ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Ageratina adenophora chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015621	TCT	4	819	829	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	33470178
2	NC_015621	AAGT	3	1189	1199	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33470178
3	NC_015621	AAAG	3	1700	1711	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_015621	TAAA	3	1812	1823	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_015621	TAC	4	1943	1955	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
6	NC_015621	AGAA	3	1967	1979	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_015621	T	35	1980	2014	35	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
8	NC_015621	ATT	4	2016	2028	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_015621	TTC	4	2204	2215	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33470178
10	NC_015621	GAA	4	3009	3020	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33470178
11	NC_015621	AAATA	3	4454	4467	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_015621	AAAT	3	4521	4531	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_015621	GATA	3	5068	5079	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_015621	TCTCT	3	5362	5375	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	33470178
15	NC_015621	ACA	4	6152	6163	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	33470178
16	NC_015621	TCTT	3	6419	6429	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
17	NC_015621	GAAA	3	6598	6608	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_015621	TTCT	3	7854	7864	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	33470178
19	NC_015621	TTCT	3	11110	11122	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
20	NC_015621	CTT	4	12627	12638	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
21	NC_015621	T	22	12760	12781	22	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015621	A	12	13449	13460	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	33470178
23	NC_015621	GGA	4	16711	16722	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	33470179
24	NC_015621	GAA	4	16758	16768	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	33470179
25	NC_015621	AAAG	3	17585	17596	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	33470179
26	NC_015621	TTA	4	17705	17716	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33470179
27	NC_015621	GAAT	3	17792	17802	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33470179
28	NC_015621	TA	6	18728	18739	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	33470179
29	NC_015621	AT	6	19682	19693	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	33470179
30	NC_015621	AACA	3	23704	23714	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	33470179
31	NC_015621	ACTT	3	24376	24386	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	33470179
32	NC_015621	GTT	5	24860	24874	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	33470179
33	NC_015621	T	25	28198	28222	25	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
34	NC_015621	TGT	4	28458	28469	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	33470179
35	NC_015621	ATAA	4	30020	30036	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
36	NC_015621	TAAA	3	30853	30865	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
37	NC_015621	TA	6	30972	30982	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_015621	TTTG	4	31169	31184	16	0 %	75 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
39	NC_015621	TTATTG	3	31826	31844	19	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
40	NC_015621	TAA	4	32131	32142	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_015621	AATT	3	32158	32169	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_015621	AAAG	3	32198	32209	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015621	GAAA	3	33808	33819	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	33470179
44	NC_015621	GAG	4	33928	33938	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	33470179
45	NC_015621	TTC	4	34658	34669	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	33470179
46	NC_015621	AG	6	34998	35008	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_015621	TGTA	3	35329	35339	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_015621	TC	6	35589	35599	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	33470179
49	NC_015621	CTT	4	35741	35752	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
50	NC_015621	AT	8	35846	35860	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
51	NC_015621	TAAAAT	3	36012	36030	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
52	NC_015621	GATC	3	36360	36370	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
53	NC_015621	ATG	4	38211	38221	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	33470180
54	NC_015621	AATG	3	39704	39715	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	33470180
55	NC_015621	GCA	4	40109	40120	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	33470180
56	NC_015621	A	33	41796	41828	33	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
57	NC_015621	TTTAT	3	42426	42441	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	33470180
58	NC_015621	TTTCT	3	42822	42835	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	33470180
59	NC_015621	CTTT	3	42922	42932	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	33470180
60	NC_015621	ATTTT	3	43768	43781	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	33470180
61	NC_015621	GTAA	3	43860	43870	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33470180
62	NC_015621	AGA	4	44627	44638	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_015621	TTA	4	45265	45276	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_015621	TATT	3	45929	45940	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_015621	TTGA	3	46631	46643	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_015621	ATTTT	3	47993	48007	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
67	NC_015621	TAAT	3	48697	48708	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	33470180
68	NC_015621	TA	6	50192	50202	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_015621	TTTA	3	50239	50249	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_015621	TTC	4	51305	51315	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
