ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Nicotiana undulata chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016068	TAAA	3	436	447	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016068	AAGA	3	448	459	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_016068	AAGT	3	1245	1255	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35165385
4	NC_016068	AAG	4	3027	3038	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35165385
5	NC_016068	CATT	3	4154	4165	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
6	NC_016068	GAA	4	4427	4438	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016068	A	19	4606	4624	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
8	NC_016068	TTTC	3	5495	5505	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35165385
9	NC_016068	AATA	3	6005	6016	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35165385
10	NC_016068	TAAT	4	6440	6455	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_016068	ATA	4	6469	6481	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_016068	TAAA	3	6742	6754	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_016068	T	14	6837	6850	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016068	AT	6	7424	7435	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_016068	GTTT	3	7547	7559	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_016068	TTAC	3	7776	7788	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
17	NC_016068	TTCT	3	7989	7999	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35165385
18	NC_016068	CAAG	3	9092	9102	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
19	NC_016068	CCTAT	3	9445	9459	15	20 %	40 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
20	NC_016068	AT	7	10530	10543	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_016068	TTTCC	3	12646	12660	15	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	35165386
22	NC_016068	ATGA	3	12757	12769	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	35165386
23	NC_016068	AAAT	3	13572	13582	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016068	ATTCA	3	14374	14387	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
25	NC_016068	ATTTA	3	14895	14909	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016068	TATT	3	16214	16226	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_016068	CCCT	3	16962	16973	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
28	NC_016068	A	13	16992	17004	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_016068	AAAC	3	19025	19035	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	35165386
30	NC_016068	T	12	19209	19220	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	35165386
31	NC_016068	ACCA	3	19231	19242	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	35165386
32	NC_016068	GAAT	3	19613	19623	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35165386
33	NC_016068	GTTT	3	24143	24154	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	35165386
34	NC_016068	ATT	4	24300	24312	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35165386
35	NC_016068	TTCA	3	27567	27577	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
36	NC_016068	ATTAG	3	27582	27595	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
37	NC_016068	AG	7	28056	28068	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_016068	AT	6	28333	28343	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_016068	CAG	4	28956	28967	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
40	NC_016068	A	12	29728	29739	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_016068	TGAT	3	30486	30497	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_016068	TTAA	3	30764	30774	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35165387
43	NC_016068	TTTA	3	31119	31130	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016068	T	17	31631	31647	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
45	NC_016068	TAG	4	32535	32546	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_016068	T	16	32546	32561	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016068	TTCT	3	32848	32858	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
48	NC_016068	AAAG	3	32998	33009	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_016068	ATT	4	33071	33081	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_016068	TGAA	3	33433	33443	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_016068	TTAT	5	33999	34019	21	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_016068	TTC	4	36794	36805	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	35165387
53	NC_016068	T	12	37004	37015	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016068	AG	6	37152	37162	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_016068	TA	6	37366	37377	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35165387
56	NC_016068	AAAT	3	37400	37410	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	35165387
57	NC_016068	TC	6	37786	37796	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35165387
58	NC_016068	TA	7	38028	38040	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_016068	TATT	3	38176	38187	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016068	AATG	3	41889	41900	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35165387
61	NC_016068	TG	6	42331	42341	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	35165387
62	NC_016068	TTTA	3	43644	43655	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_016068	TA	6	43921	43932	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_016068	TAA	4	43961	43972	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_016068	T	19	45151	45169	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	35165387
66	NC_016068	TAG	4	45899	45909	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35165387
67	NC_016068	A	13	46132	46144	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	35165387
68	NC_016068	GTA	4	46490	46500	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_016068	CTTTGA	3	47003	47019	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
70	NC_016068	AAT	4	47347	47358	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_016068	CTTATT	3	48149	48167	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
72	NC_016068	TTTTA	4	48207	48226	20	20 %	80 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
