ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene conica mitochondrion chromosome 5

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016212	TTCTCC	3	852	868	17	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	Non-Coding
2	NC_016212	CTTC	3	1247	1258	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
3	NC_016212	CCTT	3	1756	1767	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
4	NC_016212	AGGC	3	2014	2024	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016212	GAAA	3	2063	2073	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_016212	CAAA	3	3805	3816	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016212	CTTC	3	4323	4334	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016212	TA	6	4492	4503	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_016212	GAA	5	4701	4715	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
10	NC_016212	TGAA	3	6405	6415	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_016212	TCT	4	6617	6628	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
12	NC_016212	GA	6	6823	6834	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_016212	AG	6	7181	7192	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_016212	GAAA	3	7734	7744	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_016212	GGAA	3	8128	8139	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_016212	CTT	4	9100	9111	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016212	AGA	5	9563	9578	16	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_016212	TAAC	3	9844	9854	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
19	NC_016212	GAA	4	10192	10203	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_016212	CT	8	10732	10747	16	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
21	NC_016212	CTTA	3	10998	11009	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016212	CCTT	3	11206	11217	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
23	NC_016212	TCTT	4	11757	11771	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
24	NC_016212	TTTTCT	3	11962	11980	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
25	NC_016212	CCT	5	13950	13963	14	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	Non-Coding
26	NC_016212	TAAGAA	3	14371	14388	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
27	NC_016212	AAG	4	15463	15474	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_016212	GA	6	17593	17603	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_016212	AGA	4	18224	18234	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_016212	TGAA	3	18474	18484	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_016212	TGAA	3	18533	18543	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_016212	CTT	4	19066	19078	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
33	NC_016212	TCT	5	19105	19118	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
34	NC_016212	TA	6	19722	19733	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_016212	TGAA	3	19928	19938	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_016212	AAGA	3	20776	20787	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_016212	GAA	4	21937	21949	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_016212	AG	7	23227	23239	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_016212	TC	6	24869	24879	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
40	NC_016212	AT	6	26203	26213	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_016212	CT	6	27568	27578	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
42	NC_016212	AT	6	27767	27778	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_016212	TA	6	28620	28631	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_016212	CT	6	28798	28808	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
45	NC_016212	TTTTC	3	28826	28841	16	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
46	NC_016212	GAAA	3	28914	28925	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_016212	AT	6	29015	29026	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_016212	GTTT	3	29152	29163	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_016212	TCTT	3	29686	29697	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
50	NC_016212	TC	6	30081	30092	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
51	NC_016212	AGA	4	30989	31000	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_016212	TATTCT	3	31230	31247	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
53	NC_016212	GAAA	3	32302	32312	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_016212	TGAA	3	32804	32814	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_016212	GGTA	3	33781	33792	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_016212	AG	7	34360	34372	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
57	NC_016212	TCTT	3	34906	34916	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
58	NC_016212	TTTG	3	35382	35394	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_016212	CTT	4	35428	35440	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
60	NC_016212	CTTT	4	35566	35581	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
61	NC_016212	AAG	4	35643	35654	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_016212	GAG	4	36176	36187	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_016212	GA	6	36265	36275	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_016212	TTTG	3	36305	36315	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_016212	TTTC	3	37327	37338	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
66	NC_016212	AT	6	38265	38276	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_016212	GAAA	3	38324	38335	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016212	AG	6	39436	39446	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_016212	ACTT	3	41267	41278	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
70	NC_016212	AAG	4	41544	41554	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_016212	TACT	3	42762	42773	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
72	NC_016212	TTC	4	42916	42926	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
73	NC_016212	AATA	3	43234	43245	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_016212	TAAGT	3	43523	43538	16	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
75	NC_016212	AAAG	3	43921	43931	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_016212	GT	6	44431	44441	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_016212	AAGA	3	44462	44473	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_016212	TTG	4	44912	44923	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_016212	TTCA	3	44947	44957	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
80	NC_016212	GTTT	3	46017	46027	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_016212	AGTA	3	46625	46637	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_016212	ACGTG	3	47025	47038	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
83	NC_016212	TCTT	3	47049	47059	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
84	NC_016212	ACT	4	47517	47527	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
85	NC_016212	TA	6	48091	48102	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_016212	TGCG	3	48217	48229	13	0 %	25 %	50 %	25 %	7 %	Non-Coding
