ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Ferrocalamus rimosivaginus plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015831	CAG	4	680	691	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	34003451
2	NC_015831	AAGT	3	786	796	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	34003451
3	NC_015831	TCTTT	3	2602	2616	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	34003451
4	NC_015831	A	17	3556	3572	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
5	NC_015831	TTTA	3	4495	4506	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_015831	CTT	4	4530	4541	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34003451
7	NC_015831	TCCT	3	4549	4560	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	34003451
8	NC_015831	TCTCT	3	4679	4692	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	34003451
9	NC_015831	TTCT	3	5138	5148	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34003451
10	NC_015831	TTAT	3	5858	5868	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_015831	TTTAA	3	5971	5984	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_015831	A	13	6147	6159	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_015831	TAA	4	6394	6404	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_015831	T	12	6626	6637	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015831	CTT	4	6797	6807	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
16	NC_015831	AGT	4	6911	6922	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_015831	TTGAC	3	6981	6995	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
18	NC_015831	GAA	4	9008	9019	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_015831	GAAA	3	10915	10926	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34003452
20	NC_015831	TTG	4	11320	11330	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	34003452
21	NC_015831	AG	6	12036	12046	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_015831	AAGT	3	12333	12343	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_015831	CGTAG	3	12933	12946	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
24	NC_015831	AATTA	3	13064	13078	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
25	NC_015831	CTTT	6	13257	13280	24	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
26	NC_015831	AATAG	3	13590	13604	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015831	AATCT	3	13862	13875	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
28	NC_015831	CCTT	3	14741	14752	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
29	NC_015831	AAGA	3	14897	14908	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_015831	A	14	15828	15841	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
31	NC_015831	T	12	15885	15896	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015831	TAT	4	16073	16083	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_015831	ATTT	3	16497	16507	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_015831	GTAT	3	17429	17439	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_015831	TAA	4	18150	18160	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_015831	ACTTCT	4	18250	18273	24	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	4 %	Non-Coding
37	NC_015831	ATAC	4	18315	18330	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
38	NC_015831	TAT	4	18850	18860	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_015831	TTTC	3	18912	18922	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
40	NC_015831	AAAT	3	18952	18963	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_015831	TAAGAA	3	19139	19155	17	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
42	NC_015831	AAAG	3	19419	19429	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_015831	ATCA	3	19606	19616	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
44	NC_015831	ATGA	3	19964	19975	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_015831	ATA	4	20913	20923	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_015831	CTA	4	21266	21277	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
47	NC_015831	ATT	4	21374	21384	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_015831	TTTC	3	22331	22343	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	34003452
49	NC_015831	AGA	4	22357	22368	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34003452
50	NC_015831	AAAAG	3	23126	23139	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	34003452
51	NC_015831	AAC	4	25003	25014	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	34003452
52	NC_015831	AAT	5	26691	26705	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	34003452
53	NC_015831	AGAA	3	26919	26930	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34003452
54	NC_015831	AT	6	27974	27984	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34003452
55	NC_015831	TTCA	3	29320	29330	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	34003452
56	NC_015831	AGAAAG	3	29547	29563	17	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	34003452
57	NC_015831	GAA	4	29845	29856	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34003452
58	NC_015831	ATTT	3	31468	31479	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_015831	ATTTTA	3	31517	31535	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
60	NC_015831	TTAA	3	31569	31580	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_015831	ATT	4	31639	31651	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
62	NC_015831	A	17	31722	31738	17	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015831	AGA	4	32128	32138	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	34003453
64	NC_015831	AT	6	32587	32597	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_015831	TA	6	32761	32771	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34003453
66	NC_015831	GTT	5	33321	33335	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	34003453
67	NC_015831	AT	6	33788	33798	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_015831	T	14	34268	34281	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015831	TGC	4	34313	34324	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	34003453
70	NC_015831	CTTT	3	34580	34590	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
71	NC_015831	A	13	35574	35586	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	34003453
