ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Larix decidua chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016058	GGAT	3	2428	2438	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_016058	T	16	2716	2731	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
3	NC_016058	GAA	4	3502	3513	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	35295088
4	NC_016058	AAC	4	6145	6156	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	35295088
5	NC_016058	ATG	4	8557	8567	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35295088
6	NC_016058	CGTA	3	9650	9660	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35295089
7	NC_016058	TAA	5	13621	13634	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_016058	ATATGG	3	13881	13898	18	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	5 %	35295089
9	NC_016058	TCCTT	3	15928	15942	15	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	35295089
10	NC_016058	AAAT	3	15997	16009	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	35295089
11	NC_016058	TTTA	3	16372	16383	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35295089
12	NC_016058	CT	6	18968	18979	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
13	NC_016058	CT	6	19006	19017	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
14	NC_016058	T	14	19416	19429	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_016058	TTTCT	3	19480	19494	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
16	NC_016058	TC	6	20894	20905	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016058	GATCC	3	21683	21696	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	35295089
18	NC_016058	TCT	4	21849	21859	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35295089
19	NC_016058	ATTC	3	21968	21979	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35295089
20	NC_016058	GATGGA	3	22534	22552	19	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	10 %	35295089
21	NC_016058	AAT	4	26120	26130	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35295090
22	NC_016058	AATTC	3	28080	28093	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
23	NC_016058	TA	6	28810	28820	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35295090
24	NC_016058	AAAAG	3	30116	30129	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_016058	TCGT	3	30437	30447	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	35295091
26	NC_016058	TA	6	30704	30715	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35295091
27	NC_016058	T	16	31206	31221	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	35295091
28	NC_016058	ATA	4	31611	31622	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35295091
29	NC_016058	CTT	4	32847	32857	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35295091
30	NC_016058	T	16	32954	32969	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
31	NC_016058	TC	6	33728	33738	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35295091
32	NC_016058	AATT	3	34081	34091	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35295091
33	NC_016058	TTA	4	34867	34877	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_016058	TGAT	3	35432	35444	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
35	NC_016058	G	17	35919	35935	17	0 %	0 %	100 %	0 %	5 %	Non-Coding
36	NC_016058	GAAA	3	36484	36494	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_016058	TTC	4	37487	37497	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
38	NC_016058	CAA	4	41066	41076	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	35295091
39	NC_016058	TCTT	3	41370	41380	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35295091
40	NC_016058	ATAG	3	41883	41894	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	35295091
41	NC_016058	ATGG	3	42841	42852	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016058	AT	8	42892	42907	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
43	NC_016058	TGC	4	43681	43691	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	35295091
44	NC_016058	GGA	4	44942	44952	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	35295091
45	NC_016058	AGA	4	47873	47883	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35295092
46	NC_016058	AT	6	48586	48598	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_016058	GGGA	3	48753	48764	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_016058	CT	6	49336	49346	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
49	NC_016058	CTG	4	49598	49609	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35295092
50	NC_016058	GAA	4	49644	49655	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35295092
51	NC_016058	TTTC	3	50494	50505	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35295092
52	NC_016058	TC	6	52351	52361	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
53	NC_016058	ATCC	3	55928	55939	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
54	NC_016058	AACA	3	56493	56504	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016058	GAGG	3	59194	59205	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_016058	AGGT	3	59406	59417	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016058	AACC	3	61035	61047	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
58	NC_016058	GA	6	61688	61698	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_016058	TCA	4	61959	61969	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
60	NC_016058	TAT	5	62425	62439	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
61	NC_016058	TGG	4	63373	63384	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	35295092
62	NC_016058	AGA	4	63759	63770	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35295092
63	NC_016058	AATTGG	3	63914	63932	19	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10 %	35295092
64	NC_016058	AGA	4	66457	66467	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35295092
65	NC_016058	ATG	4	67482	67492	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35295092
66	NC_016058	AGA	4	67784	67795	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35295092
