ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Brassica carinata mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016120	AAGA	3	101	113	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_016120	AAGA	3	140	152	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_016120	CTTT	3	196	206	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
4	NC_016120	GTTC	5	990	1010	21	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016120	CTAG	3	4376	4387	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
6	NC_016120	AAAG	3	10382	10393	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352646
7	NC_016120	CATT	3	11587	11598	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	35352646
8	NC_016120	GATT	3	18789	18800	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	35352646
9	NC_016120	GAAA	3	19331	19342	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352646
10	NC_016120	TTCT	3	23623	23634	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
11	NC_016120	CTTT	3	25698	25710	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
12	NC_016120	CCAA	3	26226	26237	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
13	NC_016120	TTTA	3	26554	26565	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016120	CTGG	3	32179	32190	12	0 %	25 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
15	NC_016120	AAGA	3	36025	36037	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_016120	CTTT	3	36081	36091	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
17	NC_016120	TGGA	3	36736	36746	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_016120	CTAG	3	41283	41293	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
19	NC_016120	ATTA	3	46783	46794	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35352647
20	NC_016120	TTTC	3	48070	48081	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
21	NC_016120	GGAA	3	48663	48674	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_016120	TAGG	3	48778	48789	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_016120	ATCT	3	49847	49857	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016120	GAAA	3	50659	50669	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_016120	CAAA	3	51659	51670	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016120	AATG	3	55322	55332	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35352647
27	NC_016120	CCTT	3	57519	57530	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
28	NC_016120	GAAG	3	57757	57768	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_016120	GAAT	3	58671	58681	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_016120	GGCG	3	60452	60462	11	0 %	0 %	75 %	25 %	9 %	35352649
31	NC_016120	CTAT	3	62610	62620	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	35352649
32	NC_016120	CTTC	3	63300	63312	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	35352649
33	NC_016120	CTTT	3	69801	69811	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35352649
34	NC_016120	CTTG	3	72837	72847	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	35352649
35	NC_016120	AATC	3	73554	73565	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	35352649
36	NC_016120	ATTC	3	74047	74058	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35352649
37	NC_016120	TCCT	3	74448	74460	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	35352649
38	NC_016120	AAAG	3	75122	75133	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352649
39	NC_016120	GGAA	3	76356	76366	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	35352649
40	NC_016120	TGGC	3	79950	79960	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	35352649
41	NC_016120	CTTT	3	81378	81388	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35352649
42	NC_016120	TCTT	4	82588	82603	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	35352649
43	NC_016120	AATC	3	82766	82777	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	35352649
44	NC_016120	TGCT	3	82848	82859	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	35352649
45	NC_016120	GAAG	3	85417	85429	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	35352649
46	NC_016120	TAAA	3	88122	88133	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35352649
47	NC_016120	TGAC	3	91152	91163	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352649
48	NC_016120	TAGA	3	95421	95431	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35352649
49	NC_016120	AAGA	3	95849	95861	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	35352649
50	NC_016120	AAGA	3	95888	95900	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	35352649
51	NC_016120	CTTT	3	95944	95954	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35352649
52	NC_016120	GTTC	5	96738	96758	21	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	35352649
53	NC_016120	CTAG	3	100124	100135	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352649
54	NC_016120	GAAA	3	102955	102965	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	35352649
55	NC_016120	TGAA	3	108959	108970	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	35352649
56	NC_016120	TTCA	3	110804	110815	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35352649
57	NC_016120	TTTC	3	115553	115564	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35352649
58	NC_016120	AAAC	3	116987	116998	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	35352649
59	NC_016120	GCGA	3	117512	117523	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	35352649
60	NC_016120	TTCC	3	118038	118048	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35352649
61	NC_016120	GGAA	3	119394	119406	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	35352649
62	NC_016120	GAAT	3	124252	124263	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35352649
63	NC_016120	TGAC	3	124561	124572	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352649
64	NC_016120	TTTC	3	128113	128124	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35352649
65	NC_016120	AAAC	3	131709	131720	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	35352649
66	NC_016120	AGTC	3	136229	136240	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352649
67	NC_016120	TCAG	3	138013	138023	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35352649
68	NC_016120	GTCC	3	138085	138095	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	35352649
69	NC_016120	TCCC	3	139641	139651	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	35352649
70	NC_016120	TTGC	3	140576	140586	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	35352649
71	NC_016120	AGAT	3	140876	140888	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	35352649
72	NC_016120	GTGG	3	144753	144764	12	0 %	25 %	75 %	0 %	8 %	35352649
73	NC_016120	TAAA	3	145082	145092	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	35352649
74	NC_016120	ATGA	3	145243	145254	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35352649
75	NC_016120	ATGA	3	146482	146493	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35352649
76	NC_016120	CAGT	3	154940	154950	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35352649
77	NC_016120	TTGA	3	156118	156129	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	35352649
78	NC_016120	CAGA	3	157464	157474	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	35352649
79	NC_016120	AAAG	3	157491	157502	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352649
80	NC_016120	TTTC	3	159410	159422	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	35352649
81	NC_016120	AGTC	3	162823	162834	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352649
82	NC_016120	TATT	3	163692	163702	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	35352649
83	NC_016120	GCAT	3	165169	165180	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352649
84	NC_016120	AGCT	3	166501	166511	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35352649
85	NC_016120	GTAG	3	170119	170130	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	35352649
86	NC_016120	ATTT	3	173569	173580	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	35352649
87	NC_016120	CATT	3	174010	174021	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35352649
88	NC_016120	GCAA	3	178154	178164	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	35352649
89	NC_016120	TCAT	3	179532	179543	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	35352649
90	NC_016120	CCCT	3	180063	180073	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	35352649
91	NC_016120	AAAG	3	181812	181823	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352649
92	NC_016120	GCTA	3	185505	185516	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352649
93	NC_016120	AAGA	3	187432	187443	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352649
94	NC_016120	GTGA	3	192610	192620	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	35352649
95	NC_016120	CAGA	3	193089	193100	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	35352649
96	NC_016120	AGAA	3	194969	194980	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352649
97	NC_016120	TTGT	3	196561	196572	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	35352649
98	NC_016120	GTAA	3	197042	197053	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35352649
99	NC_016120	TTCA	3	199633	199645	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	35352649
100	NC_016120	GATC	3	200742	200752	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35352649
101	NC_016120	CCTT	3	202711	202721	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35352649
102	NC_016120	AATG	4	203046	203061	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	35352649
103	NC_016120	GCCG	3	206698	206709	12	0 %	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016120	GAAT	3	208490	208501	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_016120	AAGC	3	219443	219453	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
106	NC_016120	CACT	3	222508	222519	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
107	NC_016120	AATG	5	222715	222737	23	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_016120	TTTC	3	224738	224750	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
109	NC_016120	TAAC	3	225820	225831	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
110	NC_016120	CCTT	3	227491	227501	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
111	NC_016120	CAAA	3	228997	229008	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
112	NC_016120	ACTT	3	230077	230089	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
113	NC_016120	GCTA	3	230099	230110	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
114	NC_016120	TGAG	3	230338	230349	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Brassica carinata mitochondrion