ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Wolffia australiana chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015899	CAG	4	973	984	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	34231635
2	NC_015899	AAGT	3	1079	1089	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	34231635
3	NC_015899	AT	6	1576	1587	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_015899	CTT	4	2064	2075	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34231635
5	NC_015899	TTTG	3	2202	2213	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	34231635
6	NC_015899	GAA	4	2793	2804	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34231635
7	NC_015899	TTTCT	3	3114	3127	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	34231635
8	NC_015899	TGT	4	3437	3447	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	34231635
9	NC_015899	CATT	3	3985	3996	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
10	NC_015899	ACAA	3	4614	4625	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
11	NC_015899	TTAG	3	6081	6092	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015899	TA	6	6747	6757	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_015899	TTTTC	3	6811	6824	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
14	NC_015899	AT	6	7020	7030	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_015899	A	15	7598	7612	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
16	NC_015899	GGATTT	3	7781	7799	19	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	10 %	Non-Coding
17	NC_015899	AATA	3	8171	8182	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_015899	A	12	8244	8255	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015899	ATAA	3	8759	8770	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	34231635
20	NC_015899	ATTATA	3	9201	9225	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_015899	AT	8	9868	9883	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_015899	AGT	4	9885	9895	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_015899	TA	7	9929	9941	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_015899	TAAA	3	10017	10028	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015899	TTCT	3	10787	10798	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
26	NC_015899	CATA	3	11189	11200	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
27	NC_015899	TAAA	4	14305	14320	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	34231636
28	NC_015899	A	17	15237	15253	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
29	NC_015899	ATA	4	15766	15777	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_015899	ATTT	3	15895	15906	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_015899	AT	6	16784	16794	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34231636
32	NC_015899	AATA	3	17021	17033	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_015899	TAA	5	17072	17086	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	34231636
34	NC_015899	AAAT	3	17955	17966	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_015899	TCAA	3	18262	18273	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	34231636
36	NC_015899	CAA	4	18901	18912	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	34231636
37	NC_015899	T	13	20035	20047	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	34231636
38	NC_015899	GAAT	3	24223	24233	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	34231636
39	NC_015899	AT	7	24282	24294	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	34231636
40	NC_015899	GTT	4	25054	25065	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	34231636
41	NC_015899	CTT	4	26936	26947	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34231636
42	NC_015899	ATACA	4	28838	28858	21	60 %	20 %	0 %	20 %	9 %	Non-Coding
43	NC_015899	TA	7	29169	29182	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_015899	TAA	4	29225	29235	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_015899	T	16	29650	29665	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015899	AT	6	30919	30930	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_015899	T	14	31837	31850	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015899	ATTT	4	32003	32018	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
49	NC_015899	TAATA	5	32807	32830	24	60 %	40 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_015899	TAA	4	32844	32855	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015899	AT	6	32874	32884	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_015899	AAAG	3	33214	33225	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_015899	CATATA	3	33826	33842	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
54	NC_015899	AGGT	3	34173	34183	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_015899	A	18	34748	34765	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
56	NC_015899	GAG	4	35496	35507	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_015899	TTTC	3	36142	36153	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
58	NC_015899	GAAA	3	37950	37961	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34231637
59	NC_015899	TTG	4	38355	38365	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	34231637
60	NC_015899	CTT	4	38799	38810	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34231637
61	NC_015899	AG	6	39043	39053	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_015899	ATTTCT	3	39138	39154	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
63	NC_015899	AATG	3	39332	39343	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015899	TC	6	39614	39624	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
65	NC_015899	AGA	4	39826	39839	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_015899	AT	7	39882	39894	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_015899	TAT	5	40783	40796	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_015899	ATG	4	42291	42301	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	34231637
69	NC_015899	AAG	4	43385	43395	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	34231637
70	NC_015899	AATG	3	43784	43795	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	34231637
71	NC_015899	CTA	4	43854	43865	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	34231637
72	NC_015899	TTATT	3	46063	46077	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
73	NC_015899	T	21	46445	46465	21	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	34231637
74	NC_015899	CTTT	4	47068	47082	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	34231637
75	NC_015899	AAAGA	4	48536	48555	20	80 %	0 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
76	NC_015899	AT	9	48802	48818	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
77	NC_015899	TAGAAA	3	49449	49465	17	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
78	NC_015899	AGT	4	50347	50358	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	34231637
79	NC_015899	TA	6	50736	50747	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_015899	ATA	4	50965	50975	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_015899	ATC	4	51047	51059	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
82	NC_015899	TA	7	51314	51326	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_015899	A	14	51455	51468	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_015899	AT	7	51670	51682	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_015899	A	14	51686	51699	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015899	AAGATA	3	51801	51818	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
87	NC_015899	GTAAA	3	51850	51863	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_015899	TAAAA	3	52130	52145	16	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
89	NC_015899	TAT	4	53525	53536	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015899	GAT	4	54770	54782	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	34231637
91	NC_015899	TTTAA	3	57796	57809	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_015899	ATTTT	3	60418	60432	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
93	NC_015899	AATTGA	3	60757	60775	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
94	NC_015899	TA	7	64709	64721	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_015899	TA	7	64848	64860	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_015899	ATT	4	64914	64925	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_015899	ATTT	4	66837	66852	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
98	NC_015899	TTAT	3	67183	67193	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_015899	A	26	67410	67435	26	100 %	0 %	0 %	0 %	3 %	Non-Coding
100	NC_015899	ATGA	3	68099	68110	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	34231638
