Team
Contact

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Back To Genome Repeat Summary

All Imperfect Repeats of Nelumbo nucifera chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly
S.No.Genome IDMotifIterationsStartEndTract LengthA%T%G%C% Imperfection %Protein ID
1NC_015610CT694104110 %50 %0 %50 %9 %Non-Coding
2NC_015610AAATA102663144980 %20 %0 %0 %8 %Non-Coding
3NC_015610CAG49869971233.33 %0 %33.33 %33.33 %8 %33436202
4NC_015610ATA4168416961366.67 %33.33 %0 %0 %7 %Non-Coding
5NC_015610TAAT4181718311550 %50 %0 %0 %6 %Non-Coding
6NC_015610AATTT3185718701440 %60 %0 %0 %7 %Non-Coding
7NC_015610TAAT3190319131150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
8NC_015610TTCTT319481961140 %80 %0 %20 %7 %Non-Coding
9NC_015610GAA4316731781266.67 %0 %33.33 %0 %8 %33436203
10NC_015610AAAT3371037211275 %25 %0 %0 %8 %33436203
11NC_015610ATAA5497049892075 %25 %0 %0 %5 %Non-Coding
12NC_015610ATA4530553151166.67 %33.33 %0 %0 %9 %Non-Coding
13NC_015610AATATG3532853461950 %33.33 %16.67 %0 %5 %Non-Coding
14NC_015610TCTCT356465659140 %60 %0 %40 %7 %33436203
15NC_015610C1377957807130 %0 %0 %100 %7 %Non-Coding
16NC_015610TTTC389588969120 %75 %0 %25 %8 %Non-Coding
17NC_015610GAAA310453104631175 %0 %25 %0 %9 %Non-Coding
18NC_015610TTA410486104961133.33 %66.67 %0 %0 %9 %Non-Coding
19NC_015610T121187911890120 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
20NC_015610T131439314405130 %100 %0 %0 %7 %33436203
21NC_015610AAGAA314821148341480 %0 %20 %0 %7 %33436203
22NC_015610TTTA315121151321225 %75 %0 %0 %8 %Non-Coding
23NC_015610AAAT315452154621175 %25 %0 %0 %9 %Non-Coding
24NC_015610T131669216704130 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
25NC_015610TTA517857178711533.33 %66.67 %0 %0 %0 %Non-Coding
26NC_015610T141860218615140 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
27NC_015610A13186161862813100 %0 %0 %0 %7 %Non-Coding
28NC_015610GTTAAA318777187931750 %33.33 %16.67 %0 %5 %Non-Coding
29NC_015610TGT41895518965110 %66.67 %33.33 %0 %9 %33436203
30NC_015610TCGC31920819220130 %25 %25 %50 %7 %33436203
31NC_015610CGAT320268202801325 %25 %25 %25 %7 %33436203
32NC_015610T142082920842140 %100 %0 %0 %7 %33436203
33NC_015610C142477424787140 %0 %0 %100 %7 %33436204
34NC_015610TTCA324931249421225 %50 %0 %25 %8 %33436204
35NC_015610GAAT325029250391150 %25 %25 %0 %9 %33436204
36NC_015610GTT42588725898120 %66.67 %33.33 %0 %8 %33436204
37NC_015610TCAT329193292031125 %50 %0 %25 %9 %Non-Coding
38NC_015610AGCT329749297601225 %25 %25 %25 %8 %Non-Coding
39NC_015610CAG430457304681233.33 %0 %33.33 %33.33 %8 %Non-Coding
40NC_015610TCTATA330521305371733.33 %50 %0 %16.67 %5 %Non-Coding
41NC_015610T143079830811140 %100 %0 %0 %7 %Non-Coding
42NC_015610T123084130852120 %100 %0 %0 %8 %Non-Coding
43NC_015610CACAAA332981329981866.67 %0 %0 %33.33 %5 %Non-Coding
44NC_015610GACCG333173331871520 %0 %40 %40 %0 %Non-Coding
45NC_015610AACA334152341631275 %0 %0 %25 %8 %Non-Coding
46NC_015610ATTC334631346411125 %50 %0 %25 %9 %Non-Coding
47NC_015610TATTTA534696347263133.33 %66.67 %0 %0 %9 %Non-Coding
