ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Stenopirates sp. HL-2011 mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016017	ATA	4	225	236	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	34760036
2	NC_016017	ATA	4	331	345	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	34760036
3	NC_016017	AAT	4	359	370	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	34760036
4	NC_016017	TAT	4	431	443	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	34760036
5	NC_016017	AAT	4	444	455	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	34760036
6	NC_016017	TAA	4	529	540	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	34760036
7	NC_016017	ATT	4	594	604	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	34760036
8	NC_016017	TA	7	785	797	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	34760036
9	NC_016017	TAT	4	812	823	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	34760036
10	NC_016017	ATAAAT	4	855	878	24	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	34760036
11	NC_016017	ATTATA	3	885	902	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	34760036
12	NC_016017	TA	6	991	1001	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34760036
13	NC_016017	TAA	4	1162	1173	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	34760036
14	NC_016017	TTAA	3	1189	1201	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	34760036
15	NC_016017	AT	6	1223	1236	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	34760036
16	NC_016017	AATT	3	1327	1337	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34760036
17	NC_016017	AATT	3	1612	1623	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34760036
18	NC_016017	ATT	4	1704	1716	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	34760036
19	NC_016017	TAT	5	1952	1966	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	34760036
20	NC_016017	AATT	3	2364	2374	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34760036
21	NC_016017	ATA	4	2800	2811	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	34760036
22	NC_016017	TA	6	2901	2911	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34760036
23	NC_016017	TAATTA	3	3056	3073	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	34760036
24	NC_016017	TAA	5	3092	3106	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	34760036
25	NC_016017	AATATT	3	3177	3194	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	34760036
26	NC_016017	AAATA	3	3887	3900	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	34760036
27	NC_016017	AAT	4	4052	4062	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	34760036
28	NC_016017	TAATA	3	4066	4079	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	34760036
29	NC_016017	TTTA	4	4153	4169	17	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	34760036
30	NC_016017	TAA	4	4279	4289	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	34760036
31	NC_016017	T	13	4867	4879	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	34760036
32	NC_016017	ATA	4	5260	5270	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	34760036
33	NC_016017	AT	6	5441	5451	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34760036
34	NC_016017	AATTTT	3	5623	5640	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	34760036
35	NC_016017	ATT	5	5651	5665	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	34760036
36	NC_016017	TTA	4	5721	5732	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	34760036
37	NC_016017	AT	6	6085	6097	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	34760036
38	NC_016017	TAA	4	6181	6191	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	34760036
39	NC_016017	A	15	6190	6204	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	34760036
40	NC_016017	ATT	4	6220	6230	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	34760036
41	NC_016017	A	12	6399	6410	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	34760036
42	NC_016017	TAAA	3	6411	6423	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	34760036
43	NC_016017	TAAA	3	6520	6531	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	34760036
44	NC_016017	A	27	6725	6751	27	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	34760036
45	NC_016017	TAA	4	7003	7013	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	34760036
46	NC_016017	TTA	4	7014	7025	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	34760036
47	NC_016017	TAA	5	7306	7319	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	34760036
48	NC_016017	ATATA	3	7349	7362	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	34760036
49	NC_016017	ATA	4	7398	7408	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	34760036
50	NC_016017	TAAAA	3	7794	7808	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	34760036
51	NC_016017	ATT	4	7901	7911	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	34760036
52	NC_016017	ATA	4	7992	8003	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	34760036
53	NC_016017	A	16	8117	8132	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	34760036
54	NC_016017	A	15	8914	8928	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	34760036
55	NC_016017	TAAA	3	8955	8965	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	34760036
56	NC_016017	TAAA	3	9154	9164	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	34760036
57	NC_016017	A	13	9482	9494	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	34760036
58	NC_016017	AT	6	9521	9532	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34760036
59	NC_016017	ATT	4	9563	9573	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	34760036
60	NC_016017	T	14	9848	9861	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	34760036
61	NC_016017	AT	6	9862	9873	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34760036
62	NC_016017	AATT	3	10087	10097	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34760036
63	NC_016017	TAA	5	10149	10163	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	34760036
64	NC_016017	ATTT	3	10167	10177	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	34760036
65	NC_016017	AAT	4	10273	10284	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	34760036
66	NC_016017	TAA	4	10501	10512	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	34760036
67	NC_016017	ATTT	3	10646	10656	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	34760036
68	NC_016017	G	16	10817	10832	16	0 %	0 %	100 %	0 %	6 %	34760036
69	NC_016017	TAT	4	10903	10914	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	34760036
70	NC_016017	TAT	4	10982	10993	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	34760036
71	NC_016017	TAT	4	11097	11108	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	34760036
72	NC_016017	TAT	4	11177	11188	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	34760036
73	NC_016017	TAT	4	11291	11302	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	34760036
74	NC_016017	TAT	4	11371	11382	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	34760036
75	NC_016017	TA	6	11418	11429	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34760036
76	NC_016017	TCTT	8	11439	11470	32	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34760036
77	NC_016017	TC	38	11459	11534	76	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	34760036
78	NC_016017	TA	16	11521	11552	32	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34760036
79	NC_016017	TA	6	11602	11612	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34760036
80	NC_016017	A	12	11849	11860	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	34760036
81	NC_016017	TTAAAA	3	12139	12156	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	34760036
82	NC_016017	AATT	3	12226	12236	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34760036
83	NC_016017	ATT	4	12457	12467	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	34760036
84	NC_016017	TAT	4	12563	12574	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	34760036
85	NC_016017	ATTA	4	12609	12624	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	34760036
86	NC_016017	TAT	4	12663	12673	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	34760036
87	NC_016017	A	13	12729	12741	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	34760036
88	NC_016017	AATTG	3	12792	12806	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	34760036
89	NC_016017	ATA	4	12827	12837	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	34760036
90	NC_016017	AATTTA	4	12953	12976	24	50 %	50 %	0 %	0 %	4 %	34760036
91	NC_016017	AAAT	3	13729	13739	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	34760036
92	NC_016017	ATAAAT	4	13826	13849	24	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	34760036
93	NC_016017	ATAA	3	13941	13952	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	34760036
94	NC_016017	A	27	14080	14106	27	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	34760036
95	NC_016017	ATA	4	14307	14319	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	34760036
96	NC_016017	TAA	5	14350	14364	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	34760036
97	NC_016017	TTAA	3	14879	14890	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34760036
98	NC_016017	ATA	4	14892	14902	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	34760036
99	NC_016017	ATTT	3	15038	15050	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	34760036
100	NC_016017	TTTA	3	15077	15088	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	34760036
101	NC_016017	AATT	3	15265	15276	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34760036

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Stenopirates sp. HL-2011 mitochondrion