ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Olea europaea subsp. maroccana chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015623	TCAA	4	324	338	15	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
2	NC_015623	CTTT	3	359	370	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
3	NC_015623	AGT	4	422	433	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_015623	AAGT	3	1244	1254	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33470186
5	NC_015623	CCAAT	3	1734	1748	15	40 %	20 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015623	AAG	4	3032	3043	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33470186
7	NC_015623	GAA	4	3062	3073	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33470186
8	NC_015623	CATT	3	4149	4160	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
9	NC_015623	AG	7	4639	4652	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_015623	T	12	4883	4894	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015623	A	12	5009	5020	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_015623	TGAAA	3	5111	5124	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_015623	GTT	4	5162	5172	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_015623	AAAT	3	5237	5248	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_015623	TA	6	6348	6359	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	33470187
16	NC_015623	TA	6	6555	6565	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_015623	T	12	6819	6830	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015623	AAAT	3	6852	6863	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_015623	AT	6	7384	7395	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_015623	TA	6	8884	8894	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_015623	TAAA	3	9314	9329	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_015623	A	15	9587	9601	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_015623	GATTT	3	9713	9726	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_015623	CAA	4	9781	9792	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
25	NC_015623	TTTA	3	9958	9969	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_015623	A	19	12798	12816	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
27	NC_015623	T	12	13362	13373	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	33470187
28	NC_015623	AAAT	3	13465	13475	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	33470187
29	NC_015623	TTTCT	3	13497	13510	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	33470187
30	NC_015623	T	12	14161	14172	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_015623	ATTT	3	15399	15409	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_015623	TATT	3	16710	16722	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_015623	TGTT	3	17058	17068	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	33470187
34	NC_015623	A	19	17463	17481	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
35	NC_015623	T	16	17771	17786	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	33470187
36	NC_015623	T	12	19281	19292	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	33470187
37	NC_015623	T	13	19680	19692	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	33470187
38	NC_015623	T	12	20218	20229	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	33470187
39	NC_015623	GAAT	3	23877	23887	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33470187
40	NC_015623	CCTA	3	25683	25693	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	33470188
41	NC_015623	ATCAA	3	29084	29098	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
42	NC_015623	CAA	4	29807	29818	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
43	NC_015623	TGAATT	3	31283	31301	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
44	NC_015623	A	12	31803	31814	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_015623	A	16	32693	32708	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
46	NC_015623	GTAT	3	32999	33011	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_015623	ATGA	3	33475	33485	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_015623	T	14	33669	33682	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_015623	TTCT	3	34018	34029	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
50	NC_015623	A	13	34161	34173	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015623	GAAA	3	36087	36098	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	33470188
52	NC_015623	TTG	4	36492	36502	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	33470188
53	NC_015623	TTC	4	36937	36948	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33470188
54	NC_015623	CTTTTT	3	37149	37166	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
55	NC_015623	T	14	37156	37169	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015623	AG	6	37295	37305	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_015623	TA	6	37501	37511	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_015623	TC	6	37903	37913	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	33470188
59	NC_015623	TAA	4	38102	38112	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_015623	TA	9	38163	38179	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
61	NC_015623	GAAT	3	39780	39790	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33470188
62	NC_015623	GAT	4	40475	40486	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	33470188
63	NC_015623	GCA	4	42374	42385	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	33470188
64	NC_015623	ATTT	3	43696	43707	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_015623	AATTTA	3	44020	44037	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
66	NC_015623	TAA	4	44067	44077	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_015623	A	12	44089	44100	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015623	A	15	46132	46146	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	33470188
69	NC_015623	A	13	46377	46389	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_015623	GTA	4	46453	46463	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_015623	GTT	4	46664	46674	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_015623	T	15	48109	48123	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
73	NC_015623	CTAAA	4	48135	48155	21	60 %	20 %	0 %	20 %	9 %	Non-Coding
74	NC_015623	TAT	4	48233	48245	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_015623	CATA	3	50201	50211	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
76	NC_015623	CTTT	3	50450	50462	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
77	NC_015623	TTA	4	52828	52839	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_015623	TA	6	52844	52854	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_015623	AGA	4	53048	53059	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_015623	TTA	4	53635	53646	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_015623	TAAA	3	53904	53914	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_015623	TTTTA	3	54563	54576	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_015623	ATA	4	56580	56590	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33470189
84	NC_015623	TATT	3	56950	56960	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_015623	TGCA	3	58251	58263	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	33470189
