ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cucumis melo subsp. melo chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015983	TA	7	132	146	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_015983	CAG	4	871	882	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	34657817
3	NC_015983	AAGT	3	977	987	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	34657817
4	NC_015983	AATT	3	1847	1858	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_015983	TCT	4	3082	3093	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34657817
6	NC_015983	A	12	3220	3231	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	34657817
7	NC_015983	AAT	4	3541	3553	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_015983	CATT	3	3928	3939	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
9	NC_015983	TGAA	3	4445	4455	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_015983	TAA	4	4582	4593	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015983	GAAA	3	4690	4700	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_015983	TCTCT	3	5130	5143	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	34657817
13	NC_015983	ATTC	3	5513	5523	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	34657817
14	NC_015983	AATTTG	3	5729	5747	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	10 %	34657817
15	NC_015983	A	14	5909	5922	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	34657817
16	NC_015983	TA	6	5973	5983	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34657817
17	NC_015983	TA	6	6284	6295	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_015983	A	18	6600	6617	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
19	NC_015983	TAT	4	7363	7375	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_015983	AAT	4	7373	7384	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_015983	TTCT	3	7976	7986	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34657817
22	NC_015983	A	19	8067	8085	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
23	NC_015983	TA	6	8820	8831	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_015983	A	15	9183	9197	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
25	NC_015983	ATTT	3	9221	9231	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_015983	GTTA	3	9321	9332	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_015983	TTA	4	9428	9440	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_015983	CTTAT	3	10259	10273	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015983	TA	7	10294	10306	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
30	NC_015983	AT	8	10950	10965	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
31	NC_015983	TA	7	10984	10999	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
32	NC_015983	TACG	3	11231	11242	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	34657817
33	NC_015983	AAAGAA	3	13275	13292	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	34657817
34	NC_015983	TTTCT	3	13366	13380	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	34657817
35	NC_015983	TATTT	3	14060	14074	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
36	NC_015983	T	15	19416	19430	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	34657818
37	NC_015983	TGAA	3	19826	19836	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	34657818
38	NC_015983	A	16	23604	23619	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	34657818
39	NC_015983	GAAT	3	23651	23661	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	34657818
40	NC_015983	GTT	4	24536	24547	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	34657818
41	NC_015983	T	12	27157	27168	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	34657818
42	NC_015983	TGAC	3	27429	27439	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	34657818
43	NC_015983	ATTT	3	27801	27813	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	34657818
44	NC_015983	CAA	4	28001	28012	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
45	NC_015983	AT	7	28331	28344	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_015983	TA	7	28488	28500	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_015983	T	15	29370	29384	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
48	NC_015983	AAT	4	29817	29828	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_015983	CTTT	3	30043	30054	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
50	NC_015983	A	13	30068	30080	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_015983	ATA	4	30165	30175	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_015983	TAT	5	30244	30258	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
53	NC_015983	TA	6	30577	30588	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_015983	TAAAAA	3	31454	31472	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
55	NC_015983	T	13	32055	32067	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
56	NC_015983	T	14	32386	32399	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
57	NC_015983	AATATA	3	32744	32760	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
58	NC_015983	TTTC	3	32791	32802	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015983	ATTT	3	32817	32828	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_015983	ATT	4	32890	32900	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_015983	TTTA	4	32917	32933	17	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
62	NC_015983	TTATA	4	32970	32988	19	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
63	NC_015983	TTTTA	4	33080	33100	21	20 %	80 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_015983	ATGT	3	33351	33362	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_015983	T	13	33793	33805	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_015983	TTA	4	33878	33889	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_015983	ATTT	3	33989	34000	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_015983	TAT	4	34027	34037	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_015983	A	17	34177	34193	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
70	NC_015983	GAAA	3	36304	36315	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34657818
71	NC_015983	AG	6	37503	37513	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_015983	AT	6	37728	37738	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_015983	AAGT	3	37808	37818	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_015983	TA	8	38361	38375	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
