ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene conica mitochondrion chromosome 1

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016249	TA	6	1614	1626	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_016249	TTTA	3	1706	1717	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_016249	CGAA	3	4512	4522	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
4	NC_016249	TAC	4	5979	5990	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
5	NC_016249	TCT	4	6762	6772	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
6	NC_016249	ACCT	3	6807	6817	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
7	NC_016249	ATCT	3	6818	6828	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
8	NC_016249	AGA	5	6905	6919	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
9	NC_016249	TCT	4	7390	7400	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
10	NC_016249	GATT	3	8538	8550	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_016249	GATTA	3	8567	8580	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_016249	CTTT	3	8840	8851	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016249	GCA	4	10350	10362	13	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
14	NC_016249	TTC	4	10713	10723	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
15	NC_016249	CT	6	11142	11152	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
16	NC_016249	TCT	4	11288	11300	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
17	NC_016249	TAAC	3	12340	12351	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
18	NC_016249	AAAG	3	14347	14357	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_016249	TCA	4	16138	16148	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
20	NC_016249	GCAGTA	3	16417	16434	18	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
21	NC_016249	AGCT	3	18299	18309	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
22	NC_016249	AGAA	3	20707	20717	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_016249	TC	6	21715	21726	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
24	NC_016249	CT	6	22056	22067	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
25	NC_016249	CTC	4	23556	23566	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016249	TA	6	24461	24471	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_016249	TTCG	3	25159	25169	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
28	NC_016249	CTGCT	3	25250	25263	14	0 %	40 %	20 %	40 %	7 %	Non-Coding
29	NC_016249	TA	6	26156	26166	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_016249	TA	6	26265	26275	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_016249	TA	7	26748	26760	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_016249	TAG	4	27102	27112	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_016249	AAAG	3	27924	27936	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_016249	ATG	4	28483	28495	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
35	NC_016249	GCTCT	3	28595	28608	14	0 %	40 %	20 %	40 %	7 %	Non-Coding
36	NC_016249	TAG	4	28880	28890	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_016249	AG	6	29152	29162	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_016249	AGA	4	29296	29307	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_016249	TGGGG	3	29789	29803	15	0 %	20 %	80 %	0 %	6 %	Non-Coding
40	NC_016249	GA	7	30308	30321	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
41	NC_016249	AGAA	3	30566	30578	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
42	NC_016249	CTAAGG	3	32310	32327	18	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
43	NC_016249	TTAA	3	34357	34367	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_016249	GAAA	3	34754	34764	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_016249	AGA	4	34809	34820	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_016249	AT	6	35896	35909	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_016249	AT	6	39018	39028	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_016249	AAG	4	39833	39843	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_016249	TTCA	3	40097	40107	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
50	NC_016249	AAAAAG	3	40242	40259	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
51	NC_016249	GAA	4	40439	40451	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_016249	AGTC	3	40986	40996	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
53	NC_016249	GTTT	3	41252	41263	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_016249	TA	6	41453	41464	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_016249	TA	6	42442	42453	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_016249	TAC	5	43417	43430	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
57	NC_016249	TCT	4	43777	43787	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
58	NC_016249	TCTT	3	44675	44686	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016249	ACTTT	3	45526	45540	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
60	NC_016249	CTT	4	46169	46181	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
61	NC_016249	TCTT	3	47771	47782	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016249	TA	6	49912	49923	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_016249	TAC	4	50264	50275	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
64	NC_016249	CT	6	50504	50514	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
65	NC_016249	GT	6	51479	51489	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_016249	TCT	4	51531	51542	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
67	NC_016249	TCT	4	51701	51712	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
68	NC_016249	AG	6	51918	51930	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_016249	CTT	4	51995	52006	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
70	NC_016249	AGA	4	52382	52393	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_016249	AGGCT	3	54891	54906	16	20 %	20 %	40 %	20 %	6 %	Non-Coding
72	NC_016249	GAA	4	58369	58380	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_016249	TAACC	3	59060	59073	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
74	NC_016249	CTT	4	59362	59373	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016249	TGAAG	3	59501	59514	14	40 %	20 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_016249	ACTT	3	61113	61124	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
77	NC_016249	TAGG	4	61739	61753	15	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
78	NC_016249	AT	6	64694	64705	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_016249	CT	6	65005	65016	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
80	NC_016249	TCT	4	65099	65109	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
81	NC_016249	CTTT	3	65421	65433	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
82	NC_016249	TTC	4	65846	65857	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
83	NC_016249	TCT	4	66469	66479	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
84	NC_016249	AATC	3	66730	66742	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
85	NC_016249	TTCA	3	67420	67432	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
86	NC_016249	AGA	4	68417	68427	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_016249	CTT	4	71063	71074	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
88	NC_016249	AAG	4	71185	71196	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_016249	CCTT	3	71303	71313	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
90	NC_016249	CTTTT	3	71779	71793	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