101	NC_015899	AAT	4	68311	68322	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_015899	TAA	4	69366	69377	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_015899	TCTT	3	69572	69584	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
104	NC_015899	A	21	70037	70057	21	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015899	AG	6	70084	70094	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_015899	AGTT	3	70390	70400	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_015899	AG	6	70434	70444	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	34231638
108	NC_015899	TATT	3	71425	71435	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_015899	TAA	4	71530	71540	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_015899	TTTA	4	71688	71703	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
111	NC_015899	ATT	5	73294	73307	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
112	NC_015899	TCT	4	74106	74117	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
113	NC_015899	ATAG	4	74378	74394	17	50 %	25 %	25 %	0 %	5 %	34231639
114	NC_015899	AT	7	74536	74549	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
115	NC_015899	TATT	3	75021	75032	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_015899	ATTC	3	75600	75611	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
117	NC_015899	TTTG	4	76617	76631	15	0 %	75 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
118	NC_015899	ACAT	3	76718	76729	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	34231639
119	NC_015899	TTA	4	77474	77486	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	34231639
120	NC_015899	TTCC	3	78279	78290	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	34231639
121	NC_015899	TAAAA	3	78706	78720	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
122	NC_015899	TA	7	79091	79104	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
123	NC_015899	T	28	80734	80761	28	0 %	100 %	0 %	0 %	3 %	Non-Coding
124	NC_015899	TAAA	3	80916	80926	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	34231640
125	NC_015899	TA	6	80967	80977	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_015899	TTAG	3	81444	81455	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	34231640
127	NC_015899	TTTC	3	81540	81551	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
128	NC_015899	CATG	3	83369	83381	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
129	NC_015899	ATGT	3	84748	84759	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015899	ATTCT	4	86369	86389	21	20 %	60 %	0 %	20 %	9 %	Non-Coding
131	NC_015899	CTA	4	87362	87372	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	34231640
132	NC_015899	GAA	4	87771	87781	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
133	NC_015899	GGTTAT	3	88263	88281	19	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	10 %	34231641
134	NC_015899	CGAA	3	88343	88355	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
135	NC_015899	TA	8	88618	88632	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
136	NC_015899	CTTT	3	89423	89433	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
137	NC_015899	AAAT	3	89809	89820	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
138	NC_015899	AATT	3	91056	91068	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
139	NC_015899	GAT	4	93397	93407	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
140	NC_015899	TTCT	3	95103	95113	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34231641
141	NC_015899	CTTT	3	96296	96306	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34231641
142	NC_015899	GAT	4	96451	96462	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	34231641
143	NC_015899	TGAT	3	98127	98139	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	34231641
144	NC_015899	TGA	4	98178	98189	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	34231641
145	NC_015899	AATA	3	98992	99004	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	34231641
146	NC_015899	TTTC	3	99054	99065	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	34231641
147	NC_015899	G	12	101256	101267	12	0 %	0 %	100 %	0 %	8 %	Non-Coding
148	NC_015899	TA	6	101749	101760	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
149	NC_015899	AATAT	3	101771	101784	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
150	NC_015899	AAT	4	101794	101805	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
151	NC_015899	TTTGTT	3	105093	105111	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	34231641
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153	NC_015899	ATTTT	3	106562	106576	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
154	NC_015899	TTCTT	3	107135	107149	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
155	NC_015899	ATCC	3	110463	110474	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
156	NC_015899	TTCCC	3	110681	110694	14	0 %	40 %	0 %	60 %	7 %	Non-Coding
157	NC_015899	GAGG	3	113564	113575	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
158	NC_015899	AGGT	3	113776	113787	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_015899	TAAG	3	114896	114906	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
160	NC_015899	TATATC	3	116653	116669	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
161	NC_015899	TCTT	3	116745	116755	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
162	NC_015899	GGAA	3	117010	117020	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	34231641
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167	NC_015899	T	13	118021	118033	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	34231641
168	NC_015899	GGGT	3	119146	119158	13	0 %	25 %	75 %	0 %	7 %	34231641
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171	NC_015899	GAAT	3	120672	120683	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	34231641
172	NC_015899	GATA	3	122075	122085	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	34231641
173	NC_015899	A	16	122896	122911	16	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_015899	TAGATT	3	123355	123372	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
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176	NC_015899	TA	8	123418	123433	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
177	NC_015899	AATT	3	123791	123802	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34231642
178	NC_015899	AAG	4	124839	124850	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34231642
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180	NC_015899	TAT	4	125999	126009	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
181	NC_015899	TAAT	4	126025	126041	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
182	NC_015899	TTTG	3	126116	126127	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
183	NC_015899	A	12	126145	126156	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
184	NC_015899	TAA	4	126271	126282	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
185	NC_015899	TAT	4	127382	127392	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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189	NC_015899	AT	6	131920	131930	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
190	NC_015899	TTAT	4	132782	132797	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
191	NC_015899	AT	6	132823	132834	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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199	NC_015899	TAAT	3	139313	139324	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34231643
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210	NC_015899	ATTTT	3	144621	144635	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
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212	NC_015899	CTTA	3	145253	145263	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
213	NC_015899	CTAC	3	146370	146381	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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219	NC_015899	AATA	3	153605	153616	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
220	NC_015899	TACAA	3	153623	153636	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
221	NC_015899	GTA	4	154165	154176	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
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225	NC_015899	AT	6	158400	158411	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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229	NC_015899	ATC	4	163697	163708	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	34231643
230	NC_015899	AAAG	3	163853	163863	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	34231643
231	NC_015899	ATTT	3	164919	164930	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	34231643
232	NC_015899	ATC	4	166752	166762	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Wolffia australiana chloroplast