ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Anomodon rugelii mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016121	AT	6	481	492	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_016121	ATTT	3	5322	5332	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	35352653
3	NC_016121	CTTT	3	7004	7015	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35352653
4	NC_016121	CTC	4	7229	7240	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	35352653
5	NC_016121	TTTC	3	10496	10506	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35352653
6	NC_016121	TTTC	3	11666	11677	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35352653
7	NC_016121	CTTT	3	12312	12322	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
8	NC_016121	CTTT	3	12677	12689	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
9	NC_016121	ATCTAT	3	12992	13009	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
10	NC_016121	A	13	13964	13976	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_016121	TTTA	3	14593	14604	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35352654
12	NC_016121	AT	7	14717	14729	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_016121	TTTA	3	15538	15549	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	35352654
14	NC_016121	ATTTT	3	15760	15773	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	35352654
15	NC_016121	CAA	4	15835	15845	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
16	NC_016121	TTTC	3	16134	16144	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35352654
17	NC_016121	A	12	16610	16621	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	35352654
18	NC_016121	CTTT	3	16740	16750	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35352654
19	NC_016121	GGGT	3	17381	17392	12	0 %	25 %	75 %	0 %	8 %	35352654
20	NC_016121	TTTCTT	3	18473	18491	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	35352654
21	NC_016121	AGAA	3	18715	18726	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352654
22	NC_016121	ATT	4	19683	19695	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35352654
23	NC_016121	TGA	4	19966	19977	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35352654
24	NC_016121	A	13	20383	20395	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	35352654
25	NC_016121	TA	6	20394	20405	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_016121	TAA	4	21366	21377	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_016121	ATTC	3	21561	21571	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
28	NC_016121	ATTTT	3	21887	21901	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
29	NC_016121	AGA	4	24254	24264	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_016121	TTTG	3	24358	24368	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_016121	A	12	24905	24916	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	35352654
32	NC_016121	TTAG	3	25270	25280	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_016121	CTTT	3	25519	25529	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
34	NC_016121	TACA	6	25721	25744	24	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
35	NC_016121	ATAA	3	25764	25775	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016121	TGAA	3	26256	26268	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	35352654
37	NC_016121	TA	7	26553	26566	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35352654
38	NC_016121	CTTTT	3	26914	26929	16	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	35352654
39	NC_016121	CAT	4	28026	28036	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35352654
40	NC_016121	AT	7	28411	28424	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
41	NC_016121	AAAC	5	28505	28523	19	75 %	0 %	0 %	25 %	10 %	35352654
42	NC_016121	TCT	4	29861	29873	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35352654
43	NC_016121	AT	7	30040	30053	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35352654
44	NC_016121	TGACTC	3	30352	30369	18	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
45	NC_016121	ATG	4	31201	31212	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_016121	AT	6	33612	33623	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_016121	AATC	4	33722	33736	15	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
48	NC_016121	TAA	4	34837	34848	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_016121	ATA	4	34921	34932	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_016121	GCG	4	35740	35750	11	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
51	NC_016121	ATATT	3	40047	40060	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_016121	GAA	7	41111	41130	20	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
53	NC_016121	A	13	41134	41146	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
54	NC_016121	TAA	4	41144	41155	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_016121	TTTA	3	42245	42256	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_016121	AT	13	42521	42546	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
57	NC_016121	T	14	42550	42563	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_016121	TAAA	3	42700	42711	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_016121	AT	6	45223	45233	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35352655
60	NC_016121	GC	6	45309	45319	11	0 %	0 %	50 %	50 %	9 %	35352655
61	NC_016121	TTAG	3	45451	45461	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	35352655
62	NC_016121	AGA	4	47310	47321	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35352655
63	NC_016121	TCGA	3	47693	47705	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	35352655
64	NC_016121	ACT	4	48666	48678	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	35352655
65	NC_016121	GAT	4	48949	48959	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35352655
66	NC_016121	GAA	6	49765	49782	18	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016121	GAAA	3	49814	49825	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_016121	TCT	4	52087	52098	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352655
69	NC_016121	GC	6	53185	53195	11	0 %	0 %	50 %	50 %	9 %	35352655
