ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Pseudotsuga sinensis var. wilsoniana chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016064	GATG	3	1640	1652	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_016064	ATC	4	2172	2182	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35165378
3	NC_016064	AGA	4	2384	2395	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35165378
4	NC_016064	ATGA	3	4403	4414	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_016064	CCTT	3	6265	6275	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35165378
6	NC_016064	CTA	4	6338	6348	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35165378
7	NC_016064	AGGGA	4	6676	6696	21	40 %	0 %	60 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_016064	AGATT	3	6865	6878	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_016064	TTCGA	3	7077	7090	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
10	NC_016064	GA	6	8010	8021	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_016064	TTTC	3	9784	9794	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
12	NC_016064	GTT	4	11435	11445	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	35165378
13	NC_016064	GTA	4	11734	11745	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35165378
14	NC_016064	GAAAAA	3	11997	12015	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	35165378
15	NC_016064	TTCTA	3	15445	15459	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	35165378
16	NC_016064	TAT	4	15460	15471	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35165378
17	NC_016064	AGA	4	15474	15484	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35165378
18	NC_016064	AGA	4	15525	15535	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35165378
19	NC_016064	GGAA	5	16184	16204	21	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	35165378
20	NC_016064	TAA	4	16515	16526	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35165378
21	NC_016064	TTAA	3	19968	19979	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35165378
22	NC_016064	AT	9	20692	20709	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	35165378
23	NC_016064	AT	6	22386	22397	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35165378
24	NC_016064	GGA	4	25247	25258	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	35165378
25	NC_016064	TTCGA	3	27084	27098	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	35165378
26	NC_016064	TA	7	27565	27578	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35165378
27	NC_016064	TTTTTC	3	27892	27910	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	35165378
28	NC_016064	ATA	4	28992	29002	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35165378
29	NC_016064	TGGCC	3	30140	30154	15	0 %	20 %	40 %	40 %	0 %	35165378
30	NC_016064	TC	6	30419	30430	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	35165378
31	NC_016064	AT	7	31930	31943	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35165378
32	NC_016064	TCT	4	32468	32478	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35165378
33	NC_016064	AG	8	33731	33745	15	50 %	0 %	50 %	0 %	6 %	35165378
34	NC_016064	GGAT	3	34433	34443	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	35165378
35	NC_016064	T	12	34749	34760	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	35165378
36	NC_016064	GAA	4	35531	35542	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	35165378
37	NC_016064	AAC	4	38174	38185	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	35165378
38	NC_016064	ATG	4	40587	40597	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35165378
39	NC_016064	CGTA	3	41680	41690	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35165378
40	NC_016064	TAA	5	45684	45697	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	35165378
41	NC_016064	G	12	45709	45720	12	0 %	0 %	100 %	0 %	8 %	35165378
42	NC_016064	ATATGG	3	45932	45949	18	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	5 %	35165378
43	NC_016064	A	12	46887	46898	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	35165378
44	NC_016064	TCCTT	3	47998	48012	15	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	35165378
45	NC_016064	AAAT	3	48067	48079	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	35165378
46	NC_016064	TTTA	3	48442	48453	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35165378
47	NC_016064	CT	6	51044	51055	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	35165378
48	NC_016064	T	16	51060	51075	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	35165378
49	NC_016064	TCTATC	3	51236	51253	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	35165378
50	NC_016064	T	17	51497	51513	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	35165378
51	NC_016064	TTTCT	3	51560	51574	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	35165378
52	NC_016064	TC	6	53007	53018	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	35165378
53	NC_016064	GATCC	3	53796	53809	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	35165378
54	NC_016064	ATTC	3	54081	54092	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35165378
55	NC_016064	GATGGA	3	54647	54665	19	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	10 %	35165378
56	NC_016064	ATTG	3	56150	56160	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	35165378
57	NC_016064	AAT	4	58224	58234	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35165378
58	NC_016064	AATTC	3	60186	60199	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	35165378
59	NC_016064	TA	6	60920	60930	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35165378
60	NC_016064	TCGT	3	62551	62561	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	35165378
61	NC_016064	ATA	4	63729	63740	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35165378
62	NC_016064	CTT	4	64961	64971	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35165378