91	NC_016249	GAAA	4	72102	72117	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
92	NC_016249	GCA	5	72258	72272	15	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
93	NC_016249	AGAA	3	76599	76610	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_016249	ACAA	3	76658	76669	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
95	NC_016249	TCTT	3	78181	78191	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
96	NC_016249	AT	7	78448	78461	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_016249	TTAG	3	81791	81802	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_016249	AAG	4	82057	82067	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_016249	GAAA	3	82726	82736	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_016249	GTA	4	82810	82820	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_016249	AG	6	83182	83193	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_016249	ATTC	3	84758	84768	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
103	NC_016249	ATTC	3	84921	84931	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
104	NC_016249	GAAA	3	85348	85359	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_016249	TCT	6	86398	86414	17	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
106	NC_016249	AG	6	87260	87270	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_016249	ATC	4	87369	87379	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
108	NC_016249	GT	6	87490	87501	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_016249	AT	6	87869	87880	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_016249	AGA	4	88930	88942	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
111	NC_016249	AAAAG	3	89184	89198	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
112	NC_016249	AAAG	3	89201	89211	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_016249	CTTT	3	90664	90674	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
114	NC_016249	AGAA	3	90973	90984	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016249	AGA	4	91081	91092	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_016249	TGG	4	91831	91841	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_016249	TC	6	92142	92152	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
118	NC_016249	TA	6	93256	93266	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_016249	CTT	5	93777	93792	16	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
120	NC_016249	TCT	4	93816	93826	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
121	NC_016249	TA	7	94065	94079	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
122	NC_016249	TAAG	3	94528	94539	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016249	TTC	4	95571	95582	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
124	NC_016249	TCT	4	95737	95747	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
125	NC_016249	GAAG	3	95790	95801	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_016249	CTTTTT	3	96588	96605	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
127	NC_016249	AGAA	3	97032	97042	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_016249	AT	6	97411	97422	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_016249	GA	8	98835	98849	15	50 %	0 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
130	NC_016249	TCTT	4	99096	99111	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
131	NC_016249	AG	6	99601	99611	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
132	NC_016249	TTAG	3	99626	99636	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
133	NC_016249	GAAA	3	99701	99711	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
134	NC_016249	TC	6	99949	99959	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
135	NC_016249	GGTA	3	100043	100054	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_016249	TA	6	100288	100299	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
137	NC_016249	GGAG	3	100540	100551	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
138	NC_016249	TTGT	3	100742	100753	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016249	CTT	5	100821	100834	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
140	NC_016249	TGAA	3	100924	100934	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
141	NC_016249	AGA	4	101787	101798	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
142	NC_016249	GA	6	101940	101951	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
143	NC_016249	TTCG	3	102108	102119	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016249	AAGA	3	102764	102775	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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147	NC_016249	GAAA	3	103355	103366	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
148	NC_016249	AAGA	3	103834	103845	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_016249	CAAA	3	104374	104386	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
150	NC_016249	TCT	4	104909	104920	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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152	NC_016249	CT	6	105459	105470	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
153	NC_016249	AGA	4	105650	105660	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
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155	NC_016249	AAG	4	106002	106012	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
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159	NC_016249	CTCGT	3	106867	106881	15	0 %	40 %	20 %	40 %	6 %	Non-Coding
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172	NC_016249	GA	7	114105	114117	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
173	NC_016249	TGAA	3	115269	115279	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
174	NC_016249	CCTT	3	115726	115737	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
175	NC_016249	ACTT	3	115921	115931	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
176	NC_016249	AG	6	118558	118568	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
177	NC_016249	GA	6	119221	119231	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
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272	NC_016249	CTT	4	155221	155231	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
273	NC_016249	TA	6	155445	155456	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
274	NC_016249	TC	7	156564	156576	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
275	NC_016249	TC	6	156589	156601	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
276	NC_016249	TGAA	3	157295	157305	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
277	NC_016249	AG	6	157331	157341	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
278	NC_016249	GAA	5	158270	158283	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
279	NC_016249	CCTT	3	158445	158456	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
280	NC_016249	CTT	4	158857	158868	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
281	NC_016249	GA	6	159261	159271	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
282	NC_016249	TGAA	3	159334	159344	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
283	NC_016249	AG	6	159354	159364	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
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287	NC_016249	TCT	4	160324	160335	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
288	NC_016249	TCTT	3	161949	161960	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
289	NC_016249	TA	6	162002	162012	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
290	NC_016249	TTC	4	162893	162904	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene conica mitochondrion chromosome 1