ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Taiwania cryptomerioides chloroplast DNA

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016065	GCT	4	602	613	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35295104
2	NC_016065	GGAT	3	1336	1348	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_016065	TAAT	3	1437	1448	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_016065	TATT	3	1540	1551	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35295104
5	NC_016065	TTGA	3	1798	1809	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	35295104
6	NC_016065	ATC	4	1862	1872	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35295104
7	NC_016065	AAG	4	2076	2087	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35295104
8	NC_016065	TCCA	4	2691	2706	16	25 %	25 %	0 %	50 %	6 %	35295104
9	NC_016065	AAAATT	3	2899	2917	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	35295104
10	NC_016065	ATG	4	2950	2961	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35295104
11	NC_016065	TAAA	3	3808	3819	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_016065	ATTA	3	3934	3944	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_016065	ATA	4	4259	4270	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_016065	AAAT	3	5151	5162	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35295104
15	NC_016065	TTAA	3	7244	7255	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_016065	TTCTT	3	7476	7490	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
17	NC_016065	TTA	4	7707	7717	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_016065	AATT	3	8354	8365	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35295104
19	NC_016065	TA	6	9017	9027	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_016065	AT	6	9074	9084	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016065	CAT	4	12715	12725	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35295104
22	NC_016065	AAAG	3	16521	16532	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35295105
23	NC_016065	TA	6	17507	17518	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016065	AT	10	18069	18090	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_016065	TA	6	18094	18108	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
26	NC_016065	TA	11	18119	18139	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_016065	TA	6	18142	18156	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
28	NC_016065	CT	6	18282	18292	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
29	NC_016065	ATT	4	18442	18452	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_016065	CTG	4	18534	18545	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35295105
31	NC_016065	AG	6	19050	19061	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	35295105
32	NC_016065	ATC	4	20984	20996	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
33	NC_016065	ATT	4	21855	21866	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_016065	TAA	4	22201	22211	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_016065	TA	7	22220	22232	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_016065	TAT	4	22458	22469	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_016065	TAT	4	22963	22973	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_016065	AAAT	3	23050	23060	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_016065	TGAT	3	23576	23586	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	35295105
40	NC_016065	TA	7	24717	24729	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
41	NC_016065	TTA	4	24795	24805	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_016065	TAT	4	24872	24882	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_016065	TA	6	25247	25257	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_016065	AAAT	3	25414	25425	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35295105
45	NC_016065	ATT	4	25838	25848	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	35295105
46	NC_016065	ATTT	3	28592	28602	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_016065	AAC	4	28619	28630	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	35295105
48	NC_016065	ATTTT	3	29277	29291	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	35295105
49	NC_016065	CAA	4	31102	31113	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	35295105
50	NC_016065	AGAAAA	3	33248	33266	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	35295105
51	NC_016065	AAAG	3	34543	34553	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	35295105
52	NC_016065	AAAG	3	34569	34579	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	35295105
53	NC_016065	AAAG	3	34595	34605	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_016065	A	16	34734	34749	16	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	35295105
55	NC_016065	A	13	35115	35127	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	35295105
56	NC_016065	A	25	35459	35483	25	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_016065	ATT	4	35596	35606	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_016065	TAA	4	36556	36567	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_016065	CATA	4	36819	36834	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
60	NC_016065	TA	13	36829	36855	27	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
61	NC_016065	CAAT	3	37007	37019	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
62	NC_016065	CTG	4	37087	37098	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35295106
63	NC_016065	TTCT	3	37651	37663	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	35295106
64	NC_016065	AAAT	3	37720	37732	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	35295106
65	NC_016065	AAC	4	38234	38245	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	35295106
66	NC_016065	TA	7	38901	38916	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
67	NC_016065	TA	6	38925	38935	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_016065	ATTG	3	39459	39469	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	35295106
69	NC_016065	TAAA	3	40358	40368	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	35295106
70	NC_016065	ATTT	3	40501	40512	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_016065	T	14	41005	41018	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
