ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Fistulifera sp. JPCC DA0580 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015403	TAT	4	4896	4907	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_015403	CAA	4	5392	5403	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	33085081
3	NC_015403	AGA	4	5925	5936	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33085082
4	NC_015403	TAT	4	6995	7007	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	33085082
5	NC_015403	CAA	4	7136	7146	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	33085082
6	NC_015403	TAT	4	7857	7867	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	33085082
7	NC_015403	ATT	4	14168	14179	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33085083
8	NC_015403	TTA	4	15890	15902	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_015403	ATA	4	18872	18883	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	33085083
10	NC_015403	TTG	4	19300	19311	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	33085083
11	NC_015403	CTG	4	19539	19550	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	33085083
12	NC_015403	ATT	5	20083	20097	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	33085083
13	NC_015403	GAA	4	22314	22324	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	33085084
14	NC_015403	TCA	4	25759	25770	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
15	NC_015403	ATT	4	26378	26388	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	33085084
16	NC_015403	GCT	4	26450	26461	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	33085084
17	NC_015403	GAA	4	26603	26614	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33085084
18	NC_015403	TAT	4	30766	30776	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_015403	TAA	4	33116	33127	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_015403	ATT	4	40408	40420	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	33085085
21	NC_015403	TGT	4	46711	46722	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	33085085
22	NC_015403	TAA	4	50683	50693	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33085086
23	NC_015403	CAA	4	51721	51732	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	33085086
24	NC_015403	AAG	4	56035	56045	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	33085087
25	NC_015403	ACG	4	57774	57785	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	33085088
26	NC_015403	CAC	4	57890	57901	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	33085088
27	NC_015403	TAA	4	59180	59191	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	33085088
28	NC_015403	TAA	4	60292	60302	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_015403	AGT	4	61571	61582	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	33085088
30	NC_015403	TTG	4	62533	62544	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	33085088
31	NC_015403	ATT	4	67172	67182	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_015403	AAT	5	67220	67233	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_015403	AAC	4	70043	70054	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	33085089
34	NC_015403	AAT	4	73627	73638	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_015403	TCT	4	75580	75590	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	33085089
36	NC_015403	TGC	4	75851	75862	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	33085089
37	NC_015403	ATT	4	76888	76900	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	33085089
38	NC_015403	AAT	4	78807	78818	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	33085089
39	NC_015403	TAA	4	82610	82620	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33085090
40	NC_015403	AAT	4	83651	83661	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33085090
41	NC_015403	TTA	4	89941	89952	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_015403	ATA	4	92241	92252	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_015403	TAT	4	93090	93100	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_015403	TTA	4	95699	95710	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_015403	TTC	4	96315	96326	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33085090
46	NC_015403	TGA	4	97159	97170	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_015403	ACC	4	97923	97934	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	33085090
48	NC_015403	TAT	4	98108	98120	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	33085090
49	NC_015403	ATA	5	99185	99198	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	33085090
50	NC_015403	TGA	4	99962	99973	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	33085090
51	NC_015403	ATG	4	101069	101079	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	33085090
52	NC_015403	AAT	4	105486	105498	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	33085091
53	NC_015403	TAA	4	106242	106252	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33085091
54	NC_015403	AGA	4	107003	107014	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33085091
55	NC_015403	TAA	4	110019	110029	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33085092
56	NC_015403	ATA	4	110442	110453	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_015403	CAG	4	110621	110632	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
58	NC_015403	AAC	4	110696	110706	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	33085092
59	NC_015403	CTA	4	111911	111921	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	33085092
60	NC_015403	ATA	4	112869	112879	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33085092
61	NC_015403	TAT	4	113479	113489	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_015403	ATA	4	113906	113917	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	33085092
63	NC_015403	TAA	4	115319	115330	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_015403	TAT	4	115338	115349	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_015403	TAT	4	117886	117896	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	33085093
66	NC_015403	GCA	4	119833	119844	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	33085093
67	NC_015403	GGT	4	126490	126501	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	33085094
68	NC_015403	AAT	4	130185	130195	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33085094
69	NC_015403	TTA	4	131539	131550	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33085094

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Fistulifera sp. JPCC DA0580 chloroplast