48NC_015610TAT534737347501433.33 %66.67 %0 %0 %7 %Non-Coding
49NC_015610TATAA334771347841460 %40 %0 %0 %7 %Non-Coding
50NC_015610TTTCT33496134975150 %80 %0 %20 %6 %Non-Coding
51NC_015610TAAG335191352021250 %25 %25 %0 %8 %Non-Coding
52NC_015610AT735240352531450 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
53NC_015610AATGA335314353281560 %20 %20 %0 %6 %Non-Coding
54NC_015610TA635545355571350 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
55NC_015610GTA435558355681133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %Non-Coding
56NC_015610TTCA335675356851125 %50 %0 %25 %9 %Non-Coding
57NC_015610A15357963581015100 %0 %0 %0 %0 %Non-Coding
58NC_015610AGAA336094361041175 %0 %25 %0 %9 %Non-Coding
59NC_015610CTTT33634736357110 %75 %0 %25 %9 %Non-Coding
60NC_015610ATT436489365001233.33 %66.67 %0 %0 %0 %Non-Coding
61NC_015610GAAA338428384391275 %0 %25 %0 %8 %33436204
62NC_015610GGA438630386411233.33 %0 %66.67 %0 %8 %33436204
63NC_015610GCTT33883138841110 %50 %25 %25 %9 %33436204
64NC_015610AG639633396431150 %0 %50 %0 %9 %Non-Coding
65NC_015610TC64025240262110 %50 %0 %50 %9 %33436204
66NC_015610CAATA340347403662060 %20 %0 %20 %5 %Non-Coding
67NC_015610A16404354045016100 %0 %0 %0 %6 %Non-Coding
68NC_015610TAA440472404821166.67 %33.33 %0 %0 %9 %Non-Coding
69NC_015610AT740540405521350 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
70NC_015610GTAAT340671406841440 %40 %20 %0 %7 %Non-Coding
71NC_015610A12408174082812100 %0 %0 %0 %8 %Non-Coding
72NC_015610AATT342722427321150 %50 %0 %0 %9 %33436204
73NC_015610ATG442876428861133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %33436204
74NC_015610AATG344369443801250 %25 %25 %0 %8 %33436204
75NC_015610CTA444439444501233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %33436204
76NC_015610GCA444774447851233.33 %0 %33.33 %33.33 %8 %33436204
77NC_015610TG64481144821110 %50 %50 %0 %9 %33436204
78NC_015610AAGG348182481931250 %0 %50 %0 %0 %33436205
79NC_015610TTG44822148231110 %66.67 %33.33 %0 %9 %33436205
80NC_015610AATCCA348858488751850 %16.67 %0 %33.33 %5 %Non-Coding
81NC_015610GTA448878488881133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %Non-Coding
82NC_015610TAA449532495421166.67 %33.33 %0 %0 %9 %Non-Coding
83NC_015610TGTA350746507571225 %50 %25 %0 %8 %Non-Coding
84NC_015610TA751189512011350 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
85NC_015610TA751204512161350 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
86NC_015610ACAAAT351280512961766.67 %16.67 %0 %16.67 %5 %Non-Coding
87NC_015610AAT451359513691166.67 %33.33 %0 %0 %9 %Non-Coding
88NC_015610AATT351372513841350 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
89NC_015610AT751570515831450 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
90NC_015610TATTA551587516132740 %60 %0 %0 %7 %Non-Coding
91NC_015610TTGA352104521161325 %50 %25 %0 %7 %Non-Coding
92NC_015610CAAA352208522181175 %0 %0 %25 %9 %Non-Coding
93NC_015610TA652839528491150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
