ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Nelumbo lutea chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015605	CAG	4	981	992	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	33436192
2	NC_015605	TAA	5	1732	1747	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
3	NC_015605	GAA	4	3004	3015	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33436193
4	NC_015605	ATA	4	5130	5140	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_015605	TTA	4	10326	10336	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_015605	TTA	4	14256	14267	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33436193
7	NC_015605	TTA	5	17689	17703	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015605	TGT	4	18784	18794	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	33436193
9	NC_015605	GTT	4	25719	25730	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	33436194
10	NC_015605	CAG	4	30305	30316	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
11	NC_015605	TAG	4	30554	30565	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_015605	TAT	4	31101	31111	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_015605	ATA	5	34607	34620	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_015605	TAT	8	34633	34655	23	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_015605	AAT	5	34704	34718	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
16	NC_015605	ATA	4	34738	34750	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_015605	TAA	8	34739	34765	27	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_015605	TAG	5	35585	35598	14	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_015605	ATT	4	36521	36532	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015605	GGA	4	38662	38673	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	33436194
21	NC_015605	TAA	4	40509	40519	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_015605	ATG	4	42910	42920	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	33436194
23	NC_015605	CTA	4	44473	44484	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	33436194
24	NC_015605	GCA	4	44808	44819	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	33436194
25	NC_015605	TTG	4	48254	48264	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	33436195
26	NC_015605	GTA	4	48912	48922	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_015605	TAA	4	49571	49581	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_015605	ATT	4	51533	51543	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_015605	TCT	4	53680	53691	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
30	NC_015605	TGT	4	61467	61477	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_015605	TTC	4	63320	63331	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
32	NC_015605	TAG	4	64212	64223	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	33436195
33	NC_015605	AGA	4	64279	64289	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	33436195
34	NC_015605	TCA	5	67319	67332	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
35	NC_015605	CTT	4	70388	70399	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
36	NC_015605	CTA	4	70960	70971	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
37	NC_015605	AGT	4	72094	72106	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_015605	AAT	5	72129	72142	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_015605	ACA	4	74397	74407	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
40	NC_015605	TAT	4	74573	74583	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_015605	GAA	4	75873	75884	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_015605	TAT	4	78208	78220	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	33436197
43	NC_015605	GGA	4	87539	87551	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	7 %	33436197
44	NC_015605	CTT	4	91884	91895	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33436197
45	NC_015605	GAT	4	93748	93758	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	33436197
46	NC_015605	GAT	4	96776	96787	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	33436197
47	NC_015605	TGA	4	98503	98514	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	33436197
48	NC_015605	AGA	8	117832	117854	23	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	4 %	33436197
49	NC_015605	TCT	4	118045	118055	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	33436197
50	NC_015605	AAG	4	119670	119681	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33436197
51	NC_015605	ACA	4	122109	122120	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	33436197
52	NC_015605	TCT	4	122122	122133	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33436197
53	NC_015605	TAA	4	132156	132167	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	33436197
54	NC_015605	CTT	4	133409	133420	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33436197
55	NC_015605	AGT	4	133600	133611	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	33436197
56	NC_015605	AAT	4	133926	133936	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33436197
57	NC_015605	AAT	4	134748	134759	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	33436197
58	NC_015605	CTT	4	134836	134846	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	33436197
59	NC_015605	TCT	4	135958	135968	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	33436197
60	NC_015605	TCA	4	136136	136146	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	33436197
61	NC_015605	TAG	4	136160	136171	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	33436197
62	NC_015605	CCT	4	153525	153536	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
63	NC_015605	ATC	4	158180	158191	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	33436201
64	NC_015605	ATC	4	161209	161219	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
65	NC_015605	GAA	5	163071	163085	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	33436201

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Nelumbo lutea chloroplast