63	NC_016064	CCTTT	3	65057	65070	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	35165378
64	NC_016064	TC	6	65840	65850	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35165378
65	NC_016064	AATT	3	66193	66203	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35165378
66	NC_016064	TATT	3	66937	66947	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	35165378
67	NC_016064	TTA	4	66980	66990	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	35165378
68	NC_016064	G	14	67986	67999	14	0 %	0 %	100 %	0 %	7 %	35165378
69	NC_016064	TAT	5	72531	72546	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	35165378
70	NC_016064	T	17	73455	73471	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	35165378
71	NC_016064	ATAG	3	73970	73981	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	35165378
72	NC_016064	AT	6	74968	74979	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35165378
73	NC_016064	AT	8	74982	74997	16	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	35165378
74	NC_016064	AT	6	75000	75011	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35165378
75	NC_016064	GGA	4	77030	77040	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	35165378
76	NC_016064	AGA	4	79961	79971	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35165378
77	NC_016064	AAAT	3	80685	80696	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35165378
78	NC_016064	CCCT	3	80727	80737	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	35165378
79	NC_016064	GGTAT	3	81228	81241	14	20 %	40 %	40 %	0 %	7 %	35165378
80	NC_016064	CT	6	81371	81381	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35165378
81	NC_016064	CTG	4	81630	81641	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35165378
82	NC_016064	GAA	4	81676	81687	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35165378
83	NC_016064	AG	6	82146	82157	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	35165378
84	NC_016064	TTTC	3	82526	82537	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35165378
85	NC_016064	TC	6	84391	84401	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35165378
86	NC_016064	ATCC	3	87970	87981	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	35165378
87	NC_016064	GAGG	3	91218	91229	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	35165378
88	NC_016064	AGGT	3	91430	91441	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	35165378
89	NC_016064	AACC	3	93060	93072	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	35165378
90	NC_016064	GA	6	93687	93697	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	35165378
91	NC_016064	TCA	4	93956	93966	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35165378
92	NC_016064	TAT	5	94409	94423	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	35165378
93	NC_016064	AGA	4	95742	95753	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35165378
94	NC_016064	AATTGG	3	95897	95915	19	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10 %	35165378
95	NC_016064	AGA	4	98371	98381	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35165378
96	NC_016064	ATG	4	99396	99406	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35165378
97	NC_016064	TAGA	3	100344	100355	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35165378
98	NC_016064	AAT	4	100870	100880	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35165378
99	NC_016064	GAA	4	102064	102075	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35165378
100	NC_016064	TTC	4	102520	102532	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35165378
101	NC_016064	AAAT	3	102774	102785	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35165378
102	NC_016064	TGGA	3	102889	102900	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	35165378
103	NC_016064	A	13	103313	103325	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	35165378
104	NC_016064	TTCT	3	103546	103557	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35165378
105	NC_016064	CAT	4	104444	104455	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	35165378
106	NC_016064	ATCC	3	106037	106048	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	35165378
107	NC_016064	TCCA	3	106346	106357	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	35165378
108	NC_016064	CATT	3	107310	107321	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35165378
109	NC_016064	AT	6	107902	107913	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35165378
110	NC_016064	TTCA	3	109122	109133	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35165378
111	NC_016064	TAA	4	109213	109223	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35165378
112	NC_016064	ATC	4	109371	109381	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35165378
113	NC_016064	TAC	4	109565	109575	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35165378
114	NC_016064	A	14	110065	110078	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	35165378
115	NC_016064	GTA	4	111730	111741	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35165378
116	NC_016064	AAAG	3	112217	112228	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	35165378
117	NC_016064	TCTA	3	112950	112961	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
118	NC_016064	AAAAT	3	113689	113704	16	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
119	NC_016064	CGAT	3	116233	116245	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	35165385
120	NC_016064	ATC	4	121231	121241	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35165385
121	NC_016064	TCCTG	3	121256	121270	15	0 %	40 %	20 %	40 %	6 %	35165385
122	NC_016064	TAC	4	121518	121528	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35165385

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Pseudotsuga sinensis var. wilsoniana chloroplast