ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene conica mitochondrion chromosome 39

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016244	AGA	4	360	371	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_016244	AT	6	1175	1186	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_016244	AGA	5	1299	1313	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
4	NC_016244	TTTG	3	1348	1360	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_016244	AT	6	1806	1817	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_016244	CTTCT	3	2190	2203	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
7	NC_016244	TAAG	3	2672	2683	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016244	CTT	4	2934	2945	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
9	NC_016244	GAA	4	3290	3300	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_016244	ATTT	3	4653	4664	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_016244	AAAGA	3	4994	5009	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_016244	CCCT	3	6217	6228	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
13	NC_016244	TCT	4	7653	7665	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
14	NC_016244	AGT	4	7710	7721	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_016244	CT	7	7896	7909	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
16	NC_016244	AAG	4	9040	9050	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_016244	CTT	4	9651	9662	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
18	NC_016244	AG	7	10017	10030	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_016244	CT	6	10787	10797	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
20	NC_016244	AAAAGA	3	10927	10943	17	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
21	NC_016244	GAAAA	3	11005	11018	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_016244	TA	7	11152	11164	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_016244	AG	6	11637	11647	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016244	TTAT	3	11722	11733	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_016244	CT	6	11829	11839	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016244	GGAA	3	12680	12690	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_016244	TCT	4	12805	12815	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
28	NC_016244	CTT	4	13420	13430	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
29	NC_016244	TTC	4	13523	13535	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
30	NC_016244	TCT	4	13900	13911	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
31	NC_016244	GAG	4	15867	15878	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_016244	AAG	4	16060	16070	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_016244	GAAA	3	16926	16937	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_016244	TCTT	3	17263	17274	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
35	NC_016244	CTTG	3	17290	17302	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
36	NC_016244	CT	6	17552	17562	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
37	NC_016244	TGTT	3	17810	17820	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_016244	CGAAAG	3	18008	18025	18	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
39	NC_016244	AT	6	18040	18051	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_016244	GAA	4	18100	18112	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
41	NC_016244	AGA	4	19188	19199	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_016244	TA	7	19289	19301	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
43	NC_016244	AGGA	3	19574	19584	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_016244	TA	7	20411	20423	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_016244	CGAA	3	20476	20487	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
46	NC_016244	TTTA	3	20724	20735	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016244	AGGA	3	25205	25216	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_016244	TACT	3	25435	25446	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
49	NC_016244	TTTC	3	26914	26925	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016244	TA	6	27155	27165	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_016244	TCTCCT	3	27768	27784	17	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	Non-Coding
52	NC_016244	TATGA	3	28188	28202	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
53	NC_016244	TCTTT	3	30067	30080	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
54	NC_016244	AAG	4	30238	30249	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_016244	TC	6	30566	30577	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
56	NC_016244	ATATT	3	32554	32568	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
57	NC_016244	CTAA	3	32843	32853	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
58	NC_016244	AAAG	3	32990	33000	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_016244	TAGT	3	33271	33282	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_016244	TA	6	34312	34322	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_016244	AAGA	3	35079	35089	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_016244	AAGA	3	35208	35219	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_016244	TTAA	3	35970	35980	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_016244	TCT	4	36306	36316	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
65	NC_016244	CATG	3	36950	36960	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
66	NC_016244	CT	6	38154	38165	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
67	NC_016244	TTTC	3	39464	39475	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
68	NC_016244	ATAAG	3	39553	39566	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_016244	TA	7	43006	43018	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_016244	GCT	4	43602	43613	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
71	NC_016244	AAAG	3	43666	43678	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
72	NC_016244	AATTA	3	43682	43696	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
73	NC_016244	CTA	4	44587	44597	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
74	NC_016244	TTTG	3	47305	47315	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_016244	ATCA	3	48381	48392	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
76	NC_016244	CAG	4	49845	49856	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
77	NC_016244	AGA	4	50234	50245	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_016244	CTTA	3	50966	50976	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
79	NC_016244	AAAG	3	52027	52037	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_016244	TTAC	3	52488	52498	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
81	NC_016244	GA	6	53316	53326	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_016244	A	13	53410	53422	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_016244	ATC	4	54678	54690	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
84	NC_016244	AT	6	54850	54860	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_016244	AT	6	55144	55154	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_016244	AAG	4	55310	55320	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_016244	TC	6	55429	55440	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
88	NC_016244	AAAG	3	55570	55580	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_016244	ATCT	3	55751	55763	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
90	NC_016244	CT	7	56074	56086	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
91	NC_016244	GCTC	3	56728	56738	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
92	NC_016244	TCT	4	57599	57609	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
93	NC_016244	TA	9	58531	58547	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
94	NC_016244	TA	6	58563	58573	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_016244	CAAG	5	58682	58701	20	50 %	0 %	25 %	25 %	10 %	Non-Coding
96	NC_016244	AGT	4	59172	59184	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_016244	GAA	4	59316	59327	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_016244	GTA	4	60489	60499	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_016244	AG	6	61025	61035	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_016244	ATC	4	61125	61135	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
101	NC_016244	AG	7	61503	61515	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_016244	AG	6	62403	62413	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_016244	CTT	4	63053	63065	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
104	NC_016244	GAAA	3	63176	63187	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016244	GTA	4	63579	63589	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_016244	TCT	4	63706	63717	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
107	NC_016244	GA	6	64743	64753	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_016244	ACTA	3	64890	64901	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
109	NC_016244	CT	7	65102	65114	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
110	NC_016244	AGA	4	66083	66093	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_016244	ACAG	3	66362	66372	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
112	NC_016244	TAAG	3	66564	66575	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_016244	TGGC	3	66780	66790	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
114	NC_016244	GAA	4	66910	66920	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_016244	CATT	3	67324	67335	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
116	NC_016244	TTCT	4	67376	67390	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
117	NC_016244	CTT	4	67994	68004	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
118	NC_016244	AT	6	68066	68077	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_016244	TA	7	68728	68740	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
120	NC_016244	GCTT	3	69145	69156	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
121	NC_016244	GTTT	3	70727	70738	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_016244	CTT	4	70795	70805	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
123	NC_016244	GA	7	71767	71779	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
124	NC_016244	AAGA	3	71907	71918	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_016244	TTAAA	3	72418	72433	16	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
126	NC_016244	TA	6	72445	72456	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_016244	ACTT	3	72535	72545	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
128	NC_016244	CT	7	72970	72982	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
129	NC_016244	ACT	8	73700	73721	22	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
130	NC_016244	GGGA	3	74412	74422	11	25 %	0 %	75 %	0 %	9 %	Non-Coding
131	NC_016244	AAAG	3	74949	74959	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
132	NC_016244	CCTT	3	75342	75353	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
133	NC_016244	TA	6	76131	76142	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
134	NC_016244	CCTT	3	76269	76280	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
135	NC_016244	TAG	4	78157	78168	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_016244	CT	6	78905	78916	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
137	NC_016244	CCT	4	80541	80551	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
138	NC_016244	CT	6	81346	81356	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
139	NC_016244	AGA	4	81586	81597	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
140	NC_016244	AGA	4	81971	81981	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
141	NC_016244	AG	6	82339	82350	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
142	NC_016244	TCT	4	82827	82838	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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176	NC_016244	CTT	4	96263	96273	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
177	NC_016244	AGA	4	96692	96703	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
178	NC_016244	AAGA	3	97913	97923	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
179	NC_016244	ATA	4	98013	98024	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene conica mitochondrion chromosome 39