ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Phyllostachys nigra var. henonis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015826	CAG	4	680	691	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	34003434
2	NC_015826	AAGT	3	786	796	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	34003434
3	NC_015826	TCTTT	3	2602	2616	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	34003434
4	NC_015826	A	21	3555	3575	21	100 %	0 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
5	NC_015826	TTTA	3	4498	4509	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_015826	CTT	4	4533	4544	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34003434
7	NC_015826	TCTCT	3	4682	4695	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	34003434
8	NC_015826	TTCT	3	5141	5151	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34003434
9	NC_015826	TTAT	3	5866	5876	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_015826	TTTAA	3	5979	5992	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_015826	A	14	6148	6161	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_015826	TAA	4	6389	6399	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_015826	CTT	4	6792	6802	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
14	NC_015826	AGT	4	6906	6917	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_015826	TTGAC	3	6976	6990	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
16	NC_015826	GAA	4	9002	9013	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_015826	AAAT	3	9306	9316	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_015826	GAAA	3	10912	10923	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34003435
19	NC_015826	TTG	4	11317	11327	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	34003435
20	NC_015826	AG	6	12034	12044	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_015826	AAGT	3	12327	12337	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_015826	CGTAG	3	12920	12933	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
23	NC_015826	CTTT	6	13243	13266	24	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
24	NC_015826	AATCT	3	13839	13852	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
25	NC_015826	CCTT	3	14719	14730	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
26	NC_015826	AAGA	3	14875	14886	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_015826	TAA	4	15996	16007	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_015826	TAT	4	16037	16047	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_015826	ATTT	3	16461	16471	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_015826	GTAT	3	17393	17403	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_015826	T	12	17714	17725	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015826	TGAAT	3	17915	17929	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
33	NC_015826	TAA	4	18113	18123	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_015826	ACTTCT	3	18213	18230	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
35	NC_015826	ATAC	4	18272	18287	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
36	NC_015826	TAT	4	18807	18817	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_015826	TTTC	3	18869	18879	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
38	NC_015826	AAAT	3	18909	18920	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_015826	TAAGAA	3	19081	19097	17	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
40	NC_015826	AAAG	3	19361	19371	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_015826	ATCA	3	19548	19558	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
42	NC_015826	ATGA	3	19906	19917	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_015826	ATA	4	20858	20868	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_015826	CTA	4	21199	21210	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
45	NC_015826	ATT	4	21307	21317	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_015826	TTTC	3	22264	22276	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	34003435
47	NC_015826	AGA	4	22290	22301	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34003435
48	NC_015826	AAAAG	3	23059	23072	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	34003435
49	NC_015826	AAC	4	24936	24947	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	34003435
50	NC_015826	AAT	5	26624	26638	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	34003435
51	NC_015826	AGAA	3	26852	26863	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34003435
52	NC_015826	AT	6	27923	27933	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34003435
53	NC_015826	TTCA	3	29593	29603	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	34003435
54	NC_015826	AGAAAG	3	29820	29836	17	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	34003435
55	NC_015826	GAA	4	30118	30129	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34003435
56	NC_015826	ATTT	3	31731	31742	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_015826	ATTTTA	3	31780	31798	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
58	NC_015826	TTAA	3	31822	31833	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_015826	ATT	4	31892	31904	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_015826	A	14	31935	31948	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
61	NC_015826	A	17	31976	31992	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
62	NC_015826	AGA	4	32382	32392	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	34003435
63	NC_015826	AT	6	32841	32851	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_015826	GTT	5	33575	33589	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	34003436
65	NC_015826	AT	6	34042	34052	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_015826	TGC	4	34548	34559	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	34003436
67	NC_015826	CTTT	3	34815	34825	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
68	NC_015826	A	13	35839	35851	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	34003436
69	NC_015826	AAAAG	3	36112	36125	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	34003436
70	NC_015826	AAAT	3	36621	36632	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	34003436
71	NC_015826	TTTC	3	38451	38461	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
72	NC_015826	AAAAC	3	39262	39275	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
73	NC_015826	AAGA	3	41752	41763	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	34003436
74	NC_015826	TG	6	42593	42603	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	34003436
75	NC_015826	CTAG	3	42695	42707	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	34003436
76	NC_015826	T	13	44062	44074	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015826	AAG	4	44688	44699	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34003436
78	NC_015826	ATCA	3	44731	44741	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	34003436
79	NC_015826	AGT	4	45097	45107	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	34003436