94NC_015610AT653303533141250 %50 %0 %0 %8 %Non-Coding
95NC_015610TAAA353336533471275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
96NC_015610CTTT35354253554130 %75 %0 %25 %7 %Non-Coding
97NC_015610TCT45357853589120 %66.67 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
98NC_015610GTTT35571555727130 %75 %25 %0 %7 %Non-Coding
99NC_015610AT756024560361350 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
100NC_015610T185620156218180 %100 %0 %0 %5 %Non-Coding
101NC_015610GGGTT35733157345150 %40 %60 %0 %6 %Non-Coding
102NC_015610TTTAA357716577291440 %60 %0 %0 %7 %Non-Coding
103NC_015610AAATT358779587931560 %40 %0 %0 %6 %Non-Coding
104NC_015610ATTT358795588061225 %75 %0 %0 %8 %Non-Coding
105NC_015610T145881858831140 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
106NC_015610TGT46152661536110 %66.67 %33.33 %0 %9 %Non-Coding
107NC_015610TGCA362457624691325 %25 %25 %25 %7 %33436205
108NC_015610TTG46319963209110 %66.67 %33.33 %0 %9 %Non-Coding
109NC_015610TTC46339063401120 %66.67 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
110NC_015610GTTA363559635691125 %50 %25 %0 %9 %Non-Coding
111NC_015610TAG464278642891233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %33436205
112NC_015610AGA464345643551166.67 %0 %33.33 %0 %9 %33436205
113NC_015610AAAT365448654591275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
114NC_015610TTAT366219662301225 %75 %0 %0 %8 %Non-Coding
115NC_015610TGAA366936669461150 %25 %25 %0 %9 %Non-Coding
116NC_015610TCA567385673981433.33 %33.33 %0 %33.33 %7 %Non-Coding
117NC_015610ATTT367590676011225 %75 %0 %0 %8 %Non-Coding
118NC_015610GAAT370004700151250 %25 %25 %0 %8 %Non-Coding
119NC_015610AATTT370271702851540 %60 %0 %0 %0 %Non-Coding
120NC_015610AATAA370286702991480 %20 %0 %0 %7 %Non-Coding
121NC_015610AAATT470320703402160 %40 %0 %0 %4 %Non-Coding
122NC_015610CTT47045170462120 %66.67 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
123NC_015610A13705507056213100 %0 %0 %0 %7 %Non-Coding
124NC_015610CTA471025710361233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
125NC_015610AGT472137721491333.33 %33.33 %33.33 %0 %7 %Non-Coding
126NC_015610AAT572172721851466.67 %33.33 %0 %0 %7 %Non-Coding
127NC_015610AGAA372277722881275 %0 %25 %0 %8 %Non-Coding
128NC_015610TCGT37247472484110 %50 %25 %25 %9 %Non-Coding
129NC_015610ATTACT372623726391733.33 %50 %0 %16.67 %5 %Non-Coding
130NC_015610TA673579735891150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
131NC_015610TTTC37430774317110 %75 %0 %25 %9 %Non-Coding
132NC_015610ACA474430744401166.67 %0 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
133NC_015610TA674529745401250 %50 %0 %0 %8 %Non-Coding
134NC_015610ATATTA374548745641750 %50 %0 %0 %5 %Non-Coding
135NC_015610TTATA374573745861440 %60 %0 %0 %7 %Non-Coding
136NC_015610TAT574591746041433.33 %66.67 %0 %0 %7 %Non-Coding
137NC_015610TTGA374615746251125 %50 %25 %0 %9 %Non-Coding
138NC_015610T137468374695130 %100 %0 %0 %7 %Non-Coding
139NC_015610GT67498074991120 %50 %50 %0 %8 %Non-Coding