72	NC_015831	A	12	35847	35858	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	34003453
73	NC_015831	AAAAG	3	35880	35893	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	34003453
74	NC_015831	TTTC	3	38219	38229	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
75	NC_015831	T	15	38236	38250	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
76	NC_015831	AAAAC	3	39031	39044	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
77	NC_015831	AAGA	3	41521	41532	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34003453
78	NC_015831	TG	6	42362	42372	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	34003453
79	NC_015831	CTAG	3	42464	42476	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	34003453
80	NC_015831	AAG	4	44459	44470	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34003453
81	NC_015831	ATCA	3	44502	44512	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	34003453
82	NC_015831	AGT	4	44861	44871	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	34003453
83	NC_015831	TCCT	3	44910	44921	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	34003453
84	NC_015831	TTTC	3	45014	45024	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34003453
85	NC_015831	A	22	45987	46008	22	100 %	0 %	0 %	0 %	9 %	34003453
86	NC_015831	TAT	4	46492	46502	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_015831	AAAG	3	46965	46975	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_015831	GGGGAA	3	47049	47067	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
89	NC_015831	TA	6	47878	47888	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_015831	ATCTTA	3	48149	48167	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
91	NC_015831	TTTTG	3	48523	48536	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_015831	A	13	48619	48631	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_015831	G	26	48679	48704	26	0 %	0 %	100 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_015831	TTGA	3	48948	48960	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_015831	C	12	49786	49797	12	0 %	0 %	0 %	100 %	8 %	Non-Coding
96	NC_015831	CTT	4	50098	50109	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
97	NC_015831	TATT	3	50227	50238	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015831	CAGA	3	50721	50731	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	34003454
99	NC_015831	T	14	51832	51845	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	34003454
100	NC_015831	ATT	5	53021	53035	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
101	NC_015831	TAGG	4	53893	53908	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
102	NC_015831	A	14	55936	55949	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
103	NC_015831	AATT	3	56035	56046	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_015831	AATA	4	58365	58381	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
105	NC_015831	T	12	59246	59257	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_015831	TTGAA	3	60475	60489	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
107	NC_015831	TCTT	3	61482	61493	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	34003454
108	NC_015831	ATTC	3	61656	61666	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
109	NC_015831	TTC	4	62641	62652	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34003454
110	NC_015831	TGTT	3	62834	62844	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_015831	TCT	4	63088	63098	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
112	NC_015831	ATA	4	65031	65041	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_015831	TTA	4	65511	65522	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_015831	TAAA	3	65717	65728	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_015831	TTGAA	3	65838	65852	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	34003455
116	NC_015831	AAAG	3	66441	66451	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_015831	CTATCT	3	66611	66628	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
118	NC_015831	T	12	67126	67137	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015831	TATT	3	67370	67380	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_015831	TTC	4	67426	67437	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
121	NC_015831	AAAT	3	67717	67728	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	34003455
122	NC_015831	AT	7	67855	67867	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
123	NC_015831	ATA	4	67873	67883	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_015831	AGAA	3	70734	70745	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	34003451
125	NC_015831	T	14	70766	70779	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	34003451
126	NC_015831	AAT	4	70822	70834	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	34003451
127	NC_015831	TTTA	3	74072	74083	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	34003451
128	NC_015831	A	17	74115	74131	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	34003451
129	NC_015831	GAAA	4	74183	74198	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	34003451
130	NC_015831	T	12	74317	74328	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	34003451
131	NC_015831	GAAA	3	75246	75257	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	34003451
132	NC_015831	TCTT	5	75931	75949	19	0 %	75 %	0 %	25 %	10 %	34003451
133	NC_015831	TTTC	3	76656	76666	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34003451
134	NC_015831	AGA	4	76687	76698	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34003451
135	NC_015831	TAT	4	77745	77755	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	34003451
136	NC_015831	AGAA	3	78614	78624	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	34003451
137	NC_015831	T	12	78954	78965	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	34003451
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184	NC_015831	CAAAA	3	131233	131246	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
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187	NC_015831	TGAA	3	136239	136250	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
188	NC_015831	CATT	3	139047	139057	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
189	NC_015831	ATTCT	3	139058	139071	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Ferrocalamus rimosivaginus plastid