ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Bambusa emeiensis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015830	CAG	5	684	698	15	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	34003443
2	NC_015830	AAGT	3	790	800	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	34003443
3	NC_015830	TTC	4	1797	1808	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34003443
4	NC_015830	TCTTT	3	2586	2600	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	34003443
5	NC_015830	TTTA	3	4482	4493	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_015830	CTT	4	4517	4528	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34003443
7	NC_015830	TCTCT	3	4666	4679	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	34003443
8	NC_015830	TTCT	3	5142	5152	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34003443
9	NC_015830	ATAA	3	5390	5400	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	34003443
10	NC_015830	AATTT	3	5974	5987	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_015830	TAA	4	6389	6399	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_015830	TTGAC	3	6500	6514	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
13	NC_015830	GAAA	3	10465	10476	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34003443
14	NC_015830	TTG	4	10870	10880	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	34003443
15	NC_015830	AG	6	11586	11596	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_015830	TA	6	11781	11791	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_015830	CGTAG	3	12474	12487	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
18	NC_015830	AATCT	3	13426	13439	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
19	NC_015830	CCTT	3	14306	14317	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
20	NC_015830	AAGA	3	14458	14469	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_015830	TAGG	3	14852	14863	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_015830	AAAG	3	15302	15312	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_015830	AATAT	3	15474	15488	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015830	TAC	4	15569	15579	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
25	NC_015830	TAT	4	15615	15625	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_015830	ATTT	3	16033	16043	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_015830	CTTT	3	16050	16061	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
28	NC_015830	GTAT	3	16956	16966	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_015830	TTTC	3	17296	17306	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
30	NC_015830	ATAC	3	17333	17345	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
31	NC_015830	TATT	3	17475	17486	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_015830	TAA	4	17683	17693	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_015830	ACTTCT	3	17779	17796	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
34	NC_015830	ATAC	4	17838	17853	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
35	NC_015830	TAT	4	18442	18452	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_015830	TTTC	3	18504	18514	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
37	NC_015830	AAAT	3	18544	18555	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_015830	AAAG	3	18623	18634	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_015830	AAAG	3	18927	18938	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015830	ATCA	3	19166	19176	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
41	NC_015830	ATGA	3	19528	19539	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_015830	ATA	4	20473	20483	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_015830	CTA	4	20814	20825	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
44	NC_015830	ATT	4	20916	20926	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_015830	AGA	4	21889	21900	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34003444
46	NC_015830	AAAAG	3	22658	22671	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	34003444
47	NC_015830	AAC	4	24542	24553	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	34003444
48	NC_015830	AAT	5	26230	26244	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	34003444
49	NC_015830	AGAA	3	26458	26469	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34003444
50	NC_015830	TTCA	3	29243	29253	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	34003444
51	NC_015830	AGAAAG	3	29470	29486	17	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	34003444
52	NC_015830	GAA	4	29768	29779	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34003444
53	NC_015830	ATTTTA	3	31447	31465	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
54	NC_015830	TTAA	3	31484	31495	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_015830	ATT	4	31554	31566	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
56	NC_015830	GAAAA	3	31632	31646	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
57	NC_015830	AGA	4	32038	32048	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	34003444
58	NC_015830	AT	6	32497	32507	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_015830	GTT	5	33231	33245	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	34003444
60	NC_015830	AT	6	33701	33711	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_015830	TGC	4	34206	34217	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	34003444
62	NC_015830	CTTT	3	34473	34483	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
63	NC_015830	A	12	35471	35482	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	34003444
64	NC_015830	AAAG	3	35784	35795	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34003444
65	NC_015830	TAG	5	37934	37948	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
66	NC_015830	TTTC	3	38130	38140	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
67	NC_015830	T	12	38147	38158	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_015830	CAAA	3	38934	38945	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
69	NC_015830	TG	6	42272	42282	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	34003445
70	NC_015830	CTAG	3	42374	42386	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	34003445
71	NC_015830	AAG	4	44359	44370	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34003445
72	NC_015830	ATCA	3	44402	44412	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	34003445
73	NC_015830	AGT	4	44761	44771	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	34003445
74	NC_015830	TCCT	3	44810	44821	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	34003445
75	NC_015830	T	13	44908	44920	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	34003445
76	NC_015830	A	13	45888	45900	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	34003445