70	NC_016121	AATG	3	53398	53409	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35352655
71	NC_016121	ATAA	3	54914	54925	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016121	AT	6	55675	55688	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_016121	CTTTT	3	56189	56203	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
74	NC_016121	AATA	3	56591	56601	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_016121	CAAT	3	56652	56663	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	35352655
76	NC_016121	AT	7	58153	58168	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
77	NC_016121	AGAA	3	58295	58307	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_016121	CATAG	3	58495	58508	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	35352655
79	NC_016121	CTC	4	59142	59154	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	35352655
80	NC_016121	GAAA	3	59646	59657	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352655
81	NC_016121	AAAT	3	59809	59820	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_016121	AT	8	59847	59863	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
83	NC_016121	TGAA	3	59957	59967	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_016121	TGC	4	61901	61913	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
85	NC_016121	ATGC	3	62746	62756	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
86	NC_016121	ATGT	3	62794	62805	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_016121	GAAA	3	63372	63382	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_016121	ATTT	3	64187	64198	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_016121	A	12	65014	65025	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	35352656
90	NC_016121	GAA	4	66183	66194	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	35352656
91	NC_016121	TCT	4	66215	66225	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35352656
92	NC_016121	AGCG	3	67712	67722	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	35352656
93	NC_016121	ACAT	3	69177	69187	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	35352656
94	NC_016121	AGG	4	69786	69797	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	35352656
95	NC_016121	GGAC	3	69950	69960	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	35352656
96	NC_016121	TTTC	3	71472	71483	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
97	NC_016121	ATTT	3	72049	72060	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	35352656
98	NC_016121	TTGG	3	72096	72107	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	35352656
99	NC_016121	TTG	4	72811	72822	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	35352656
100	NC_016121	TTA	4	73087	73098	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35352656
101	NC_016121	GTTTT	3	73300	73314	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	35352656
102	NC_016121	AG	6	74624	74634	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_016121	CT	7	74642	74655	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
104	NC_016121	AT	14	74677	74704	28	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_016121	GCT	4	76344	76355	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35352656
106	NC_016121	TTTA	3	76500	76510	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	35352656
107	NC_016121	CGTA	3	76705	76716	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352656
108	NC_016121	TTATGA	3	77754	77770	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
109	NC_016121	ATCT	3	81245	81255	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
110	NC_016121	AATT	3	81297	81308	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
111	NC_016121	TTTA	3	81323	81334	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35352656
112	NC_016121	CTT	4	84257	84268	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
113	NC_016121	CTT	4	84709	84720	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352656
114	NC_016121	A	12	85571	85582	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_016121	AAGA	3	85893	85903	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
116	NC_016121	AT	6	86232	86242	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_016121	TTAG	3	86666	86677	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_016121	T	13	86824	86836	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
119	NC_016121	ACTTTG	3	87455	87471	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
120	NC_016121	AT	6	88905	88916	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35352656
121	NC_016121	CGA	4	89217	89227	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	35352656
122	NC_016121	TAGA	3	91081	91092	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	35352656
123	NC_016121	TCTG	3	91420	91430	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
124	NC_016121	ATT	4	93592	93603	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35352657
125	NC_016121	AGA	4	94211	94222	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35352657
126	NC_016121	TTA	4	94754	94765	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35352657
127	NC_016121	TTAA	3	95560	95571	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35352657
128	NC_016121	TAT	4	95722	95732	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
129	NC_016121	ATA	4	96171	96182	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35352657
130	NC_016121	A	14	98795	98808	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	35352657
131	NC_016121	TA	7	99373	99386	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
132	NC_016121	TTA	4	99914	99925	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35352657
133	NC_016121	A	12	103371	103382	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	35352657
134	NC_016121	G	13	103691	103703	13	0 %	0 %	100 %	0 %	7 %	35352657
135	NC_016121	TTCG	3	104016	104027	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
136	NC_016121	AT	8	104159	104174	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
137	NC_016121	T	17	104174	104190	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Anomodon rugelii mitochondrion