ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Jacobaea vulgaris chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015543	TCT	4	676	686	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	33470230
2	NC_015543	AAGT	3	1046	1056	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33470230
3	NC_015543	AT	6	1525	1535	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_015543	AAAG	3	1559	1569	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_015543	TAAA	3	1707	1718	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_015543	TAT	4	1896	1907	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_015543	TTC	4	2082	2093	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33470230
8	NC_015543	GAA	4	2887	2898	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33470230
9	NC_015543	CTTT	3	3928	3938	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
10	NC_015543	AAAT	3	4399	4409	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_015543	ATA	4	4421	4433	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_015543	AATA	3	4487	4497	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_015543	ATA	4	4669	4680	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_015543	AGA	4	4753	4764	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_015543	ATTT	3	4887	4897	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_015543	TCTCT	3	5247	5260	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	33470230
17	NC_015543	AT	6	6393	6406	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_015543	A	15	6705	6719	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
19	NC_015543	CTT	4	6835	6845	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
20	NC_015543	GAAA	3	7032	7043	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_015543	TTCT	3	7681	7691	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	33470230
22	NC_015543	TAT	4	7980	7990	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_015543	AGAAAT	3	11680	11696	17	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
24	NC_015543	AAG	4	12048	12060	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_015543	T	14	12459	12472	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015543	A	12	13143	13154	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	33470231
27	NC_015543	TAGG	3	14833	14843	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	33470231
28	NC_015543	ATTC	3	16621	16631	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
29	NC_015543	GAA	4	17133	17144	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_015543	GAA	4	17179	17189	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_015543	A	13	18185	18197	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_015543	TA	8	18404	18419	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
33	NC_015543	ACTA	3	21637	21648	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	33470231
34	NC_015543	AACA	3	23372	23382	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	33470231
35	NC_015543	TAA	5	23714	23728	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
36	NC_015543	ACTT	3	24049	24059	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	33470231
37	NC_015543	GTT	5	24533	24547	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	33470231
38	NC_015543	A	17	24848	24864	17	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015543	AT	8	26389	26404	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
40	NC_015543	T	15	27760	27774	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015543	A	14	27776	27789	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
42	NC_015543	TGT	4	28018	28029	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	33470231
43	NC_015543	ATTT	4	29405	29420	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
44	NC_015543	AATG	3	29628	29638	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_015543	AATA	3	29698	29710	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_015543	ACAAA	3	30176	30190	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
47	NC_015543	TA	6	30537	30547	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_015543	TAGTTA	3	30883	30899	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
49	NC_015543	TA	8	31311	31325	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
50	NC_015543	AAAAAG	3	31527	31544	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
51	NC_015543	TAA	5	31778	31792	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
52	NC_015543	TTA	4	32262	32273	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33470231
53	NC_015543	GAAA	3	33456	33467	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	33470232
54	NC_015543	GAG	4	33576	33586	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	33470232
55	NC_015543	TTC	4	34306	34317	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	33470232
56	NC_015543	AT	9	34498	34515	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
57	NC_015543	AG	6	34665	34675	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_015543	A	12	34901	34912	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_015543	TGTA	3	35015	35025	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_015543	AT	8	35520	35534	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
61	NC_015543	TTAA	3	35798	35809	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_015543	ATG	4	37890	37900	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	33470232
63	NC_015543	AATG	3	39383	39394	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	33470232
64	NC_015543	A	22	41469	41490	22	100 %	0 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_015543	TTTAT	3	42067	42082	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	33470232
66	NC_015543	AT	6	42424	42435	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	33470232
67	NC_015543	TTTCT	3	42460	42473	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	33470232
68	NC_015543	CTTT	3	42560	42570	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	33470232
69	NC_015543	ATTT	3	43434	43445	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	33470232
70	NC_015543	AGA	5	44282	44295	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_015543	CT	6	44601	44611	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
72	NC_015543	CTT	4	45541	45552	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
73	NC_015543	ATT	5	45561	45576	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
74	NC_015543	A	17	46228	46244	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
75	NC_015543	TAT	4	47617	47628	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_015543	AAAT	3	47819	47829	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_015543	ATTTT	3	48029	48043	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
78	NC_015543	TA	6	48051	48061	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_015543	G	13	49995	50007	13	0 %	0 %	100 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_015543	TAT	4	50038	50049	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_015543	TTTA	3	50057	50067	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_015543	TTC	4	51136	51146	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
83	NC_015543	T	18	54012	54029	18	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015543	TTG	4	54326	54336	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_015543	TA	6	55941	55952	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_015543	TGAT	3	57956	57966	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_015543	AAAT	3	58024	58034	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_015543	TA	6	58413	58423	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_015543	AT	6	60953	60963	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	33470233
90	NC_015543	TTC	4	61751	61762	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33470233
91	NC_015543	ATAA	3	61927	61937	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_015543	ATT	4	62377	62389	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_015543	TTA	4	62497	62508	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_015543	AG	7	62824	62837	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_015543	TTTG	3	62963	62974	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	33470233
96	NC_015543	TCTTT	3	63856	63869	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
97	NC_015543	A	14	64246	64259	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_015543	TTC	4	64329	64340	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
99	NC_015543	AGTA	3	65314	65324	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_015543	ATA	4	65514	65525	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_015543	ATCT	3	66115	66126	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
102	NC_015543	TA	8	66535	66549	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
103	NC_015543	TAA	4	66888	66899	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	33470234