87	NC_016212	GGCA	3	49566	49577	12	25 %	0 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016212	ACCC	3	50783	50793	11	25 %	0 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
89	NC_016212	TAG	5	50939	50953	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
90	NC_016212	GT	6	51442	51452	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_016212	TAAG	4	51700	51715	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
92	NC_016212	CTA	4	52142	52152	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
93	NC_016212	AT	7	52170	52182	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_016212	TCCTT	3	52805	52819	15	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
95	NC_016212	TTCT	4	53578	53594	17	0 %	75 %	0 %	25 %	5 %	Non-Coding
96	NC_016212	AAG	4	55681	55692	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_016212	TA	6	56345	56356	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_016212	TGA	4	57449	57460	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_016212	AG	6	57529	57539	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_016212	CGTT	3	58323	58333	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
101	NC_016212	TA	8	59541	59557	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
102	NC_016212	TC	6	59749	59759	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
103	NC_016212	ATTT	3	59794	59805	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_016212	CTT	4	59856	59868	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
105	NC_016212	AAAG	3	60312	60323	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_016212	TAT	4	60901	60912	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_016212	CT	6	61018	61029	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
108	NC_016212	TA	6	61229	61239	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_016212	CTT	4	61931	61943	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
110	NC_016212	GCTT	3	62143	62153	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
111	NC_016212	AGAA	3	62803	62815	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
112	NC_016212	TTAA	3	62913	62924	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_016212	TTGC	3	63637	63648	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
114	NC_016212	TAC	4	64913	64925	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
115	NC_016212	AG	7	64944	64956	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
116	NC_016212	GCT	4	65133	65144	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
117	NC_016212	TA	8	65790	65804	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
118	NC_016212	AGA	4	65935	65947	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
119	NC_016212	CT	6	67198	67209	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
120	NC_016212	GGGC	3	67705	67715	11	0 %	0 %	75 %	25 %	9 %	Non-Coding
121	NC_016212	GAA	4	67868	67879	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_016212	GTC	4	69921	69932	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
123	NC_016212	AAGT	3	69933	69944	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_016212	TAC	4	70305	70315	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
125	NC_016212	TTG	4	70609	70620	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_016212	TA	6	71097	71108	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_016212	CT	6	71457	71467	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
128	NC_016212	GAA	4	72467	72478	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_016212	CTTT	3	72642	72652	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
130	NC_016212	TA	6	72949	72960	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
131	NC_016212	AAAG	3	73077	73088	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016212	GGC	4	73370	73381	12	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
133	NC_016212	GA	6	73475	73486	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
134	NC_016212	AATT	3	73739	73750	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_016212	CT	6	74383	74394	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
136	NC_016212	ACT	4	76133	76144	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016212	CTT	4	77285	77296	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
138	NC_016212	AAG	4	78244	78254	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
139	NC_016212	ACCT	3	78266	78277	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_016212	AAG	4	78859	78869	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
141	NC_016212	AAAG	3	79194	79206	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
142	NC_016212	CCAG	3	79764	79774	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
143	NC_016212	GAAA	3	81261	81271	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
144	NC_016212	TCTT	3	81631	81641	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
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147	NC_016212	ATA	4	83692	83703	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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150	NC_016212	CAA	4	85036	85047	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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152	NC_016212	AAG	5	85865	85879	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
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158	NC_016212	TTTC	3	89563	89573	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
159	NC_016212	TCTAC	3	89689	89702	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
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162	NC_016212	CTAT	3	90264	90274	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
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174	NC_016212	TCT	4	96366	96377	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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176	NC_016212	TCT	4	98362	98374	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
177	NC_016212	TA	7	98740	98753	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
178	NC_016212	ACTT	3	100038	100049	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
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235	NC_016212	TTCA	3	133390	133400	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
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242	NC_016212	TCCT	3	140144	140156	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
243	NC_016212	CTT	4	142029	142040	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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245	NC_016212	CCT	4	144380	144391	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
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250	NC_016212	TC	6	145739	145749	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
251	NC_016212	CTTA	3	145951	145962	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
252	NC_016212	AGAA	4	146219	146234	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
253	NC_016212	TC	6	146751	146761	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
254	NC_016212	CT	6	146812	146824	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
255	NC_016212	GAA	4	147538	147549	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
256	NC_016212	TTTCC	3	147621	147635	15	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene conica mitochondrion chromosome 5