ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Nicotiana undulata chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016068	AAG	4	3027	3038	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35165385
2	NC_016068	GAA	4	4427	4438	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_016068	ATA	4	6469	6481	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_016068	ATT	4	24300	24312	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35165386
5	NC_016068	CAG	4	28956	28967	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
6	NC_016068	TAG	4	32535	32546	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016068	ATT	4	33071	33081	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_016068	TTC	4	36794	36805	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	35165387
9	NC_016068	TAA	4	43961	43972	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_016068	TAG	4	45899	45909	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35165387
11	NC_016068	GTA	4	46490	46500	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_016068	AAT	4	47347	47358	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_016068	TTA	5	53189	53204	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
14	NC_016068	TTA	4	53771	53782	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016068	ATA	4	56743	56756	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	35165388
16	NC_016068	TTG	4	57514	57524	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_016068	TAT	5	59586	59599	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_016068	TAA	4	59603	59613	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_016068	TCT	4	61551	61561	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
20	NC_016068	GTT	4	67448	67458	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	35165389
21	NC_016068	TCT	4	67720	67731	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
22	NC_016068	TAT	4	71842	71852	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_016068	TCT	4	76282	76293	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35165396
24	NC_016068	AGA	4	79326	79336	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35165396
25	NC_016068	CTT	4	86743	86754	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35165396
26	NC_016068	GAT	4	87210	87220	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35165396
27	NC_016068	GAT	4	88584	88594	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35165396
28	NC_016068	TGA	4	93335	93346	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35165396
29	NC_016068	TTC	4	101166	101177	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35165396
30	NC_016068	TAA	4	113158	113169	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35165396
31	NC_016068	AAG	4	113383	113394	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35165396
32	NC_016068	ATA	4	115334	115344	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35165396
33	NC_016068	TAT	4	120882	120893	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35165396
34	NC_016068	TTC	5	122013	122027	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	35165396
35	NC_016068	TTA	4	130470	130481	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35165396
36	NC_016068	TTA	4	130515	130526	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35165396
37	NC_016068	GAA	4	141320	141331	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35165396
38	NC_016068	ATC	4	153903	153913	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
39	NC_016068	ATC	4	155277	155287	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35165396
40	NC_016068	GAA	5	155742	155756	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	35165396

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Nicotiana undulata chloroplast