ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Brassica oleracea mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016118	CGGC	3	454	465	12	0 %	0 %	50 %	50 %	0 %	35352637
2	NC_016118	AGAA	3	3771	3783	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	35352637
3	NC_016118	TCAT	4	4104	4119	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	35352637
4	NC_016118	AAGG	3	4445	4455	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	35352637
5	NC_016118	GATC	3	6415	6425	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35352637
6	NC_016118	ATGA	3	7521	7533	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	35352637
7	NC_016118	AGCT	3	9939	9950	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352637
8	NC_016118	TTAC	3	10116	10127	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35352637
9	NC_016118	ACTA	3	10157	10167	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	35352637
10	NC_016118	GTCA	3	16574	16585	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352637
11	NC_016118	AAGA	3	17299	17311	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	35352637
12	NC_016118	CTTT	3	17355	17365	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35352637
13	NC_016118	GTTC	5	18149	18169	21	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	35352637
14	NC_016118	TTTG	3	18874	18884	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	35352637
15	NC_016118	TTTC	3	27353	27364	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35352637
16	NC_016118	AAAC	3	28787	28798	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	35352637
17	NC_016118	GCGA	3	29313	29324	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	35352637
18	NC_016118	TTCC	3	29839	29849	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35352637
19	NC_016118	GGAA	3	31195	31207	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	35352637
20	NC_016118	GAAT	3	36048	36059	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35352637
21	NC_016118	TGAC	3	36357	36368	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352637
22	NC_016118	TTTC	3	39914	39925	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35352637
23	NC_016118	AAAC	3	43650	43661	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	35352637
24	NC_016118	AGTC	3	48111	48122	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352637
25	NC_016118	TCAG	3	49896	49906	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35352637
26	NC_016118	GTCC	3	49968	49978	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	35352637
27	NC_016118	TCCC	3	51525	51535	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	35352637
28	NC_016118	TTGC	3	52460	52470	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	35352637
29	NC_016118	AGAT	3	52760	52772	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	35352637
30	NC_016118	GTGG	3	56638	56649	12	0 %	25 %	75 %	0 %	8 %	35352637
31	NC_016118	ATGA	3	57128	57139	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35352637
32	NC_016118	ATGA	3	58365	58376	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35352637
33	NC_016118	AATC	3	66228	66239	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	35352637
34	NC_016118	TTAT	3	68545	68555	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	35352637
35	NC_016118	TGGA	3	70441	70451	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	35352637
36	NC_016118	AAAG	3	72736	72746	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	35352637
37	NC_016118	AAAT	3	72889	72900	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	35352637
38	NC_016118	TTGG	3	74683	74693	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	35352637
39	NC_016118	CCAA	3	75945	75957	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	35352637
40	NC_016118	CAAG	3	79627	79637	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	35352637
41	NC_016118	TCCA	3	83651	83661	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	35352637
42	NC_016118	AAAG	3	84306	84316	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	35352637
43	NC_016118	ATCT	3	84441	84452	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35352637
44	NC_016118	CCTT	3	86796	86806	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35352637
45	NC_016118	AGAA	3	87407	87418	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352637
46	NC_016118	CAAA	3	88064	88075	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	35352637
47	NC_016118	GCAT	3	96566	96577	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352637
48	NC_016118	AGCT	3	97894	97904	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35352637
49	NC_016118	GTAG	3	101508	101519	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	35352637
50	NC_016118	AAGA	3	103840	103851	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	35352637
51	NC_016118	CATT	3	104961	104972	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35352637
52	NC_016118	CATT	3	105403	105414	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35352637
53	NC_016118	AGTG	3	106373	106384	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	35352637
54	NC_016118	GCAA	3	109553	109563	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	35352637
55	NC_016118	TCAT	3	110934	110945	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	35352637
56	NC_016118	AAAG	3	113208	113219	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352637
57	NC_016118	GCTA	3	116902	116913	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352637
58	NC_016118	AAGA	3	118830	118841	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352637
59	NC_016118	TGAA	3	124656	124667	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35352637
60	NC_016118	AAAG	3	136974	136985	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352637
61	NC_016118	CATT	3	138179	138190	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	35352637
62	NC_016118	GATT	3	145378	145389	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	35352637
63	NC_016118	GAAA	3	145920	145931	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352637
64	NC_016118	ATCT	3	147964	147974	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	35352637
65	NC_016118	CTTT	3	149373	149384	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	35352637
66	NC_016118	TCAA	3	149389	149401	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	35352637
67	NC_016118	TCAA	3	153305	153317	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	35352637
68	NC_016118	AAGC	3	160546	160557	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	35352637
