ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Brassica juncea mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016123	GAAA	3	507	518	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35353133
2	NC_016123	CTT	4	1226	1238	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35353133
3	NC_016123	TTC	5	2225	2239	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	35353133
4	NC_016123	ATCT	3	2551	2561	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	35353133
5	NC_016123	CTTT	3	3960	3971	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	35353133
6	NC_016123	TCAA	3	3976	3988	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	35353133
7	NC_016123	CTT	8	4184	4207	24	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	35353133
8	NC_016123	GGT	4	6636	6647	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	35353133
9	NC_016123	TCAA	3	7892	7904	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	35353133
10	NC_016123	AGA	6	9006	9024	19	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10 %	35353133
11	NC_016123	TA	7	12195	12208	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35353133
12	NC_016123	TTC	4	12414	12424	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35353133
13	NC_016123	AAGC	3	15132	15143	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	35353133
14	NC_016123	AAGA	4	15389	15404	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	35353133
15	NC_016123	CTA	4	15427	15438	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	35353133
16	NC_016123	TTTA	3	15546	15557	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	35353133
17	NC_016123	TTCCT	3	16083	16096	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	35353133
18	NC_016123	CAG	4	16769	16780	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35353133
19	NC_016123	CTAT	3	17537	17548	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35353133
20	NC_016123	GATAT	3	17614	17627	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	35353133
21	NC_016123	TA	6	18512	18523	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35353133
22	NC_016123	GCCA	3	19458	19468	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	35353133
23	NC_016123	TCCGT	3	20364	20377	14	0 %	40 %	20 %	40 %	7 %	35353133
24	NC_016123	TG	6	22300	22311	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	35353133
25	NC_016123	TGT	4	22563	22574	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	35353133
26	NC_016123	TTCC	3	23052	23062	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35353133
27	NC_016123	TGA	4	23364	23375	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35353133
28	NC_016123	GGTC	3	23440	23451	12	0 %	25 %	50 %	25 %	8 %	35353133
29	NC_016123	CTTT	3	24283	24294	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35353133
30	NC_016123	T	12	24618	24629	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	35353133
31	NC_016123	GAAT	3	25353	25364	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35353133
32	NC_016123	AGAA	3	25771	25783	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	35353133
33	NC_016123	GCTTT	3	26300	26313	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	35353133
34	NC_016123	A	16	28683	28698	16	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	35353133
35	NC_016123	TGC	4	31583	31594	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35353133
36	NC_016123	CATAC	3	32469	32482	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	35353133
37	NC_016123	CTCCTT	3	33335	33352	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	35353133
38	NC_016123	GCAT	3	33830	33841	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35353133
39	NC_016123	A	17	34296	34312	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	35353133
40	NC_016123	AGC	4	34649	34660	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35353133
41	NC_016123	CAC	4	35131	35141	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	35353133
42	NC_016123	AGCT	3	35159	35169	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35353133
43	NC_016123	GAA	4	35612	35623	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35353133
44	NC_016123	AGA	4	36965	36975	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35353133
45	NC_016123	ATT	4	38321	38332	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35353133
46	NC_016123	GTAG	3	38769	38780	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	35353133
47	NC_016123	TTGACT	3	40376	40392	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	35353133
48	NC_016123	ATA	4	40701	40713	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	35353133
49	NC_016123	CTT	4	40741	40751	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35353133
50	NC_016123	TGCTT	3	40757	40771	15	0 %	60 %	20 %	20 %	6 %	35353133
51	NC_016123	AAGA	3	41101	41112	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	35353133
52	NC_016123	CATT	3	42222	42233	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35353133
53	NC_016123	CATT	3	42664	42675	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35353133
54	NC_016123	AGTG	3	43634	43645	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	35353133
55	NC_016123	TGC	4	43894	43904	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	35353133
56	NC_016123	CT	6	44555	44566	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	35353133
57	NC_016123	CTT	4	46118	46130	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35353133
58	NC_016123	GCAA	3	46814	46824	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	35353133
59	NC_016123	TCAAA	4	47856	47876	21	60 %	20 %	0 %	20 %	9 %	35353133
60	NC_016123	TCAT	3	48195	48206	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	35353133
61	NC_016123	AG	6	48589	48599	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	35353133
62	NC_016123	AG	6	49981	49992	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	35353133
63	NC_016123	AAAG	3	50469	50480	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35353133
64	NC_016123	GTCTC	3	51837	51852	16	0 %	40 %	20 %	40 %	6 %	35353133
65	NC_016123	CTTTG	3	52076	52089	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	35353133
66	NC_016123	TTC	4	52452	52462	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35353133
67	NC_016123	GCTA	3	54163	54174	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35353133
68	NC_016123	AATAG	3	55916	55929	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	35353133
69	NC_016123	AAGA	3	56091	56102	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35353133
70	NC_016123	CAT	4	56345	56355	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35353133
71	NC_016123	A	23	57104	57126	23	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	35353133
72	NC_016123	ATC	4	58044	58054	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35353133
73	NC_016123	CTA	4	60451	60462	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	35353133
