ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 3

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016348	AAT	4	109	119	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_016348	AT	6	116	128	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_016348	TTCCA	3	260	274	15	20 %	40 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
4	NC_016348	TAGA	3	1107	1117	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016348	ATA	5	1279	1292	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_016348	CAA	4	1523	1534	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016348	ATA	6	2020	2036	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
8	NC_016348	TAA	5	2763	2776	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_016348	TGA	4	3199	3209	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_016348	TAC	4	3243	3254	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016348	ATA	4	3451	3462	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_016348	TA	6	3644	3654	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_016348	AT	6	4871	4882	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_016348	CTT	4	6002	6013	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
15	NC_016348	AAGG	3	7431	7442	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_016348	TTA	4	7574	7585	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016348	AGA	4	7926	7936	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_016348	GATAG	3	8051	8064	14	40 %	20 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_016348	CTT	4	8463	8475	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
20	NC_016348	TG	6	9335	9345	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016348	CTT	5	10518	10531	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
22	NC_016348	ACCC	3	10845	10856	12	25 %	0 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016348	AGAA	3	11493	11504	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_016348	TTC	4	11561	11571	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
25	NC_016348	T	13	12174	12186	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_016348	GAA	4	12567	12577	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_016348	CAAA	4	13034	13049	16	75 %	0 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
28	NC_016348	AG	6	13458	13468	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_016348	TAAGAA	3	13644	13661	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
30	NC_016348	AGA	4	13872	13883	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_016348	GA	7	15239	15251	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_016348	TAAG	3	16033	16048	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
33	NC_016348	AGT	4	16203	16214	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_016348	TA	6	16231	16241	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_016348	TA	7	16880	16893	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_016348	TA	7	17370	17382	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
37	NC_016348	AT	8	17384	17398	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_016348	TAGAA	4	20237	20256	20	60 %	20 %	20 %	0 %	5 %	Non-Coding
39	NC_016348	AAGG	3	20678	20689	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_016348	ATT	4	21204	21215	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_016348	ACTC	3	21583	21593	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
42	NC_016348	TAT	5	22436	22450	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
43	NC_016348	TA	6	22650	22660	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_016348	TAG	4	23013	23026	14	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_016348	CAAA	3	23317	23329	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
46	NC_016348	TGC	4	23918	23929	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
47	NC_016348	GAAA	3	24263	24274	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_016348	TAC	4	26184	26195	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
49	NC_016348	TTTCA	3	26628	26641	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
50	NC_016348	GCGA	3	27473	27484	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
51	NC_016348	TGG	4	28720	28731	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_016348	AT	7	30928	30940	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_016348	TA	6	31628	31638	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_016348	GA	6	31718	31728	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_016348	GAA	4	32605	32616	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_016348	TAAAT	3	33350	33364	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
57	NC_016348	TA	10	34878	34896	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
58	NC_016348	GCTT	4	35058	35073	16	0 %	50 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
59	NC_016348	TAG	4	36028	36039	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_016348	TATC	3	36751	36762	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016348	AAAG	3	37715	37726	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_016348	CTT	4	38074	38084	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
63	NC_016348	A	13	38647	38659	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
64	NC_016348	GGT	4	38724	38736	13	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	7 %	Non-Coding
65	NC_016348	GAA	4	38801	38813	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_016348	AGA	4	41868	41878	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_016348	AGA	4	42018	42029	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_016348	A	12	42089	42100	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016348	CT	6	43758	43768	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
70	NC_016348	TCTT	4	44433	44448	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
71	NC_016348	AAAG	3	45120	45131	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016348	ATTTT	3	46274	46288	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
73	NC_016348	CTTTA	4	48088	48107	20	20 %	60 %	0 %	20 %	5 %	Non-Coding
74	NC_016348	TTA	4	48458	48469	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_016348	AGT	4	48866	48876	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_016348	TAAA	3	49233	49244	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_016348	AAAGG	3	49264	49278	15	60 %	0 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016348	AAAG	3	49827	49837	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_016348	TCAA	3	50090	50101	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016348	GAA	4	50139	50149	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_016348	A	13	50349	50361	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_016348	AGAA	4	50979	50993	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
83	NC_016348	GAA	4	52025	52035	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_016348	GATG	3	52663	52674	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_016348	AAGC	3	53821	53831	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
86	NC_016348	TTA	4	54896	54906	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_016348	A	13	55098	55110	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_016348	GAAAA	3	56168	56181	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_016348	GAAA	4	56673	56688	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
90	NC_016348	CT	6	57265	57276	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
91	NC_016348	CTTTA	3	57369	57384	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
92	NC_016348	CTTA	3	57974	57984	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
93	NC_016348	TTTG	3	59325	59335	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_016348	CT	6	59907	59917	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
95	NC_016348	GGAAG	3	60337	60351	15	40 %	0 %	60 %	0 %	6 %	Non-Coding
96	NC_016348	AAGAG	3	63242	63255	14	60 %	0 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_016348	TCGA	3	63786	63796	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
98	NC_016348	CTT	4	64618	64628	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
99	NC_016348	CCAAAA	3	64742	64760	19	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
100	NC_016348	TAA	4	65105	65116	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016348	TAATT	3	65677	65691	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
102	NC_016348	TA	7	66159	66171	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
103	NC_016348	TCT	4	66541	66552	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
104	NC_016348	AGC	4	68220	68230	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
105	NC_016348	TGCT	3	68750	68761	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
106	NC_016348	AGAA	3	69497	69508	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016348	TAAA	3	70583	70594	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_016348	GCT	4	71573	71584	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
109	NC_016348	TAA	4	71718	71728	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_016348	A	12	71995	72006	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
111	NC_016348	A	12	72452	72463	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_016348	AGTA	3	72550	72561	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_016348	TAAAA	3	72639	72653	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
114	NC_016348	CTT	4	72679	72691	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
115	NC_016348	CAAAG	3	72841	72854	14	60 %	0 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
116	NC_016348	T	14	74575	74588	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
117	NC_016348	CTC	4	77585	77595	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
118	NC_016348	TTTA	3	77911	77922	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016348	TA	7	79035	79047	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
120	NC_016348	TA	7	81319	81332	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
121	NC_016348	A	12	82193	82204	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_016348	AATG	3	82397	82409	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
123	NC_016348	A	14	83051	83064	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
124	NC_016348	TTAC	3	83134	83145	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
125	NC_016348	CTT	5	85369	85382	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
126	NC_016348	AT	6	85531	85541	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
127	NC_016348	T	15	87043	87057	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
128	NC_016348	ACGCG	3	87552	87566	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
129	NC_016348	GCTTT	3	89640	89654	15	0 %	60 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
130	NC_016348	T	13	89855	89867	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_016348	CTT	4	90081	90091	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
132	NC_016348	AAGG	3	90684	90694	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
133	NC_016348	CTC	4	91307	91317	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
134	NC_016348	ATTTT	3	91359	91374	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
135	NC_016348	AAGGT	3	91376	91389	14	40 %	20 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
136	NC_016348	AGA	4	92300	92311	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
137	NC_016348	TTCTC	3	93033	93046	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
138	NC_016348	AAAG	3	93478	93489	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016348	AAAG	3	94647	94658	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
140	NC_016348	TTAA	3	97972	97984	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
141	NC_016348	AGA	4	99801	99812	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
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177	NC_016348	TCTT	3	125073	125084	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 3