ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Indocalamus longiauritus plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015803	CAG	4	680	691	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	33990643
2	NC_015803	AAGT	3	786	796	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33990643
3	NC_015803	TCTTT	3	2602	2616	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	33990643
4	NC_015803	A	22	3556	3577	22	100 %	0 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
5	NC_015803	TTTA	3	4500	4511	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_015803	CTT	4	4535	4546	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33990643
7	NC_015803	TCTCT	3	4684	4697	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	33990643
8	NC_015803	TTCT	3	5143	5153	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	33990643
9	NC_015803	TTAT	3	5868	5878	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_015803	TTTAA	3	5981	5994	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_015803	A	12	6150	6161	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_015803	TAA	4	6389	6399	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_015803	CTT	4	6792	6802	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
14	NC_015803	AGT	4	6906	6917	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_015803	TTGAC	3	6976	6990	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
16	NC_015803	GAA	4	9008	9019	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_015803	AAAT	3	9311	9321	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_015803	GAAA	3	10917	10928	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	33990643
19	NC_015803	TTG	4	11322	11332	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	33990643
20	NC_015803	AG	6	12039	12049	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_015803	CGTAG	3	12925	12938	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
22	NC_015803	CTTT	6	13248	13271	24	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
23	NC_015803	AATCT	3	13844	13857	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
24	NC_015803	CCTT	3	14724	14735	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
25	NC_015803	AAGA	3	14880	14891	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_015803	TAA	4	15996	16007	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_015803	TAT	4	16037	16047	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_015803	ATTT	3	16461	16471	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_015803	GTAT	3	17383	17393	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_015803	TGAAT	3	17903	17917	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
31	NC_015803	TAA	4	18101	18111	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_015803	ACTTCT	3	18201	18218	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
33	NC_015803	ATAC	4	18260	18275	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
34	NC_015803	TAT	4	18795	18805	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_015803	TTTC	3	18857	18867	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
36	NC_015803	AAAT	3	18897	18908	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_015803	TAAGAA	3	19070	19086	17	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
38	NC_015803	AAAG	3	19350	19360	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_015803	ATCA	3	19537	19547	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
40	NC_015803	ATGA	3	19895	19906	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_015803	ATA	4	20846	20856	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_015803	CTA	4	21187	21198	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
43	NC_015803	ATT	4	21295	21305	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_015803	TTTC	3	22252	22264	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	33990651
45	NC_015803	AGA	4	22278	22289	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33990651
46	NC_015803	AAAAG	3	23047	23060	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	33990651
47	NC_015803	AAC	4	24924	24935	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	33990644
48	NC_015803	AAT	5	26612	26626	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	33990644
49	NC_015803	AGAA	3	26840	26851	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	33990644
50	NC_015803	AT	6	27911	27921	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	33990644
51	NC_015803	TTCA	3	29647	29657	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	33990644
52	NC_015803	AGAAAG	3	29874	29890	17	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	33990644
53	NC_015803	GAA	4	30172	30183	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33990644
54	NC_015803	ATTT	3	31785	31796	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_015803	ATTTTA	3	31834	31852	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
56	NC_015803	TTAA	3	31876	31887	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_015803	ATT	4	31946	31958	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_015803	A	15	31989	32003	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
59	NC_015803	GAAAA	3	32030	32044	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
60	NC_015803	AGA	4	32436	32446	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	33990644
61	NC_015803	AT	6	32895	32905	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_015803	TA	6	33069	33079	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	33990644
63	NC_015803	GTT	5	33629	33643	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	33990644
64	NC_015803	AT	6	34096	34106	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_015803	TGC	4	34633	34644	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	33990644
66	NC_015803	CTTT	3	34900	34910	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
67	NC_015803	AAAAG	3	36196	36209	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	33990644
68	NC_015803	TTTC	3	38535	38545	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
69	NC_015803	AAAAC	3	39346	39359	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
70	NC_015803	AAGA	3	41836	41847	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	33990645