86	NC_015623	GTTA	4	59149	59163	15	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_015623	TTA	4	59346	59358	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_015623	TAGA	3	61499	61510	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_015623	TAA	4	61545	61557	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_015623	TGAA	3	62777	62787	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_015623	GAAA	3	63015	63026	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015623	T	13	63031	63043	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015623	AT	6	64633	64643	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	33470190
94	NC_015623	TATAA	4	66024	66043	20	60 %	40 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
95	NC_015623	A	12	66060	66071	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_015623	AT	6	66200	66210	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_015623	TTTC	3	67494	67505	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
98	NC_015623	A	13	67893	67905	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_015623	T	15	68695	68709	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
100	NC_015623	AT	6	69114	69124	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_015623	ATA	4	69399	69410	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_015623	TA	7	69424	69436	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
103	NC_015623	GAAA	3	70441	70452	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	33470190
104	NC_015623	TAAAC	3	70597	70611	15	60 %	20 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015623	TTG	4	70988	70998	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_015623	TGAA	3	71562	71573	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_015623	TTTC	3	71596	71608	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
108	NC_015623	A	14	73352	73365	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	33470191
109	NC_015623	TTTCA	3	74213	74227	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	33470191
110	NC_015623	ATT	4	74710	74720	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_015623	AATAG	4	74962	74980	19	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
112	NC_015623	GGTT	3	76112	76123	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	33470191
113	NC_015623	TCT	4	76483	76494	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33470191
114	NC_015623	CAAA	5	76757	76775	19	75 %	0 %	0 %	25 %	10 %	Non-Coding
115	NC_015623	A	17	77778	77794	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	33470191
116	NC_015623	T	13	78110	78122	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	33470191
117	NC_015623	AT	6	79698	79708	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	33470191
118	NC_015623	A	15	80465	80479	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
119	NC_015623	T	17	80716	80732	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	33470191
120	NC_015623	T	13	83126	83138	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015623	AGAATT	3	85064	85082	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
122	NC_015623	TTC	4	85168	85179	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33470192
123	NC_015623	CAAT	3	85241	85251	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	33470192
124	NC_015623	TTTC	3	86265	86275	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	33470192
125	NC_015623	A	12	86329	86340	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_015623	T	16	86632	86647	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
127	NC_015623	GAT	4	87201	87211	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	33470192
128	NC_015623	GAT	4	88583	88593	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
129	NC_015623	ATCG	3	91038	91050	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	33470193
130	NC_015623	GAT	4	91613	91624	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	33470193
131	NC_015623	TGA	4	93307	93318	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	33470193
132	NC_015623	AATA	3	94172	94184	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	33470193
133	NC_015623	TATG	3	96571	96582	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
134	NC_015623	TCCGG	3	96801	96815	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
135	NC_015623	TTTCG	3	99360	99373	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
136	NC_015623	TTTGTT	3	99752	99770	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	33470193
137	NC_015623	TTC	4	101146	101157	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
138	NC_015623	ATTTTT	3	101158	101176	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
139	NC_015623	ATTAGT	4	101690	101711	22	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	9 %	Non-Coding
140	NC_015623	ATCC	3	104757	104768	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
141	NC_015623	TCTA	3	105152	105163	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
142	NC_015623	AAGG	3	105290	105300	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
143	NC_015623	GAGG	3	108011	108022	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
144	NC_015623	AGGT	3	108224	108235	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
145	NC_015623	TAAG	3	109344	109354	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
146	NC_015623	ATTT	3	110406	110416	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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154	NC_015623	AGA	4	117328	117339	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
155	NC_015623	T	15	117397	117411	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
156	NC_015623	AAAT	3	120590	120601	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
157	NC_015623	AATTG	3	120667	120681	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
158	NC_015623	TCTA	3	122427	122438	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	33470194
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162	NC_015623	TTTG	3	126442	126453	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	33470194
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172	NC_015623	CTTA	3	133166	133176	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
173	NC_015623	CCTT	3	137220	137230	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
174	NC_015623	GGAT	3	137752	137763	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
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176	NC_015623	AAAAAT	3	141344	141362	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
177	NC_015623	GAA	4	141363	141374	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
178	NC_015623	ACCGG	3	145704	145718	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
179	NC_015623	CATAC	3	146662	146675	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	33470194
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181	NC_015623	TGAT	3	149347	149359	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	33470195
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187	NC_015623	ACAAAA	3	155871	155888	18	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Olea europaea subsp. maroccana chloroplast