ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Olea europaea subsp. cuspidata chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015604	TCAA	4	324	338	15	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
2	NC_015604	CTTT	3	359	370	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
3	NC_015604	AGT	4	422	433	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_015604	AAGT	3	1244	1254	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33470026
5	NC_015604	CCAAT	3	1734	1748	15	40 %	20 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015604	AAG	4	3032	3043	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33470026
7	NC_015604	GAA	4	3062	3073	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33470026
8	NC_015604	CATT	3	4149	4160	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
9	NC_015604	AG	7	4639	4652	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_015604	T	12	4690	4701	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015604	T	12	4884	4895	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015604	TGAAA	3	5111	5124	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_015604	GTT	4	5162	5172	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_015604	AAAT	3	5237	5248	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_015604	TA	6	6348	6359	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	33470026
16	NC_015604	TA	6	6555	6565	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_015604	T	12	6819	6830	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015604	AAAT	3	6852	6863	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_015604	AT	6	7384	7395	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_015604	TA	6	8884	8894	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_015604	ATAA	3	9312	9327	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_015604	A	14	9586	9599	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_015604	GATTT	3	9711	9724	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_015604	CAA	4	9779	9790	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
25	NC_015604	TTTA	3	9956	9967	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_015604	A	25	12791	12815	25	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_015604	ATGA	3	13370	13382	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	33470026
28	NC_015604	AAAT	3	13463	13473	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	33470026
29	NC_015604	TTTCT	3	13495	13508	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	33470026
30	NC_015604	T	13	14159	14171	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
31	NC_015604	ATTT	3	15398	15408	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_015604	TATT	3	16709	16721	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_015604	TGTT	3	17057	17067	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	33470027
34	NC_015604	A	17	17461	17477	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
35	NC_015604	T	16	17767	17782	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	33470027
36	NC_015604	T	12	19277	19288	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	33470027
37	NC_015604	T	13	19676	19688	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	33470027
38	NC_015604	T	12	20214	20225	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	33470027
39	NC_015604	GAAT	3	23873	23883	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33470027
40	NC_015604	CCTA	3	25679	25689	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	33470027
41	NC_015604	ATCAA	3	29080	29094	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
42	NC_015604	CAA	4	29803	29814	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
43	NC_015604	TGAATT	3	31280	31298	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
44	NC_015604	A	14	32689	32702	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_015604	GTAT	3	32993	33005	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_015604	ATGA	3	33469	33479	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_015604	T	14	33663	33676	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_015604	TTCT	3	34012	34023	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
49	NC_015604	GAAA	3	36079	36090	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	33470027
50	NC_015604	TTG	4	36484	36494	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	33470027
51	NC_015604	TTC	4	36929	36940	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33470027
52	NC_015604	CTTTTT	3	37141	37158	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
53	NC_015604	AG	6	37286	37296	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_015604	TA	6	37492	37502	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_015604	TC	6	37894	37904	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	33470027
56	NC_015604	A	12	37950	37961	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015604	AAAAT	4	38005	38024	20	80 %	20 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
58	NC_015604	TAA	4	38092	38102	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_015604	TA	9	38153	38169	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
60	NC_015604	GAAT	3	39770	39780	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33470028
61	NC_015604	GAT	4	40465	40476	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	33470028
62	NC_015604	GCA	4	42364	42375	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	33470028
63	NC_015604	ATTT	3	43686	43697	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_015604	AATTTA	3	44010	44027	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
65	NC_015604	TAA	4	44057	44067	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_015604	A	13	44079	44091	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015604	A	14	46123	46136	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	33470028
68	NC_015604	A	12	46367	46378	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_015604	GTA	4	46442	46452	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_015604	GTT	4	46653	46663	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_015604	T	15	48098	48112	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_015604	CTAAA	4	48124	48144	21	60 %	20 %	0 %	20 %	9 %	Non-Coding
73	NC_015604	TAT	4	48222	48234	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_015604	CATA	3	50189	50199	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
75	NC_015604	CTTT	3	50438	50450	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
76	NC_015604	TTA	4	52816	52827	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_015604	TA	6	52832	52842	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_015604	AGA	4	53036	53047	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_015604	TTA	4	53623	53634	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_015604	TAAA	3	53892	53902	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_015604	TTTTA	3	54550	54563	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_015604	ATA	4	56567	56577	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33470028
83	NC_015604	TATT	3	56937	56947	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_015604	TGCA	3	58238	58250	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	33470029
85	NC_015604	GTTA	4	59136	59150	15	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
86	NC_015604	TTA	4	59332	59344	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_015604	TAGA	3	61485	61496	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_015604	TAA	4	61531	61543	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_015604	TGAA	3	62762	62772	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_015604	GAAA	3	63000	63011	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015604	T	12	63016	63027	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015604	AT	6	64617	64627	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	33470029
93	NC_015604	AAT	4	66018	66028	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_015604	A	12	66044	66055	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_015604	AT	6	66184	66194	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_015604	TTTC	3	67478	67489	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