77	NC_015830	TTCA	3	46067	46078	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
78	NC_015830	TA	6	47770	47780	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_015830	ATCTTA	3	48041	48059	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
80	NC_015830	TTTTG	3	48405	48419	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
81	NC_015830	TTGA	3	48816	48828	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_015830	A	12	49836	49847	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015830	CTT	4	49967	49978	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
84	NC_015830	TATT	3	50096	50107	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015830	CAGA	3	50589	50599	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	34003445
86	NC_015830	T	14	51700	51713	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	34003445
87	NC_015830	TAGG	4	53933	53948	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
88	NC_015830	AATT	3	56077	56088	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_015830	AATA	4	58407	58423	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
90	NC_015830	TATT	4	58433	58449	17	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
91	NC_015830	TTGAA	3	60467	60481	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
92	NC_015830	T	14	60670	60683	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_015830	ATTC	3	61694	61704	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
94	NC_015830	TTC	4	62679	62690	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34003446
95	NC_015830	TCT	4	63111	63121	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
96	NC_015830	GAAA	3	65091	65102	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015830	TTA	4	65517	65528	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_015830	TAAA	3	65723	65734	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_015830	TTGAA	3	65844	65858	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	34003446
100	NC_015830	AAAG	3	66446	66456	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_015830	TTC	5	67418	67432	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
102	NC_015830	AAAT	3	67693	67704	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	34003447
103	NC_015830	AT	7	67831	67843	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
104	NC_015830	AGAA	3	70712	70723	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	34003451
105	NC_015830	T	13	70740	70752	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	34003451
106	NC_015830	AAAG	3	70849	70859	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	34003451
107	NC_015830	T	12	73860	73871	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	34003451
108	NC_015830	TTTA	3	74063	74074	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	34003451
109	NC_015830	A	15	74111	74125	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	34003451
110	NC_015830	CAT	4	74218	74229	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	34003451
111	NC_015830	AT	6	75102	75112	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34003451
112	NC_015830	TCTT	5	75913	75931	19	0 %	75 %	0 %	25 %	10 %	34003451
113	NC_015830	T	13	76642	76654	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	34003451
114	NC_015830	TAT	4	77725	77735	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	34003451
115	NC_015830	ATT	4	78304	78314	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	34003451
116	NC_015830	A	17	78588	78604	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	34003451
117	NC_015830	T	12	78913	78924	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	34003451
118	NC_015830	T	12	78931	78942	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	34003451
119	NC_015830	T	16	79522	79537	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	34003451
120	NC_015830	TCT	4	81651	81662	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34003451
121	NC_015830	TTC	4	82912	82926	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	34003451
122	NC_015830	TTTG	4	82989	83004	16	0 %	75 %	25 %	0 %	6 %	34003451
123	NC_015830	AGAAT	3	83392	83405	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	34003451
124	NC_015830	AATG	3	83406	83416	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	34003451
125	NC_015830	TTC	4	84021	84031	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	34003451
126	NC_015830	TA	6	87304	87315	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34003451
127	NC_015830	TCAAAA	4	88348	88371	24	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	34003451
128	NC_015830	ATA	4	90672	90682	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	34003451
129	NC_015830	TTTGTT	3	91591	91609	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	34003451
130	NC_015830	TTCT	3	91730	91740	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34003451
131	NC_015830	TAC	4	92488	92499	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	34003451
132	NC_015830	AAAC	3	96622	96634	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	34003449
133	NC_015830	ATCC	3	96756	96767	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	34003449
134	NC_015830	CTAT	3	97144	97155	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
135	NC_015830	ACGG	3	100014	100025	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
136	NC_015830	AGGT	3	100298	100309	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
137	NC_015830	AACG	3	101623	101634	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015830	AAAG	4	102960	102975	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
139	NC_015830	GAAT	3	104568	104578	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
140	NC_015830	AAGG	3	104580	104591	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
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144	NC_015830	T	16	107613	107628	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
145	NC_015830	AT	7	107732	107745	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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153	NC_015830	CTTA	3	121054	121064	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
154	NC_015830	CCGT	3	122457	122468	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
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158	NC_015830	AAGA	3	128646	128656	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
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164	NC_015830	CATT	3	139066	139076	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
165	NC_015830	ATTCT	3	139077	139090	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
166	NC_015830	ACAA	4	139477	139492	16	75 %	0 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Bambusa emeiensis chloroplast