67	NC_016058	TAGA	3	68439	68450	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35295092
68	NC_016058	ACGAG	3	70545	70558	14	40 %	0 %	40 %	20 %	7 %	35295092
69	NC_016058	GAA	4	70573	70584	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35295092
70	NC_016058	TTC	4	70946	70957	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35295092
71	NC_016058	A	19	71815	71833	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
72	NC_016058	TTCT	3	72059	72069	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
73	NC_016058	AAAG	3	73829	73839	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_016058	ATCC	3	74783	74794	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
75	NC_016058	TCCA	3	75105	75116	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	35295092
76	NC_016058	CATT	3	76069	76080	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
77	NC_016058	TTCA	3	77878	77889	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
78	NC_016058	ATC	4	78131	78141	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
79	NC_016058	TAC	4	78418	78428	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
80	NC_016058	A	13	78896	78908	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_016058	A	19	80347	80365	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
82	NC_016058	GTA	4	80716	80727	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35295095
83	NC_016058	TCT	4	80973	80984	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35295095
84	NC_016058	AAAG	3	81203	81214	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	35295095
85	NC_016058	ATCT	3	81939	81950	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35295095
86	NC_016058	ATA	4	83033	83043	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35295095
87	NC_016058	ATAC	3	83314	83325	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	35295095
88	NC_016058	AGAT	3	84294	84305	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35295095
89	NC_016058	CGAT	3	85388	85400	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	35295095
90	NC_016058	TGAG	3	86692	86704	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	35295095
91	NC_016058	TTC	4	87071	87082	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35295095
92	NC_016058	TAGA	3	89691	89701	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35295095
93	NC_016058	ATC	4	90395	90405	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35295095
94	NC_016058	TAC	4	90682	90692	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35295095
95	NC_016058	TACCC	3	90912	90925	14	20 %	20 %	0 %	60 %	7 %	35295095
96	NC_016058	GATG	3	93361	93373	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	35295095
97	NC_016058	ATC	4	93895	93905	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35295095
98	NC_016058	AGA	4	94107	94118	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35295095
99	NC_016058	ATGA	3	96126	96137	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35295095
100	NC_016058	AAT	4	96426	96437	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35295095
101	NC_016058	CCTT	3	97966	97976	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35295095
102	NC_016058	CTA	4	98039	98049	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35295095
103	NC_016058	GAAA	3	98374	98384	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	35295095
104	NC_016058	GA	6	99713	99724	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	35295095
105	NC_016058	CCTGG	3	99972	99985	14	0 %	20 %	40 %	40 %	7 %	35295095
106	NC_016058	AAGAA	3	100000	100014	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	35295095
107	NC_016058	TAT	4	100278	100290	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35295095
108	NC_016058	GAA	4	100344	100354	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35295095
109	NC_016058	AAGAA	3	100386	100399	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	35295095
110	NC_016058	AGAAAA	3	102203	102221	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	35295095
111	NC_016058	CAT	4	102548	102558	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35295095
112	NC_016058	AT	11	102782	102803	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35295095
113	NC_016058	TCGAA	3	103269	103283	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	35295095
114	NC_016058	ATA	4	104906	104918	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	35295095
115	NC_016058	AGC	4	106631	106642	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35295095
116	NC_016058	TTC	4	109683	109694	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35295095
117	NC_016058	TTAA	3	109962	109973	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35295095
118	NC_016058	TA	6	110398	110409	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35295095
119	NC_016058	TTA	4	113920	113931	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35295095
120	NC_016058	TTGA	3	114040	114051	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	35295095
121	NC_016058	TCC	4	114092	114103	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	35295095
122	NC_016058	TCCTT	3	114232	114245	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	35295095
123	NC_016058	TCT	4	114902	114912	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35295095
124	NC_016058	TAC	4	118872	118883	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	35295095
125	NC_016058	CAA	4	119169	119179	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	35295095
126	NC_016058	CTT	4	120518	120528	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35295095
127	NC_016058	T	12	120785	120796	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016058	T	14	121748	121761	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
129	NC_016058	TAT	4	121915	121925	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
130	NC_016058	ATTT	3	121957	121967	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Larix decidua chloroplast