ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Brassica rapa subsp. campestris mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016125	GAAA	3	506	517	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352672
2	NC_016125	CTT	4	1224	1236	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35352672
3	NC_016125	TTC	5	2223	2237	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	35352672
4	NC_016125	ATCT	3	2549	2559	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	35352672
5	NC_016125	CTTT	3	3958	3969	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	35352672
6	NC_016125	TCAA	3	3974	3986	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	35352672
7	NC_016125	CTT	8	4182	4205	24	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	35352672
8	NC_016125	GGT	4	6634	6645	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	35352672
9	NC_016125	TCAA	3	7890	7902	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	35352672
10	NC_016125	AGA	6	9004	9022	19	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10 %	35352672
11	NC_016125	TA	7	12193	12206	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35352672
12	NC_016125	TTC	4	12412	12422	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35352672
13	NC_016125	AAGC	3	15129	15140	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	35352672
14	NC_016125	AAGA	4	15386	15401	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	35352672
15	NC_016125	CTA	4	15424	15435	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	35352672
16	NC_016125	TTTA	3	15544	15555	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	35352672
17	NC_016125	TTCCT	3	16080	16093	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	35352672
18	NC_016125	CAG	4	16766	16777	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35352672
19	NC_016125	CTAT	3	17534	17545	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35352672
20	NC_016125	GATAT	3	17611	17624	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	35352672
21	NC_016125	TA	6	18509	18520	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35352672
22	NC_016125	GCCA	3	19455	19465	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	35352672
23	NC_016125	TCCGT	3	20361	20374	14	0 %	40 %	20 %	40 %	7 %	35352672
24	NC_016125	TG	6	22296	22307	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	35352672
25	NC_016125	TGT	4	22559	22570	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	35352672
26	NC_016125	TTCC	3	23048	23058	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35352672
27	NC_016125	TGA	4	23360	23371	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35352672
28	NC_016125	GGTC	3	23436	23447	12	0 %	25 %	50 %	25 %	8 %	35352672
29	NC_016125	CTTT	3	24280	24291	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35352672
30	NC_016125	T	12	24615	24626	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	35352672
31	NC_016125	GAAT	3	25350	25361	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35352672
32	NC_016125	AGAA	3	25768	25780	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	35352672
33	NC_016125	GCTTT	3	26297	26310	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	35352672
34	NC_016125	A	16	28680	28695	16	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	35352672
35	NC_016125	TGC	4	31579	31590	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35352672
36	NC_016125	CATAC	3	32465	32478	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	35352672
37	NC_016125	CTCCTT	3	33331	33348	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	35352672
38	NC_016125	GCAT	3	33826	33837	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352672
39	NC_016125	A	17	34294	34310	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	35352672
40	NC_016125	AGC	4	34647	34658	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35352672
41	NC_016125	CAC	4	35129	35139	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	35352672
42	NC_016125	AGCT	3	35157	35167	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35352672
43	NC_016125	GAA	4	35609	35620	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35352672
44	NC_016125	AGA	4	36961	36971	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35352672
45	NC_016125	ATT	4	38317	38328	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35352672
46	NC_016125	GTAG	3	38765	38776	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	35352672
47	NC_016125	TTGACT	3	40372	40388	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	35352672
48	NC_016125	ATA	4	40697	40709	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	35352672
49	NC_016125	CTT	4	40737	40747	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35352672
50	NC_016125	TGCTT	3	40753	40767	15	0 %	60 %	20 %	20 %	6 %	35352672
51	NC_016125	AAGA	3	41097	41108	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	35352672
52	NC_016125	CATT	3	42218	42229	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35352672
53	NC_016125	CATT	3	42660	42671	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35352672
54	NC_016125	AGTG	3	43630	43641	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	35352672
55	NC_016125	TGC	4	43890	43900	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	35352672
56	NC_016125	CT	6	44551	44562	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	35352672
57	NC_016125	CTT	4	46114	46126	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35352672
58	NC_016125	GCAA	3	46810	46820	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	35352672
59	NC_016125	TCAAA	4	47852	47872	21	60 %	20 %	0 %	20 %	9 %	35352672
60	NC_016125	TCAT	3	48191	48202	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	35352672
61	NC_016125	AG	6	48585	48595	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	35352672
62	NC_016125	AG	6	49977	49988	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	35352672
63	NC_016125	AAAG	3	50465	50476	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352672
64	NC_016125	GTCTC	3	51833	51848	16	0 %	40 %	20 %	40 %	6 %	35352672
65	NC_016125	CTTTG	3	52072	52085	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	35352672
66	NC_016125	TTC	4	52448	52458	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35352672
67	NC_016125	GCTA	3	54158	54169	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352672
68	NC_016125	AATAG	3	55911	55924	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	35352672
69	NC_016125	AAGA	3	56086	56097	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352672
70	NC_016125	CAT	4	56340	56350	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35352672
71	NC_016125	A	23	57099	57121	23	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	35352672
72	NC_016125	ATC	4	58039	58049	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35352672
73	NC_016125	CTA	4	60445	60456	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	35352672