69	NC_016118	AAGA	4	160803	160818	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	35352637
70	NC_016118	TTTA	3	160960	160971	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	35352637
71	NC_016118	CTAT	3	162951	162962	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35352637
72	NC_016118	GCCA	3	164872	164882	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	35352637
73	NC_016118	TTCC	3	168466	168476	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35352637
74	NC_016118	GGTC	3	168854	168865	12	0 %	25 %	50 %	25 %	8 %	35352637
75	NC_016118	CTTT	3	169698	169709	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35352637
76	NC_016118	GAAT	3	170763	170774	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35352637
77	NC_016118	AGAA	3	171181	171193	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	35352637
78	NC_016118	AGAA	3	173803	173815	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	35352637
79	NC_016118	TCAT	4	174136	174151	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	35352637
80	NC_016118	AAGG	3	174477	174487	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	35352637
81	NC_016118	GATC	3	176447	176457	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35352637
82	NC_016118	ATGA	3	177553	177565	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	35352637
83	NC_016118	AGCT	3	179971	179982	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352637
84	NC_016118	TTAC	3	180148	180159	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35352637
85	NC_016118	ACTA	3	180189	180199	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	35352637
86	NC_016118	GTCA	3	186606	186617	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352637
87	NC_016118	AAGA	3	187331	187343	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	35352637
88	NC_016118	CTTT	3	187387	187397	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35352637
89	NC_016118	GTTC	5	188181	188201	21	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	35352637
90	NC_016118	TTTG	3	188906	188916	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	35352637
91	NC_016118	TTTC	3	197385	197396	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35352637
92	NC_016118	AAAC	3	198819	198830	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	35352637
93	NC_016118	GCGA	3	199345	199356	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	35352637
94	NC_016118	TTCC	3	199871	199881	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35352637
95	NC_016118	GGAA	3	201227	201239	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	35352637
96	NC_016118	GAAT	3	206080	206091	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35352637
97	NC_016118	TGAC	3	206389	206400	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352637
98	NC_016118	TTTC	3	209946	209957	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35352637
99	NC_016118	AAAC	3	213682	213693	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	35352637
100	NC_016118	AGTC	3	218143	218154	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352637
101	NC_016118	TCAG	3	219928	219938	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35352637
102	NC_016118	GTCC	3	220000	220010	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	35352637
103	NC_016118	TCCC	3	221557	221567	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	35352637
104	NC_016118	TTGC	3	222492	222502	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	35352637
105	NC_016118	AGAT	3	222792	222804	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	35352637
106	NC_016118	GTGG	3	226670	226681	12	0 %	25 %	75 %	0 %	8 %	35352637
107	NC_016118	ATGA	3	227160	227171	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35352637
108	NC_016118	ATGA	3	228397	228408	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35352637
109	NC_016118	AATC	3	236260	236271	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	35352637
110	NC_016118	TTAT	3	238577	238587	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	35352637
111	NC_016118	TGGA	3	240473	240483	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	35352637
112	NC_016118	AAAG	3	242768	242778	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	35352637
113	NC_016118	AAAT	3	242921	242932	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	35352637
114	NC_016118	TTGG	3	244715	244725	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	35352637
115	NC_016118	CCAA	3	245977	245989	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	35352637
116	NC_016118	CAAG	3	249659	249669	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	35352637
117	NC_016118	TCCA	3	253683	253693	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	35352637
118	NC_016118	AAAG	3	254338	254348	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	35352637
119	NC_016118	ATCT	3	254473	254484	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35352637
120	NC_016118	CCTT	3	256828	256838	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35352637
121	NC_016118	AGAA	3	257439	257450	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352637
122	NC_016118	CAAA	3	258096	258107	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	35352637
123	NC_016118	GCAT	3	266598	266609	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352637
124	NC_016118	AGCT	3	267926	267936	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35352637
125	NC_016118	GTAG	3	271540	271551	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	35352637
126	NC_016118	AAGA	3	273872	273883	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	35352637
127	NC_016118	CATT	3	274993	275004	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35352637
128	NC_016118	CATT	3	275435	275446	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35352637
129	NC_016118	AGTG	3	276405	276416	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	35352637
130	NC_016118	GCAA	3	279585	279595	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	35352637
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149	NC_016118	CTTC	3	336229	336240	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
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152	NC_016118	TTTG	3	343139	343150	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_016118	GCCG	3	348489	348500	12	0 %	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
154	NC_016118	GTAT	3	350572	350582	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
155	NC_016118	ATTC	3	358935	358946	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Brassica oleracea mitochondrion