71	NC_015621	TAG	4	53769	53780	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	33470180
72	NC_015621	TA	6	54168	54178	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_015621	ATCA	3	54627	54637	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
74	NC_015621	GGATAA	3	56226	56243	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	0 %	33470181
75	NC_015621	TA	6	56355	56366	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_015621	TGAT	3	58481	58491	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_015621	TACTTA	3	58854	58871	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
78	NC_015621	TAA	5	58880	58895	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
79	NC_015621	TA	6	58934	58944	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_015621	ATA	5	60271	60284	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_015621	ATTG	3	61413	61423	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	33470181
82	NC_015621	ATAA	3	62865	62875	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_015621	TTTGTT	3	63001	63018	18	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
84	NC_015621	TTTG	3	63927	63938	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	33470181
85	NC_015621	AAGA	3	66248	66259	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_015621	ATA	4	66523	66534	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_015621	ATCT	3	67113	67124	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
88	NC_015621	TATT	3	67582	67593	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015621	TGAA	3	68584	68595	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_015621	TTTC	3	68618	68630	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
91	NC_015621	TTTC	3	69835	69846	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	33470178
92	NC_015621	AAGA	3	69887	69898	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	33470178
93	NC_015621	TTTA	3	70074	70085	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	33470178
94	NC_015621	T	14	70183	70196	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	33470178
95	NC_015621	ATTTT	3	70869	70883	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	33470178
96	NC_015621	AAGA	3	71743	71754	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	33470178
97	NC_015621	CTTT	3	72031	72041	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	33470178
98	NC_015621	GGTT	3	73069	73080	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	33470178
99	NC_015621	TCT	4	73440	73451	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33470178
100	NC_015621	T	13	73867	73879	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	33470178
101	NC_015621	TAAA	3	74057	74067	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	33470178
102	NC_015621	TTTC	3	74937	74947	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	33470178
103	NC_015621	AAGT	3	75359	75369	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33470178
104	NC_015621	TATAGA	4	76127	76149	23	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	8 %	33470178
105	NC_015621	ATTTAT	3	76378	76396	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	33470178
106	NC_015621	AGAA	3	76853	76863	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	33470178
107	NC_015621	A	12	77679	77690	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	33470178
108	NC_015621	T	21	78164	78184	21	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	33470178
109	NC_015621	AATC	4	78283	78298	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	33470178
110	NC_015621	CTG	4	78887	78899	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	33470178
111	NC_015621	TTCT	3	82639	82650	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	33470178
112	NC_015621	AT	6	82755	82765	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	33470178
113	NC_015621	TTAT	3	82826	82837	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	33470178
114	NC_015621	CAAT	3	83144	83154	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	33470178
115	NC_015621	GAT	4	86752	86762	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	33470178
116	NC_015621	TGAT	3	91452	91464	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	33470178
117	NC_015621	AATA	3	92296	92308	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	33470178
118	NC_015621	TACAT	4	93929	93948	20	40 %	40 %	0 %	20 %	10 %	33470178
119	NC_015621	TCCGG	3	94649	94663	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	33470178
120	NC_015621	TTTCG	3	97331	97344	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	33470178
121	NC_015621	TTTGTT	3	97723	97741	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	33470178
122	NC_015621	CCCT	3	98573	98583	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	33470178
123	NC_015621	GAA	4	99117	99128	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33470182
124	NC_015621	GGAT	3	102478	102489	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	33470182
125	NC_015621	GAGG	3	105390	105401	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	33470182
126	NC_015621	AGGT	3	105602	105613	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	33470182
127	NC_015621	TAAG	3	106722	106732	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33470182
128	NC_015621	GAA	5	108253	108267	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	33470182
129	NC_015621	GAA	5	108954	108968	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	33470182
130	NC_015621	CTT	4	109307	109317	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	33470182
131	NC_015621	ATTT	3	109627	109638	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	33470182
132	NC_015621	TCT	4	109687	109697	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	33470182
133	NC_015621	T	19	109877	109895	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	33470182
134	NC_015621	TCTT	3	111409	111420	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	33470182
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167	NC_015621	ATA	4	150670	150680	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Ageratina adenophora chloroplast