75	NC_015983	TA	9	38497	38513	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
76	NC_015983	TAAT	3	38821	38832	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015983	ATG	4	40897	40907	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	34657819
78	NC_015983	GCA	4	42795	42806	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	34657819
79	NC_015983	TG	6	42832	42842	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	34657819
80	NC_015983	T	16	44120	44135	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015983	TA	6	44591	44602	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_015983	AATA	3	44683	44694	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_015983	A	15	44708	44722	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
84	NC_015983	A	13	46585	46597	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	34657819
85	NC_015983	TTATT	3	48335	48349	15	20 %	80 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015983	TTTA	4	48645	48661	17	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
87	NC_015983	ATA	4	48903	48915	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_015983	AG	7	49235	49247	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_015983	TA	8	49732	49747	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
90	NC_015983	AAT	4	51028	51039	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_015983	ATTT	3	51629	51640	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_015983	GTCT	3	52196	52207	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	34657819
93	NC_015983	TA	7	52950	52963	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_015983	TACAA	3	53402	53415	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
95	NC_015983	TTA	4	53516	53527	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_015983	TTTA	3	54518	54528	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_015983	T	13	56841	56853	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015983	AT	6	58887	58897	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_015983	AATT	3	59111	59121	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_015983	A	14	59137	59150	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_015983	T	14	60860	60873	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_015983	TAG	4	62806	62816	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_015983	TAAA	3	62843	62853	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_015983	AT	6	63815	63825	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34657820
105	NC_015983	T	15	64816	64830	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
106	NC_015983	TAT	6	64958	64975	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
107	NC_015983	TTCT	3	65447	65458	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
108	NC_015983	TTTTA	3	66995	67009	15	20 %	80 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015983	CTTT	3	67232	67243	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
110	NC_015983	T	27	67401	67427	27	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
111	NC_015983	ATA	4	67635	67649	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
112	NC_015983	AAC	4	68290	68301	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
113	NC_015983	ATAAA	3	68448	68462	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
114	NC_015983	TTTC	3	69494	69505	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
115	NC_015983	TTAA	3	70255	70267	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
116	NC_015983	GAA	4	70365	70376	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_015983	T	13	70381	70393	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_015983	TGAA	3	70873	70884	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_015983	TTTC	3	70907	70919	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
120	NC_015983	TAAA	3	71099	71110	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015983	CAT	4	72203	72214	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	34657821
122	NC_015983	AGT	4	73582	73593	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	34657821
123	NC_015983	TGAA	3	74119	74129	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	34657821
124	NC_015983	CGAAT	3	74234	74248	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	34657821
125	NC_015983	TCT	4	75776	75787	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34657821
126	NC_015983	TGA	4	76941	76952	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	34657821
127	NC_015983	AAATA	3	79724	79737	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	34657821
128	NC_015983	T	12	79865	79876	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	34657821
129	NC_015983	ATCA	3	82025	82036	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	34657821
130	NC_015983	T	16	82077	82092	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	34657821
131	NC_015983	A	17	83101	83117	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	34657821
132	NC_015983	A	15	83129	83143	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	34657821
133	NC_015983	GGTTAT	3	83604	83622	19	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	10 %	34657821
134	NC_015983	TCT	4	83797	83807	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	34657821
135	NC_015983	TAT	4	83969	83979	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	34657821
136	NC_015983	TTA	4	84614	84625	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	34657821
137	NC_015983	ATTT	3	84766	84776	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	34657821
138	NC_015983	TTAA	3	86051	86061	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34657821
139	NC_015983	T	14	86354	86367	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	34657821
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222	NC_015983	AAAT	5	152080	152100	21	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	34657825
223	NC_015983	TATT	3	152244	152255	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	34657825
224	NC_015983	ATC	4	155423	155433	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	34657825
225	NC_015983	GAA	5	155889	155903	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	34657825
226	NC_015983	A	14	155987	156000	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Cucumis melo subsp. melo chloroplast