	7	75668	75680	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
138	NC_016349	ATAG	3	75692	75703	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016349	CTTA	3	76720	76732	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
140	NC_016349	ATG	4	76736	76747	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
141	NC_016349	CTT	4	77325	77336	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
142	NC_016349	ATG	4	77621	77631	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
143	NC_016349	ACT	4	79136	79147	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
144	NC_016349	TC	6	79321	79331	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
145	NC_016349	AT	6	81813	81823	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
146	NC_016349	TAAA	3	82154	82165	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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148	NC_016349	TA	6	83940	83950	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
149	NC_016349	CTTT	3	84508	84518	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
150	NC_016349	GA	6	85607	85617	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
151	NC_016349	CTTT	4	85750	85765	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
152	NC_016349	CCCTT	3	86083	86096	14	0 %	40 %	0 %	60 %	7 %	Non-Coding
153	NC_016349	AGA	4	87528	87539	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
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155	NC_016349	TCT	4	90352	90363	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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158	NC_016349	AAG	4	91731	91741	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
159	NC_016349	TAT	4	91953	91964	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
160	NC_016349	TCATA	3	94490	94503	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
161	NC_016349	TTGA	3	95436	95447	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
162	NC_016349	ATA	4	97600	97611	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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166	NC_016349	TAAA	3	101165	101176	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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172	NC_016349	GAAA	3	105155	105165	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
173	NC_016349	TAT	4	105211	105223	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
174	NC_016349	CTTT	3	105543	105555	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
175	NC_016349	TACCC	3	105620	105633	14	20 %	20 %	0 %	60 %	7 %	Non-Coding
176	NC_016349	TAT	4	106411	106421	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
177	NC_016349	CCTT	3	106665	106676	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
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181	NC_016349	TA	6	109824	109834	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
182	NC_016349	GCTT	3	110192	110203	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
183	NC_016349	TCT	4	110279	110289	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
184	NC_016349	TTGA	3	110505	110517	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
185	NC_016349	ATA	5	110880	110894	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
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195	NC_016349	TAGA	3	117997	118008	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
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198	NC_016349	T	12	121429	121440	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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228	NC_016349	CTTT	3	133969	133979	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
229	NC_016349	AAG	4	134538	134548	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
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231	NC_016349	GTTT	3	136013	136024	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
232	NC_016349	TAA	4	136418	136429	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
233	NC_016349	TAAG	3	137234	137244	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
234	NC_016349	TCT	4	137466	137477	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
235	NC_016349	TGA	4	138185	138196	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
236	NC_016349	CTTA	3	139741	139752	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
237	NC_016349	GCT	4	140179	140190	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 10