71	NC_015803	TG	6	42677	42687	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	33990645
72	NC_015803	CTAG	3	42779	42791	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	33990645
73	NC_015803	T	22	44144	44165	22	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
74	NC_015803	AAG	4	44779	44790	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33990645
75	NC_015803	ATCA	3	44822	44832	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	33990645
76	NC_015803	AGT	4	45188	45198	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	33990645
77	NC_015803	TCCT	3	45237	45248	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	33990645
78	NC_015803	T	13	45335	45347	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	33990645
79	NC_015803	TAG	4	46091	46101	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	33990645
80	NC_015803	A	21	46320	46340	21	100 %	0 %	0 %	0 %	4 %	33990645
81	NC_015803	TAT	4	46824	46834	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_015803	AAAG	3	47297	47307	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_015803	GGGGAA	3	47381	47399	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
84	NC_015803	TA	6	48210	48220	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_015803	ATCTTA	3	48489	48507	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
86	NC_015803	TTTTG	3	48856	48869	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_015803	A	13	48952	48964	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_015803	G	18	49015	49032	18	0 %	0 %	100 %	0 %	5 %	Non-Coding
89	NC_015803	TTGA	3	49276	49288	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_015803	CTT	4	50421	50432	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
91	NC_015803	TATT	3	50550	50561	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015803	CAGA	3	51044	51054	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	33990645
93	NC_015803	T	14	52155	52168	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	33990645
94	NC_015803	TAGG	4	54219	54234	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
95	NC_015803	AATT	3	56356	56367	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_015803	AATA	4	58686	58702	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
97	NC_015803	TTGAA	3	60793	60807	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
98	NC_015803	T	13	60952	60964	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_015803	TCTT	3	61801	61812	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	33990646
100	NC_015803	ATTC	3	61975	61985	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
101	NC_015803	TTC	4	62960	62971	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33990646
102	NC_015803	TGTT	3	63153	63163	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_015803	TCT	4	63387	63397	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
104	NC_015803	ATA	4	65323	65333	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_015803	TTA	4	65802	65813	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_015803	TAAA	3	66008	66019	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_015803	TTGAA	3	66129	66143	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	33990646
108	NC_015803	AAAG	3	66732	66742	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_015803	CGTT	3	67081	67092	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
110	NC_015803	TATT	3	67655	67665	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_015803	TTC	4	67711	67722	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
112	NC_015803	AAAT	3	67983	67994	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	33990647
113	NC_015803	AT	7	68121	68133	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
114	NC_015803	ATA	4	68139	68149	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_015803	AGAA	3	71002	71013	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	33990648
116	NC_015803	T	15	71034	71048	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	33990648
117	NC_015803	TTTA	3	74334	74345	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	33990648
118	NC_015803	A	19	74377	74395	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	33990648
119	NC_015803	GAAA	4	74447	74462	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	33990648
120	NC_015803	T	12	74581	74592	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	33990648
121	NC_015803	TCTT	5	76190	76208	19	0 %	75 %	0 %	25 %	10 %	33990648
122	NC_015803	TTTC	3	76915	76925	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	33990648
123	NC_015803	AGA	4	76946	76957	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33990648
124	NC_015803	TAT	4	78004	78014	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	33990648
125	NC_015803	AGAA	3	78873	78883	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	33990648
126	NC_015803	T	12	79177	79188	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	33990648
127	NC_015803	T	12	79195	79206	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	33990648
128	NC_015803	TTTTC	3	79780	79794	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	33990648
129	NC_015803	TTC	4	81536	81548	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	33990648
130	NC_015803	TCT	4	83187	83200	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	33990648
131	NC_015803	T	15	83279	83293	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	33990648
132	NC_015803	AGAAT	3	83672	83685	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	33990648
133	NC_015803	AATG	3	83686	83696	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33990648
134	NC_015803	TTC	4	84301	84311	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	33990648
135	NC_015803	TA	6	87590	87601	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	33990648
136	NC_015803	TCAAAA	4	88634	88657	24	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	33990648
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167	NC_015803	CTTA	3	121238	121248	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
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178	NC_015803	ATTCT	3	139257	139270	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
179	NC_015803	A	14	139654	139667	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Indocalamus longiauritus plastid