ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cnaphalocrocis medinalis mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015985	TTTAT	3	127	141	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_015985	AT	8	205	220	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
3	NC_015985	AT	6	223	233	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_015985	TAAA	3	707	717	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	34589418
5	NC_015985	TTA	5	721	736	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	34589418
6	NC_015985	T	14	873	886	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	34589418
7	NC_015985	ATT	4	981	992	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	34589418
8	NC_015985	ATT	4	1051	1063	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	34589418
9	NC_015985	TTA	4	1097	1108	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	34589418
10	NC_015985	TTTAT	3	1215	1229	15	20 %	80 %	0 %	0 %	0 %	34589418
11	NC_015985	T	15	1274	1288	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	34589418
12	NC_015985	TAA	4	1362	1374	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_015985	TA	23	1490	1535	46	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_015985	TATAA	3	1815	1828	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	34589418
15	NC_015985	CTT	4	2110	2122	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	34589418
16	NC_015985	GAAA	3	2315	2326	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34589418
17	NC_015985	ATT	4	3380	3390	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	34589419
18	NC_015985	ATA	4	3520	3531	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	34589419
19	NC_015985	AATT	3	3800	3810	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34589419
20	NC_015985	T	17	4003	4019	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	34589419
21	NC_015985	ATA	4	4071	4081	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	34589419
22	NC_015985	AAT	5	4100	4114	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	34589419
23	NC_015985	ATTT	3	4166	4178	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	34589419
24	NC_015985	AATT	3	5883	5893	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34589419
25	NC_015985	TTTAA	3	5913	5927	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	34589419
26	NC_015985	TAT	6	5943	5959	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	34589419
27	NC_015985	AATT	6	6000	6023	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34589419
28	NC_015985	AT	25	6017	6063	47	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_015985	ATT	4	6469	6479	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	34589419
30	NC_015985	TAAA	3	6509	6520	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	34589419
31	NC_015985	AATT	3	6739	6750	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34589419
32	NC_015985	AATT	3	6977	6987	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34589419
33	NC_015985	A	18	7048	7065	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	34589419
34	NC_015985	TAT	4	7227	7237	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	34589419
35	NC_015985	AAT	4	7623	7634	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	34589419
36	NC_015985	TAA	4	7877	7889	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	34589419
37	NC_015985	ATA	4	8107	8117	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	34589419
38	NC_015985	A	12	8155	8166	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	34589419
39	NC_015985	TAA	4	8321	8335	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	34589419
40	NC_015985	ATTAAT	4	8442	8465	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34589419
41	NC_015985	TAAA	3	9083	9093	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	34589419
42	NC_015985	AAAT	3	9167	9177	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	34589419
43	NC_015985	TAA	4	9220	9232	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	34589419
44	NC_015985	AAAAT	3	9256	9269	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	34589419
45	NC_015985	AT	6	9446	9457	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34589419
46	NC_015985	ATT	4	9576	9587	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	34589419
47	NC_015985	AT	9	9714	9730	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	34589419
48	NC_015985	ATT	5	10000	10014	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
49	NC_015985	TTTA	3	10221	10232	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	34589419
50	NC_015985	T	15	10286	10300	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	34589419
51	NC_015985	TAA	7	10466	10486	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	4 %	34589419
52	NC_015985	TTTA	4	10483	10498	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	34589419
53	NC_015985	ATT	4	10936	10946	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	34589419
54	NC_015985	TAA	5	11153	11167	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	34589419
55	NC_015985	ATTT	3	11171	11181	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	34589419
56	NC_015985	TAT	4	11280	11291	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	34589419
57	NC_015985	AATTTT	3	11475	11492	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	34589419
58	NC_015985	AAAT	3	11942	11954	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	34589420
59	NC_015985	TAAAA	3	12407	12420	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	34589420
60	NC_015985	TA	7	12750	12762	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
61	NC_015985	ATA	4	13224	13234	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_015985	TAT	5	13272	13287	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
63	NC_015985	T	13	13583	13595	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
64	NC_015985	A	13	13753	13765	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
65	NC_015985	ATTA	4	13823	13838	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
66	NC_015985	A	16	13845	13860	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
67	NC_015985	ATTTA	3	14496	14511	16	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
68	NC_015985	ATT	4	14524	14535	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_015985	TTTAAT	4	14748	14771	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_015985	ATT	4	14955	14967	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_015985	T	15	15073	15087	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_015985	AATT	3	15222	15232	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_015985	TA	18	15312	15346	35	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_015985	ATAAT	5	15363	15386	24	60 %	40 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Cnaphalocrocis medinalis mitochondrion