74	NC_016123	TA	6	61071	61082	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35353133
75	NC_016123	TGAA	3	61916	61927	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35353133
76	NC_016123	GAA	4	63460	63471	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35353133
77	NC_016123	A	12	65405	65416	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	35353133
78	NC_016123	CT	6	65888	65898	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35353133
79	NC_016123	GA	6	65910	65920	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	35353133
80	NC_016123	GGC	4	66247	66259	13	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	7 %	35353133
81	NC_016123	TCT	4	67258	67269	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35353133
82	NC_016123	CTA	4	68572	68582	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35353133
83	NC_016123	AT	6	68786	68797	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35353133
84	NC_016123	TAT	4	69411	69421	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	35353133
85	NC_016123	ACT	5	70117	70131	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	35353133
86	NC_016123	ACTTA	3	70370	70383	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	35353133
87	NC_016123	GAA	5	70471	70485	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	35353133
88	NC_016123	CTT	4	70519	70530	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35353133
89	NC_016123	GCTTT	3	71135	71149	15	0 %	60 %	20 %	20 %	6 %	35353133
90	NC_016123	TA	7	72049	72061	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35353133
91	NC_016123	AG	7	72158	72170	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	35353133
92	NC_016123	CGC	4	73941	73951	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	35353133
93	NC_016123	AAT	4	73952	73963	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35353133
94	NC_016123	AAAG	3	74202	74213	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35353133
95	NC_016123	CGCCC	3	74733	74746	14	0 %	0 %	20 %	80 %	7 %	35353133
96	NC_016123	TAT	4	75273	75285	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35353133
97	NC_016123	CATT	3	75407	75418	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	35353133
98	NC_016123	CGA	4	75433	75444	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35353133
99	NC_016123	AGA	4	75543	75555	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	35353133
100	NC_016123	GGTAA	3	76309	76324	16	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	35353133
101	NC_016123	AGG	5	77345	77359	15	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	6 %	35353133
102	NC_016123	CGA	4	78970	78980	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	35353133
103	NC_016123	AT	6	79682	79693	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35353133
104	NC_016123	TCT	4	80363	80374	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35353133
105	NC_016123	TTC	4	80856	80867	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35353133
106	NC_016123	TCT	4	81653	81664	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35353133
107	NC_016123	TTC	4	82059	82071	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35353133
108	NC_016123	GATT	3	82607	82618	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	35353133
109	NC_016123	GAAA	3	83149	83160	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35353133
110	NC_016123	CTT	4	83868	83880	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35353133
111	NC_016123	TTC	5	84867	84881	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	35353133
112	NC_016123	GTT	4	86466	86477	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	35353133
113	NC_016123	TTCT	3	87364	87375	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35353133
114	NC_016123	CTA	5	88292	88305	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	35353133
115	NC_016123	CTTT	3	89441	89453	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	35353133
116	NC_016123	CCAA	3	89969	89980	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	35353133
117	NC_016123	TTTA	3	90297	90308	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	35353133
118	NC_016123	AATAA	3	92189	92202	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	35353133
119	NC_016123	AAG	4	94422	94432	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35353133
120	NC_016123	AGC	4	94784	94795	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35353133
121	NC_016123	A	12	95633	95644	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	35353133
122	NC_016123	GAA	4	95646	95658	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	35353133
123	NC_016123	TTCT	3	96011	96023	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	35353133
124	NC_016123	GGGGGT	3	96215	96233	19	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	10 %	35353133
125	NC_016123	ATAG	3	98576	98586	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35353133
126	NC_016123	GAA	4	98834	98844	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35353133
127	NC_016123	AAGA	3	99220	99232	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	35353133
128	NC_016123	TTTG	3	99547	99557	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	35353133
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243	NC_016123	AATG	4	199250	199265	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	35353133
244	NC_016123	C	12	202683	202694	12	0 %	0 %	0 %	100 %	8 %	35353133
245	NC_016123	GCCG	3	202904	202915	12	0 %	0 %	50 %	50 %	0 %	35353133
246	NC_016123	GTAT	3	204987	204997	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	35353133
247	NC_016123	AG	6	205417	205427	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	35353133
248	NC_016123	GGAAG	3	205478	205492	15	40 %	0 %	60 %	0 %	6 %	35353133
249	NC_016123	CGT	4	206396	206407	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35353133
250	NC_016123	CTGAGT	3	208118	208135	18	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	5 %	35353133
251	NC_016123	CAATT	3	208148	208161	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	35353133
252	NC_016123	CTT	4	209393	209404	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35353133
253	NC_016123	ATTC	3	213349	213360	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35353133
254	NC_016123	AAGC	3	215649	215659	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	35353133
255	NC_016123	TTC	4	215690	215701	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35353133
256	NC_016123	CACT	3	218714	218725	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	35353133
257	NC_016123	ATA	4	218916	218927	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35353133
258	NC_016123	AATG	5	218921	218943	23	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35353133

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Brassica juncea mitochondrion