72	NC_016065	TTA	4	41912	41923	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016065	AAAT	3	42119	42130	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_016065	AATA	3	42361	42372	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_016065	TC	6	42516	42527	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
76	NC_016065	TA	6	42768	42778	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_016065	A	12	43111	43122	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_016065	A	14	45100	45113	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_016065	TAA	4	46460	46470	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35295106
80	NC_016065	AAAT	3	47423	47434	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_016065	CAG	4	47627	47638	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35295106
82	NC_016065	AAT	4	48509	48519	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35295107
83	NC_016065	AT	6	48562	48572	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_016065	GAA	4	49443	49453	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_016065	TA	6	50476	50486	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35295107
86	NC_016065	TTCT	3	51726	51738	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	35295107
87	NC_016065	ATTTA	3	52930	52943	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_016065	AAGA	3	52948	52958	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_016065	AGA	4	53438	53449	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35295107
90	NC_016065	T	12	53580	53591	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	35295107
91	NC_016065	TTA	4	54226	54237	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_016065	TTTC	3	54601	54612	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	35295107
93	NC_016065	ATCA	3	54673	54683	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	35295107
94	NC_016065	ATATT	3	55850	55864	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	35295107
95	NC_016065	ATT	4	56633	56645	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35295107
96	NC_016065	ATTT	3	56772	56782	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_016065	TATC	3	57329	57340	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
98	NC_016065	GTG	4	57381	57392	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016065	CATT	4	57783	57798	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
100	NC_016065	AAAT	3	58627	58637	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_016065	CTAC	3	59982	59993	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016065	TCTGA	3	61795	61808	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
103	NC_016065	TGAA	3	62061	62071	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_016065	ATG	4	62809	62819	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_016065	CTT	4	62916	62928	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
106	NC_016065	ATT	4	63227	63238	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_016065	TC	6	63830	63840	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
108	NC_016065	CCTT	3	66280	66290	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
109	NC_016065	ATT	4	66898	66909	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_016065	ATT	4	67770	67780	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_016065	AATT	3	68120	68130	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_016065	TAA	6	68194	68211	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
113	NC_016065	GTA	4	68536	68547	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35295111
114	NC_016065	ATTA	4	69971	69986	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	35295111
115	NC_016065	ATTG	3	70960	70971	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	35295111
116	NC_016065	AATA	3	70972	70983	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35295111
117	NC_016065	TTCA	3	71083	71093	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	35295111
118	NC_016065	TATT	3	72251	72262	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35295111
119	NC_016065	AT	6	72922	72932	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35295111
120	NC_016065	TAA	4	72995	73006	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35295111
121	NC_016065	TAT	4	73004	73014	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	35295111
122	NC_016065	AATAT	3	73039	73053	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	35295111
123	NC_016065	ATA	5	73058	73071	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	35295111
124	NC_016065	TA	9	73139	73155	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	35295111
125	NC_016065	AGA	4	74255	74266	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35295111
126	NC_016065	AGA	4	77084	77094	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35295111
127	NC_016065	TTTTA	3	77287	77301	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	35295111
128	NC_016065	CTTT	3	77307	77317	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35295111
129	NC_016065	ATTT	3	77734	77745	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35295111
130	NC_016065	GAAA	3	78201	78211	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	35295111
131	NC_016065	ATGA	3	78823	78835	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	35295111
132	NC_016065	AAT	4	79227	79237	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35295111
133	NC_016065	AGA	4	79769	79780	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35295111
134	NC_016065	GTGA	3	80475	80485	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	35295111
135	NC_016065	TTATT	3	80855	80868	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	35295111
136	NC_016065	TAA	4	80874	80885	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35295111
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215	NC_016065	TTAT	3	131461	131472	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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217	NC_016065	TA	8	131887	131902	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
218	NC_016065	ATTAT	3	132148	132161	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Taiwania cryptomerioides chloroplast DNA