73	NC_016068	TA	6	48357	48367	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_016068	AAGG	3	48420	48430	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_016068	AT	7	48887	48899	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_016068	AAAGAA	3	49245	49262	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
77	NC_016068	AT	6	50021	50031	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_016068	TTA	5	53189	53204	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
79	NC_016068	AGGTA	3	53302	53315	14	40 %	20 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_016068	TTA	4	53771	53782	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016068	ATA	4	56743	56756	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	35165388
82	NC_016068	TTAGG	3	57288	57301	14	20 %	40 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_016068	TAAA	3	57326	57336	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_016068	TTG	4	57514	57524	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_016068	TTAT	3	59417	59428	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_016068	TAT	5	59586	59599	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_016068	TAA	4	59603	59613	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_016068	TCT	4	61551	61561	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
89	NC_016068	AT	6	62298	62308	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_016068	AT	6	64366	64376	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35165389
91	NC_016068	ACAAA	3	65847	65860	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
92	NC_016068	AATA	4	65944	65958	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
93	NC_016068	CAAA	3	66260	66271	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	35165389
94	NC_016068	TTTC	3	67305	67315	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35165389
95	NC_016068	GTT	4	67448	67458	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	35165389
96	NC_016068	TCT	4	67720	67731	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
97	NC_016068	AAAT	3	69283	69294	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_016068	T	13	69359	69371	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_016068	CTTTA	3	69957	69972	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
100	NC_016068	TA	6	70351	70361	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_016068	AAAT	3	70376	70387	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_016068	AAAC	3	70471	70482	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016068	TGAA	3	71376	71387	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_016068	T	12	71537	71548	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016068	TAT	4	71842	71852	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_016068	T	13	72069	72081	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
107	NC_016068	TTCC	3	72093	72103	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
108	NC_016068	T	14	73015	73028	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	35165396
109	NC_016068	A	14	73179	73192	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	35165396
110	NC_016068	GGTT	3	75911	75922	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	35165396
111	NC_016068	TCT	4	76282	76293	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35165396
112	NC_016068	AT	6	78859	78869	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35165396
113	NC_016068	AGA	4	79326	79336	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35165396
114	NC_016068	TA	6	79578	79588	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35165396
115	NC_016068	AT	7	80331	80343	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35165396
116	NC_016068	T	17	80618	80634	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	35165396
117	NC_016068	CTTT	3	82495	82505	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35165396
118	NC_016068	AT	6	84153	84164	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35165396
119	NC_016068	TTTC	3	84771	84782	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35165396
120	NC_016068	TA	6	84894	84904	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35165396
121	NC_016068	CAAT	3	85257	85267	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	35165396
122	NC_016068	T	13	86334	86346	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	35165396
123	NC_016068	T	17	86643	86659	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	35165396
124	NC_016068	CTT	4	86743	86754	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35165396
125	NC_016068	GAT	4	87210	87220	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35165396
126	NC_016068	GAT	4	88584	88594	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35165396
127	NC_016068	TGA	4	93335	93346	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35165396
128	NC_016068	AATA	3	94191	94203	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	35165396
129	NC_016068	TTTCG	3	99377	99390	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	35165396
130	NC_016068	TTC	4	101166	101177	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35165396
131	NC_016068	ATTAGT	4	101728	101749	22	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	9 %	35165396
132	NC_016068	ATCC	3	104787	104798	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	35165396
133	NC_016068	AAGG	3	105089	105099	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	35165396
134	NC_016068	GAGG	3	107713	107724	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	35165396
135	NC_016068	AGGT	3	107925	107936	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	35165396
136	NC_016068	TAAG	3	109045	109055	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35165396
137	NC_016068	A	15	109707	109721	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	35165396
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171	NC_016068	TGAT	3	149296	149308	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	35165395
172	NC_016068	GATC	3	149323	149333	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35165395
173	NC_016068	ATTT	3	152076	152087	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35165395
174	NC_016068	ATC	4	153903	153913	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
175	NC_016068	ATC	4	155277	155287	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35165396
176	NC_016068	GAA	5	155742	155756	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	35165396
177	NC_016068	A	16	155841	155856	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Nicotiana undulata chloroplast