74	NC_016125	TA	6	61065	61076	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35352672
75	NC_016125	TGAA	3	61910	61921	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35352672
76	NC_016125	GAA	4	63454	63465	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35352672
77	NC_016125	A	12	65399	65410	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	35352672
78	NC_016125	CT	6	65882	65892	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35352672
79	NC_016125	GA	6	65904	65914	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	35352672
80	NC_016125	GGC	4	66241	66253	13	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	7 %	35352672
81	NC_016125	TCT	4	67251	67262	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352672
82	NC_016125	CTA	4	68565	68575	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35352672
83	NC_016125	AT	6	68779	68790	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35352672
84	NC_016125	TAT	4	69405	69415	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	35352672
85	NC_016125	ACT	5	70112	70126	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	35352672
86	NC_016125	ACTTA	3	70365	70378	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	35352672
87	NC_016125	GAA	5	70466	70480	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	35352672
88	NC_016125	CTT	4	70514	70525	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352672
89	NC_016125	GCTTT	3	71130	71144	15	0 %	60 %	20 %	20 %	6 %	35352672
90	NC_016125	TA	7	72044	72056	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35352672
91	NC_016125	AG	7	72153	72165	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	35352672
92	NC_016125	CGC	4	73936	73946	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	35352672
93	NC_016125	AAT	4	73947	73958	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35352672
94	NC_016125	AAAG	3	74197	74208	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352672
95	NC_016125	CGCCC	3	74728	74741	14	0 %	0 %	20 %	80 %	7 %	35352672
96	NC_016125	TAT	4	75268	75280	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35352672
97	NC_016125	CATT	3	75402	75413	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	35352672
98	NC_016125	CGA	4	75428	75439	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35352672
99	NC_016125	AGA	4	75538	75550	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	35352672
100	NC_016125	GGTAA	3	76304	76319	16	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	35352672
101	NC_016125	AGG	5	77340	77354	15	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	6 %	35352672
102	NC_016125	CGA	4	78965	78975	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	35352672
103	NC_016125	AT	6	79677	79688	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35352672
104	NC_016125	TCT	4	80358	80369	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352672
105	NC_016125	TTC	4	80851	80862	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352672
106	NC_016125	TCT	4	81646	81657	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352672
107	NC_016125	TTC	4	82052	82064	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35352672
108	NC_016125	GATT	3	82600	82611	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	35352672
109	NC_016125	GAAA	3	83142	83153	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352672
110	NC_016125	CTT	4	83861	83873	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35352672
111	NC_016125	TTC	5	84860	84874	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	35352672
112	NC_016125	GTT	4	86459	86470	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	35352672
113	NC_016125	TTCT	3	87357	87368	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35352672
114	NC_016125	CTA	5	88285	88298	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	35352672
115	NC_016125	CTTT	3	89434	89446	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	35352672
116	NC_016125	CCAA	3	89962	89973	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	35352672
117	NC_016125	TTTA	3	90290	90301	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	35352672
118	NC_016125	AATAA	3	92181	92194	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	35352672
119	NC_016125	AAG	4	94414	94424	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35352672
120	NC_016125	AGC	4	94776	94787	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35352672
121	NC_016125	A	12	95625	95636	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	35352672
122	NC_016125	GAA	4	95638	95650	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	35352672
123	NC_016125	TTCT	3	96003	96015	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	35352672
124	NC_016125	GGGGGT	3	96207	96225	19	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	10 %	35352672
125	NC_016125	ATAG	3	98568	98578	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35352672
126	NC_016125	GAA	4	98826	98836	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35352672
127	NC_016125	AAGA	3	99211	99223	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	35352672
128	NC_016125	TTTG	3	99538	99548	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	35352672
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244	NC_016125	AATG	4	199230	199245	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	35352672
245	NC_016125	C	12	202663	202674	12	0 %	0 %	0 %	100 %	8 %	35352672
246	NC_016125	GCCG	3	202884	202895	12	0 %	0 %	50 %	50 %	0 %	35352672
247	NC_016125	GTAT	3	204967	204977	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	35352672
248	NC_016125	AG	6	205397	205407	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	35352672
249	NC_016125	GGAAG	3	205458	205472	15	40 %	0 %	60 %	0 %	6 %	35352672
250	NC_016125	CGT	4	206376	206387	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35352672
251	NC_016125	CTGAGT	3	208098	208115	18	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	5 %	35352672
252	NC_016125	CAATT	3	208128	208141	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	35352672
253	NC_016125	CTT	4	209373	209384	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352672
254	NC_016125	ATTC	3	213329	213340	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35352672
255	NC_016125	AAGC	3	215629	215639	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	35352672
256	NC_016125	TTC	4	215670	215681	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352672
257	NC_016125	CACT	3	218695	218706	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	35352672
258	NC_016125	ATA	4	218897	218908	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35352672
259	NC_016125	AATG	5	218902	218924	23	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35352672

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Brassica rapa subsp. campestris mitochondrion