80	NC_015826	TCCT	3	45146	45157	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	34003436
81	NC_015826	TTTC	3	45250	45260	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34003436
82	NC_015826	TAG	4	45999	46009	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	34003436
83	NC_015826	A	28	46228	46255	28	100 %	0 %	0 %	0 %	3 %	34003436
84	NC_015826	TAT	4	46739	46749	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_015826	AAAG	3	47212	47222	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_015826	GGGGAA	3	47296	47314	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
87	NC_015826	TA	6	48125	48135	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_015826	ATCTTA	3	48404	48422	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
89	NC_015826	TTTTG	3	48771	48784	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_015826	A	15	48867	48881	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
91	NC_015826	TTGA	3	49192	49204	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_015826	CTT	4	50336	50347	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
93	NC_015826	TATT	3	50465	50476	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015826	CAGA	3	50959	50969	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	34003436
95	NC_015826	T	14	52070	52083	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	34003437
96	NC_015826	TAGG	4	54134	54149	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
97	NC_015826	AATT	3	56271	56282	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_015826	AATA	4	58601	58617	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
99	NC_015826	TTGAA	3	60755	60769	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
100	NC_015826	T	13	60914	60926	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_015826	TCTT	3	61763	61774	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	34003437
102	NC_015826	ATTC	3	61937	61947	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
103	NC_015826	TTC	4	62922	62933	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34003437
104	NC_015826	TGTT	3	63115	63125	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_015826	TCT	4	63349	63359	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
106	NC_015826	ATA	4	65285	65295	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_015826	TTA	4	65764	65775	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_015826	TAAA	3	65970	65981	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_015826	TTGAA	3	66091	66105	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	34003438
110	NC_015826	AAAG	3	66694	66704	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_015826	CGTT	3	67043	67054	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
112	NC_015826	TATT	3	67617	67627	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_015826	TTC	4	67673	67684	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
114	NC_015826	AAAT	3	67945	67956	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	34003438
115	NC_015826	AT	7	68083	68095	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
116	NC_015826	ATA	4	68101	68111	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_015826	AGAA	3	70965	70976	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	34003442
118	NC_015826	T	13	70997	71009	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	34003442
119	NC_015826	TTTA	3	74295	74306	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	34003442
120	NC_015826	A	18	74338	74355	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	34003442
121	NC_015826	GAAA	4	74407	74422	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	34003442
122	NC_015826	T	12	74541	74552	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	34003442
123	NC_015826	TCTT	5	76150	76168	19	0 %	75 %	0 %	25 %	10 %	34003442
124	NC_015826	TTTC	3	76875	76885	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34003442
125	NC_015826	AGA	4	76906	76917	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34003442
126	NC_015826	TAT	4	77964	77974	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	34003442
127	NC_015826	AGAA	3	78833	78843	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	34003442
128	NC_015826	T	12	79137	79148	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	34003442
129	NC_015826	T	12	79155	79166	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	34003442
130	NC_015826	TTTTC	3	79740	79754	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	34003442
131	NC_015826	TTC	4	81497	81509	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	34003442
132	NC_015826	TCT	4	83148	83161	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	34003442
133	NC_015826	T	15	83240	83254	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	34003442
134	NC_015826	AGAAT	3	83633	83646	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	34003442
135	NC_015826	AATG	3	83647	83657	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	34003442
136	NC_015826	TTC	4	84262	84272	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	34003442
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138	NC_015826	TCAAAA	4	88595	88618	24	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	34003442
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151	NC_015826	AAGG	3	104897	104908	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
152	NC_015826	AAAG	3	105229	105239	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	34003441
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159	NC_015826	TAT	5	112895	112908	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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166	NC_015826	AAAT	3	118593	118603	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
167	NC_015826	CTTT	4	119791	119806	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
168	NC_015826	TCGT	3	121131	121142	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
169	NC_015826	CTTA	3	121338	121348	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
170	NC_015826	CCGT	3	122806	122817	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
171	NC_015826	AGGA	3	125840	125851	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	34003442
172	NC_015826	GGAT	3	126064	126075	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	34003442
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176	NC_015826	GAAAA	3	131646	131661	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
177	NC_015826	TTTTGA	4	134456	134479	24	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
178	NC_015826	TGAA	3	136609	136620	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
179	NC_015826	CATT	3	139417	139427	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
180	NC_015826	ATTCT	3	139428	139441	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
181	NC_015826	A	14	139825	139838	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Phyllostachys nigra var. henonis chloroplast