104	NC_015543	AAGAA	3	67061	67074	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_015543	AAAAT	3	67082	67095	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_015543	TGAA	3	67614	67625	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	33470234
107	NC_015543	TATT	3	67767	67777	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_015543	TA	6	67815	67825	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_015543	AAGA	3	68945	68956	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	33470234
110	NC_015543	AAAT	3	69034	69045	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	33470234
111	NC_015543	TTTA	3	69133	69144	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	33470234
112	NC_015543	ATA	4	69311	69321	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33470234
113	NC_015543	A	15	69968	69982	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	33470234
114	NC_015543	GATT	4	70249	70264	16	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	33470234
115	NC_015543	A	13	70311	70323	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	33470234
116	NC_015543	TTGA	3	70491	70501	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	33470234
117	NC_015543	GGTT	3	72123	72134	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	33470234
118	NC_015543	TCT	4	72494	72505	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33470234
119	NC_015543	A	15	72915	72929	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	33470234
120	NC_015543	AAT	4	74015	74027	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	33470234
121	NC_015543	A	15	74046	74060	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	33470234
122	NC_015543	AAGT	3	74198	74208	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33470234
123	NC_015543	AGAA	3	75695	75706	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	33470234
124	NC_015543	T	20	76774	76793	20	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	33470234
125	NC_015543	AATC	4	76892	76907	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	33470234
126	NC_015543	CTG	4	77496	77508	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	33470234
127	NC_015543	ATA	4	77565	77576	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	33470234
128	NC_015543	GAA	4	78306	78316	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	33470234
129	NC_015543	T	13	79190	79202	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	33470234
130	NC_015543	A	14	79773	79786	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	33470234
131	NC_015543	TA	6	80439	80449	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	33470234
132	NC_015543	ACTA	3	80483	80493	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	33470234
133	NC_015543	ATCA	3	80723	80734	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	33470234
134	NC_015543	AT	6	81127	81137	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	33470234
135	NC_015543	TTAT	5	81198	81218	21	25 %	75 %	0 %	0 %	4 %	33470234
136	NC_015543	TAT	5	81211	81224	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	33470234
137	NC_015543	CAAT	3	81512	81522	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	33470234
138	NC_015543	CTTTT	3	82143	82156	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	33470234
139	NC_015543	TAT	5	82586	82599	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	33470234
140	NC_015543	T	12	82908	82919	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	33470234
141	NC_015543	GAT	4	84849	84859	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	33470234
142	NC_015543	ATTT	4	86663	86678	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	33470234
143	NC_015543	TGAT	3	89399	89411	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	33470234
144	NC_015543	AACT	3	89962	89972	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	33470234
145	NC_015543	AATA	3	90234	90246	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	33470234
146	NC_015543	TTTCG	3	95223	95236	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	33470234
147	NC_015543	TTTGTT	3	95615	95633	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	33470234
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151	NC_015543	TCTA	3	101068	101079	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	33470238
152	NC_015543	AAGG	3	101206	101216	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	33470238
153	NC_015543	GAGG	3	103937	103948	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	33470238
154	NC_015543	AGGT	3	104149	104160	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	33470238
155	NC_015543	TAAG	3	105269	105279	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33470238
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157	NC_015543	GAA	7	107832	107852	21	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	4 %	33470238
158	NC_015543	GAAA	3	107887	107898	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	33470238
159	NC_015543	AAAT	3	108032	108042	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	33470238
160	NC_015543	GAAAT	3	108699	108712	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	33470238
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168	NC_015543	AT	6	112189	112199	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	33470238
169	NC_015543	AATA	3	112244	112255	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	33470238
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171	NC_015543	ATTT	3	112364	112375	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	33470238
172	NC_015543	AAGT	3	112433	112443	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33470238
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174	NC_015543	AAAT	3	114359	114369	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	33470238
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176	NC_015543	GATT	3	114694	114705	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	33470238
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182	NC_015543	CCAT	3	116910	116921	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	33470238
183	NC_015543	AATTT	3	116937	116950	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	33470238
184	NC_015543	ATTT	3	117040	117051	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	33470238
185	NC_015543	TTTC	3	117665	117675	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	33470238
186	NC_015543	CTA	4	118288	118299	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	33470238
187	NC_015543	TATT	3	120019	120030	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	33470238
188	NC_015543	AGT	4	120390	120400	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	33470238
189	NC_015543	A	14	121458	121471	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	33470238
190	NC_015543	ATTTT	3	121512	121525	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	33470238
191	NC_015543	T	17	121889	121905	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	33470238
192	NC_015543	TAAA	3	122069	122081	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	33470238
193	NC_015543	AATT	3	122138	122149	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	33470238
194	NC_015543	CCA	5	122237	122250	14	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	7 %	33470238
195	NC_015543	TAAA	3	122271	122282	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	33470238
196	NC_015543	AAAT	3	122883	122895	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	33470238
197	NC_015543	TTA	4	123402	123413	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33470238
198	NC_015543	CTT	4	123754	123765	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33470238
199	NC_015543	AAAT	3	125627	125637	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	33470238
200	NC_015543	TTC	6	126308	126326	19	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10 %	33470238
201	NC_015543	CTTA	3	128264	128274	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	33470238
202	NC_015543	CCTT	3	132327	132337	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	33470238
203	NC_015543	GGAT	3	132688	132699	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	33470238
204	NC_015543	GAA	4	136523	136534	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33470238
205	NC_015543	TACAT	4	141652	141671	20	40 %	40 %	0 %	20 %	10 %	Non-Coding
206	NC_015543	TATT	3	143297	143309	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	33470238
207	NC_015543	TAGT	3	143570	143580	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	33470238
208	NC_015543	TGAT	3	144269	144281	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	33470238
209	NC_015543	ATTT	3	147025	147036	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	33470238
210	NC_015543	A	12	150626	150637	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Jacobaea vulgaris chloroplast