97	NC_015604	A	14	67877	67890	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_015604	T	14	68680	68693	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_015604	AT	6	69098	69108	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_015604	ATA	4	69383	69394	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_015604	TA	7	69408	69420	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_015604	GAAA	3	70425	70436	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	33470030
103	NC_015604	TAAAC	3	70581	70595	15	60 %	20 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015604	TTG	4	70972	70982	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_015604	TGAA	3	71546	71557	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_015604	TTTC	3	71580	71592	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
107	NC_015604	A	15	73335	73349	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	33470030
108	NC_015604	T	12	74190	74201	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	33470030
109	NC_015604	ATT	4	74696	74706	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_015604	AATAG	4	74948	74966	19	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
111	NC_015604	GGTT	3	76098	76109	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	33470030
112	NC_015604	TCT	4	76469	76480	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33470030
113	NC_015604	CAAA	5	76743	76761	19	75 %	0 %	0 %	25 %	10 %	Non-Coding
114	NC_015604	A	17	77764	77780	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	33470031
115	NC_015604	T	14	78096	78109	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	33470031
116	NC_015604	AT	6	79685	79695	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	33470031
117	NC_015604	A	14	80452	80465	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_015604	T	17	80702	80718	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	33470031
119	NC_015604	T	16	83112	83127	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015604	AGAATT	3	85053	85071	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
121	NC_015604	TTC	4	85157	85168	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33470031
122	NC_015604	CAAT	3	85230	85240	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	33470031
123	NC_015604	TTTC	3	86254	86264	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	33470032
124	NC_015604	A	12	86318	86329	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_015604	T	16	86621	86636	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
126	NC_015604	GAT	4	87190	87200	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	33470032
127	NC_015604	GAT	4	88572	88582	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_015604	ATCG	3	91027	91039	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	33470032
129	NC_015604	GAT	4	91602	91613	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	33470032
130	NC_015604	TGA	4	93296	93307	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	33470032
131	NC_015604	AATA	3	94161	94173	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	33470032
132	NC_015604	TATG	3	96560	96571	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
133	NC_015604	TCCGG	3	96790	96804	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
134	NC_015604	TTTCG	3	99349	99362	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
135	NC_015604	TTTGTT	3	99741	99759	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	33470032
136	NC_015604	TTC	4	101135	101146	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
137	NC_015604	ATTTTT	3	101147	101165	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
138	NC_015604	ATTAGT	4	101679	101700	22	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	9 %	Non-Coding
139	NC_015604	ATCC	3	104746	104757	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
140	NC_015604	TCTA	3	105141	105152	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
141	NC_015604	AAGG	3	105279	105289	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
142	NC_015604	GAGG	3	108000	108011	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
143	NC_015604	AGGT	3	108213	108224	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
144	NC_015604	TAAG	3	109333	109343	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
145	NC_015604	ATTT	3	110395	110405	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
146	NC_015604	GGAA	3	111402	111412	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	33470032
147	NC_015604	AGA	4	112372	112382	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	33470032
148	NC_015604	TAA	4	113462	113473	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	33470032
149	NC_015604	AAG	4	113687	113698	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33470032
150	NC_015604	TAT	4	113876	113886	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	33470032
151	NC_015604	GAA	4	114448	114459	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33470032
152	NC_015604	AGA	4	117305	117316	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
153	NC_015604	T	15	117374	117388	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
154	NC_015604	AAAT	3	120567	120578	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
155	NC_015604	AATTG	3	120644	120658	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
156	NC_015604	TCTA	3	122404	122415	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	33470033
157	NC_015604	AATC	3	122839	122850	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	33470033
158	NC_015604	AGAAA	3	123051	123064	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	33470033
159	NC_015604	GT	7	125523	125535	13	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
160	NC_015604	TTTG	3	126419	126430	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	33470034
161	NC_015604	TTTA	3	126490	126501	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	33470034
162	NC_015604	TTTTGA	3	126544	126561	18	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	33470034
163	NC_015604	CATT	3	127363	127374	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	33470034
164	NC_015604	TCTTTT	3	128419	128437	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	33470034
165	NC_015604	AAAG	3	128941	128951	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	33470034
166	NC_015604	CTT	4	129397	129409	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	33470034
167	NC_015604	CTTT	3	129835	129845	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	33470034
168	NC_015604	TTCC	3	131063	131073	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	33470034
169	NC_015604	ATAA	4	132068	132082	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
170	NC_015604	CTTA	3	133132	133142	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
171	NC_015604	CCTT	3	137186	137196	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
172	NC_015604	GGAT	3	137718	137729	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
173	NC_015604	ACTAAT	4	140775	140796	22	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	9 %	Non-Coding
174	NC_015604	AAAAAT	3	141310	141328	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
175	NC_015604	GAA	4	141329	141340	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
176	NC_015604	ACCGG	3	145670	145684	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
177	NC_015604	CATAC	3	146628	146641	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	33470034
178	NC_015604	TATT	3	148302	148314	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	33470034
179	NC_015604	TGAT	3	149313	149325	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	33470034
180	NC_015604	ATC	4	150862	150873	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	33470034
181	NC_015604	CGAT	3	151436	151448	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	33470034
182	NC_015604	ATTT	3	152066	152077	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	33470034
183	NC_015604	ATC	4	153893	153903	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
184	NC_015604	ATC	4	155275	155285	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	33470034
185	NC_015604	ACAAAA	3	155837	155854	18	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Olea europaea subsp. cuspidata chloroplast