ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene conica mitochondrion chromosome 52

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016279	TTAC	3	27	38	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
2	NC_016279	AT	6	1052	1063	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_016279	GCAAA	3	1807	1820	14	60 %	0 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
4	NC_016279	TAAG	3	2141	2152	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016279	GGCTT	3	2286	2299	14	0 %	40 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
6	NC_016279	CTTT	3	2397	2408	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016279	GAA	4	2860	2870	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_016279	TAGG	3	5703	5714	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016279	AAAG	3	5767	5778	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_016279	CAG	4	5955	5966	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
11	NC_016279	AGC	4	7175	7185	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
12	NC_016279	CTA	5	7222	7235	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
13	NC_016279	CTT	4	7905	7916	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016279	AAGG	3	8022	8033	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_016279	TA	6	8239	8249	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_016279	AAAG	3	8280	8291	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016279	CTTCT	3	9399	9412	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
18	NC_016279	TA	6	9435	9445	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_016279	CTTT	3	10289	10300	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
20	NC_016279	AG	6	10482	10492	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016279	CT	7	11298	11311	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
22	NC_016279	AGA	4	11849	11859	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_016279	CT	6	12270	12280	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016279	ATA	4	12490	12502	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_016279	TA	6	12937	12948	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_016279	GCGGA	3	12965	12978	14	20 %	0 %	60 %	20 %	7 %	Non-Coding
27	NC_016279	AAAG	4	14184	14199	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
28	NC_016279	CTT	4	15338	15350	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
29	NC_016279	AAGA	3	15568	15579	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_016279	AT	6	15640	15651	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_016279	TA	6	16797	16808	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_016279	CCT	4	17655	17665	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
33	NC_016279	ATCT	3	17722	17734	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
34	NC_016279	TGA	4	17883	17894	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_016279	AAGT	3	18028	18038	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_016279	TA	6	18117	18128	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_016279	TTTAA	3	18154	18169	16	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_016279	CTTT	3	18310	18320	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
39	NC_016279	GCAAA	3	18545	18558	14	60 %	0 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
40	NC_016279	TAGA	3	19875	19885	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_016279	TCT	4	20300	20311	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
42	NC_016279	CTTT	3	20331	20341	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
43	NC_016279	AATC	3	20343	20354	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
44	NC_016279	AT	6	21059	21070	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_016279	TA	6	21614	21625	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_016279	TC	8	21984	21998	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
47	NC_016279	GAA	4	22572	22584	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_016279	ATTAGA	3	23620	23636	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
49	NC_016279	CT	6	23912	23922	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
50	NC_016279	TCTT	3	24232	24242	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
51	NC_016279	TC	6	24631	24642	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
52	NC_016279	GAA	4	25632	25643	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_016279	ATT	4	29439	29450	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_016279	AAAT	3	29857	29868	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_016279	ATAG	4	30175	30190	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
56	NC_016279	TTAG	3	30236	30247	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016279	CTA	4	30570	30581	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016279	TA	6	32424	32434	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_016279	TGCT	3	33414	33426	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
60	NC_016279	AT	6	35502	35513	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016279	TA	6	36121	36131	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_016279	TA	6	36449	36459	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_016279	AAAG	3	38909	38920	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016279	TC	6	42913	42924	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
65	NC_016279	CA	6	43162	43173	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
66	NC_016279	TTG	4	43997	44008	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_016279	CTT	4	44416	44427	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
68	NC_016279	GCT	4	44925	44935	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
69	NC_016279	CAAC	3	45015	45026	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
70	NC_016279	CT	6	45698	45709	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
71	NC_016279	TA	7	45800	45813	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
72	NC_016279	CTT	4	46221	46232	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
73	NC_016279	GAGG	3	47143	47154	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_016279	CTT	6	48030	48048	19	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10 %	Non-Coding
75	NC_016279	TCT	4	48215	48226	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
76	NC_016279	AAAG	3	48732	48743	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016279	TA	6	49709	49719	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_016279	CTTT	3	50485	50496	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016279	AGT	4	50548	50559	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_016279	CTT	4	50564	50575	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
81	NC_016279	AAAAG	3	50797	50810	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_016279	AAAG	3	50897	50908	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_016279	TGAA	3	51000	51012	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_016279	TGCT	3	51843	51853	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
85	NC_016279	CT	6	52080	52090	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
86	NC_016279	AGTC	3	52218	52229	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
87	NC_016279	TTTC	3	53482	53492	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
88	NC_016279	TA	7	53736	53748	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_016279	GATA	4	53954	53968	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
90	NC_016279	AGA	4	54386	54397	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_016279	CTTT	3	54565	54575	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
92	NC_016279	TA	6	55349	55360	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_016279	GAG	4	55797	55808	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_016279	CAA	4	55962	55973	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
95	NC_016279	AAAG	3	58572	58582	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_016279	GCT	4	58811	58822	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
97	NC_016279	CCT	4	61518	61529	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
98	NC_016279	AAG	4	61963	61973	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_016279	TCT	5	62464	62477	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
100	NC_016279	TAAGA	3	62880	62893	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_016279	TCTCCT	3	64560	64578	19	0 %	50 %	0 %	50 %	10 %	Non-Coding
102	NC_016279	AG	6	64834	64844	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_016279	TA	6	66050	66060	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_016279	TTCT	3	67043	67053	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
105	NC_016279	CGGA	3	67715	67725	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
106	NC_016279	AGAT	3	67938	67949	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016279	AGA	4	69167	69177	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_016279	TA	6	70336	70346	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_016279	TAAA	3	70780	70791	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_016279	CTTT	3	72487	72498	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
111	NC_016279	AAAG	3	72678	72688	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_016279	AAAG	3	72920	72930	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_016279	TCT	4	73649	73661	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
114	NC_016279	AGT	5	73731	73745	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
115	NC_016279	GTTA	3	74113	74124	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_016279	TGAGAT	3	74199	74215	17	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
117	NC_016279	GCA	4	74243	74254	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
118	NC_016279	TAAA	3	75521	75531	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_016279	CTA	4	77447	77459	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
120	NC_016279	TAA	4	78267	78278	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_016279	TTCA	3	78682	78692	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
122	NC_016279	GTT	4	79003	79015	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
123	NC_016279	TTCT	3	79367	79378	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016279	CTGC	3	79938	79948	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
125	NC_016279	GA	8	80363	80377	15	50 %	0 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
126	NC_016279	TA	6	81316	81326	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
127	NC_016279	GGCC	3	81622	81632	11	0 %	0 %	50 %	50 %	9 %	Non-Coding
128	NC_016279	TCC	4	82250	82260	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
129	NC_016279	CT	6	84269	84279	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
130	NC_016279	CTTT	4	85166	85182	17	0 %	75 %	0 %	25 %	5 %	Non-Coding
131	NC_016279	TCT	4	85205	85215	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
132	NC_016279	TAAG	3	85698	85709	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016279	TC	6	86039	86049	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
134	NC_016279	TCT	4	87004	87014	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
135	NC_016279	CCT	4	87247	87258	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
136	NC_016279	TCT	4	87325	87337	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
137	NC_016279	CT	8	87572	87586	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
138	NC_016279	AT	6	87905	87918	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
139	NC_016279	GCCA	3	88177	88187	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
140	NC_016279	GGC	4	88205	88217	13	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene conica mitochondrion chromosome 52