140NC_015610AT675025750371350 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
141NC_015610ATAA375135751451175 %25 %0 %0 %9 %Non-Coding
142NC_015610ATA475327753381266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
143NC_015610AAGAA375933759461480 %0 %20 %0 %7 %Non-Coding
144NC_015610GAA475952759631266.67 %0 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
145NC_015610ATTT376616766261125 %75 %0 %0 %9 %Non-Coding
146NC_015610TTTA377994780051225 %75 %0 %0 %8 %33436207
147NC_015610T137808078092130 %100 %0 %0 %0 %33436207
148NC_015610CATAA378103781171560 %20 %0 %20 %6 %33436207
149NC_015610TAT478293783051333.33 %66.67 %0 %0 %7 %33436207
150NC_015610ATAA378874788851275 %25 %0 %0 %8 %33436207
151NC_015610CTTT37910079111120 %75 %0 %25 %8 %33436207
152NC_015610TCATGT379119791351716.67 %50 %16.67 %16.67 %5 %33436207
153NC_015610AAAG384438844481175 %0 %25 %0 %9 %33436207
154NC_015610ATCT385574855841125 %50 %0 %25 %9 %33436207
155NC_015610GGA487617876291333.33 %0 %66.67 %0 %7 %33436207
156NC_015610T128815688167120 %100 %0 %0 %8 %33436207
157NC_015610GTTA390109901191125 %50 %25 %0 %9 %33436207
158NC_015610TAAATA390170901881966.67 %33.33 %0 %0 %5 %33436207
159NC_015610TAGAAT490263902862450 %33.33 %16.67 %0 %0 %33436207
160NC_015610AAAG390315903261275 %0 %25 %0 %8 %33436207
161NC_015610CAAT390453904631150 %25 %0 %25 %9 %33436207
162NC_015610GTTCA390580905931420 %40 %20 %20 %7 %33436207
163NC_015610CTT49197191982120 %66.67 %0 %33.33 %8 %33436207
164NC_015610GAT493835938451133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %33436207
165NC_015610TTCT39552195531110 %75 %0 %25 %9 %33436207
166NC_015610CTTT39670896718110 %75 %0 %25 %9 %33436207
167NC_015610GAT496863968741233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %33436207
168NC_015610TGAT398539985511325 %50 %25 %0 %7 %33436207
169NC_015610TGA498590986011233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %33436207
170NC_015610AATA399476994881375 %25 %0 %0 %7 %33436207
171NC_015610GAAGGA31002621002791850 %0 %50 %0 %5 %33436207
172NC_015610TTCT3100580100590110 %75 %0 %25 %9 %33436207
173NC_015610TCCGG3102469102483150 %20 %40 %40 %6 %33436207
174NC_015610TTTCG3105072105085140 %60 %20 %20 %7 %33436207
175NC_015610TTTGTT3105490105508190 %83.33 %16.67 %0 %10 %33436207
176NC_015610ATCC31107141107251225 %25 %0 %50 %8 %33436207
177NC_015610T12110879110890120 %100 %0 %0 %0 %33436207
178NC_015610AAGG31110591110691150 %0 %50 %0 %9 %33436207
179NC_015610GAGG31137781137891225 %0 %75 %0 %8 %33436207
180NC_015610AGGT31139901140011225 %25 %50 %0 %8 %33436207
181NC_015610TAAG31151101151201150 %25 %25 %0 %9 %33436207
182NC_015610ATTT31161891161991125 %75 %0 %0 %9 %33436207
183NC_015610GGAA31172071172171150 %0 %50 %0 %9 %33436207
184NC_015610AGA81179311179532366.67 %0 %33.33 %0 %4 %33436207
185NC_015610TCT4118151118161110 %66.67 %0 %33.33 %9 %33436207
186NC_015610ATTT31186711186811125 %75 %0 %0 %9 %33436207
187NC_015610AATT31187211187321250 %50 %0 %0 %0 %33436207
188NC_015610AAG41197721197831266.67 %0 %33.33 %0 %8 %33436207
189NC_015610TAAA31211641211741175 %25 %0 %0 %9 %33436207
190NC_015610TG6121234121245120 %50 %50 %0 %8 %33436207
191NC_015610TTAT41212591212751725 %75 %0 %0 %5 %33436207
192NC_015610T12121305121316120 %100 %0 %0 %8 %33436207
193NC_015610AAAC31215051215151175 %0 %0 %25 %9 %33436207
194NC_015610CTTT4122111122125150 %75 %0 %25 %6 %33436207
195NC_015610ACA41221961222071266.67 %0 %0 %33.33 %8 %33436207
196NC_015610TCT4122209122220120 %66.67 %0 %33.33 %8 %33436207
197NC_015610AGAA31270691270801275 %0 %25 %0 %8 %33436207
198NC_015610TA81278621278781750 %50 %0 %0 %5 %33436207
199NC_015610TA71278751278871350 %50 %0 %0 %7 %33436207
200NC_015610ATTATA41278881279112450 %50 %0 %0 %8 %33436207
201NC_015610TC6131394131405120 %50 %0 %50 %8 %33436207
202NC_015610TAA41322451322561266.67 %33.33 %0 %0 %8 %33436207
203NC_015610CTT4133498133509120 %66.67 %0 %33.33 %8 %33436207
204NC_015610AGT41336891337001233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %33436207
205NC_015610AAT41340151340251166.67 %33.33 %0 %0 %9 %33436207
206NC_015610ATTC31344401344511225 %50 %0 %25 %0 %33436207
207NC_015610AAT41348371348481266.67 %33.33 %0 %0 %8 %33436207
208NC_015610GTAT31348591348701225 %50 %25 %0 %8 %33436207
209NC_015610CTT4134925134935110 %66.67 %0 %33.33 %9 %33436207
210NC_015610T15135030135044150 %100 %0 %0 %6 %33436207
211NC_015610ATT41352791352901233.33 %66.67 %0 %0 %8 %33436207
212NC_015610TTTC3135517135528120 %75 %0 %25 %8 %33436207
213NC_015610TTTA31355301355401125 %75 %0 %0 %9 %33436207
214NC_015610T15135918135932150 %100 %0 %0 %6 %33436207
215NC_015610TCT4136047136057110 %66.67 %0 %33.33 %9 %33436207
216NC_015610TCA41362251362351133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %33436207
217NC_015610TAG41362491362601233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %33436207
218NC_015610TTCC3137938137948110 %50 %0 %50 %9 %33436207
219NC_015610ATAA41389541389681575 %25 %0 %0 %6 %33436207
220NC_015610CTTA31400351400451125 %50 %0 %25 %9 %33436207
221NC_015610CCTT3144086144096110 %50 %0 %50 %9 %33436207
222NC_015610A1214426514427612100 %0 %0 %0 %0 %33436207
223NC_015610GGAT31444301444411225 %25 %50 %0 %8 %33436207
224NC_015610ACTAAT31477181477341750 %33.33 %0 %16.67 %5 %33436207
225NC_015610ACCGG31526711526851520 %0 %40 %40 %6 %Non-Coding
226NC_015610CCT4153608153619120 %33.33 %0 %66.67 %8 %Non-Coding
227NC_015610CATAC31540041540171440 %20 %0 %40 %7 %Non-Coding
228NC_015610AGAA31545651545751175 %0 %25 %0 %9 %33436211
229NC_015610CTCCTT3154875154892180 %50 %0 %50 %5 %33436211
230NC_015610ATCA31566041566161350 %25 %0 %25 %7 %33436211
231NC_015610TGAT31566991567111325 %50 %25 %0 %7 %33436211
232NC_015610ATC41582811582921233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %33436211
233NC_015610AAAG31584371584471175 %0 %25 %0 %9 %33436211
234NC_015610ATTT31594971595081225 %75 %0 %0 %8 %33436211
235NC_015610ATC41613101613201133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
236NC_015610GAA51631721631861566.67 %0 %33.33 %0 %6 %33436211