ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Fistulifera sp. JPCC DA0580 chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015403	CTTT	3	832	843	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	33085081
2	NC_015403	AATT	3	3751	3763	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	33085081
3	NC_015403	TAAA	3	3822	3832	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	33085081
4	NC_015403	TAT	4	4896	4907	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_015403	ATAA	3	5237	5248	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	33085081
6	NC_015403	CAA	4	5392	5403	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	33085081
7	NC_015403	AGA	4	5925	5936	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33085082
8	NC_015403	TAT	4	6995	7007	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	33085082
9	NC_015403	CAA	4	7136	7146	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	33085082
10	NC_015403	TAT	4	7857	7867	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	33085082
11	NC_015403	AT	6	8792	8802	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	33085082
12	NC_015403	TTTA	3	9973	9983	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_015403	AATT	3	12005	12016	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	33085082
14	NC_015403	AATAT	3	12662	12675	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_015403	ATT	4	14168	14179	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33085083
16	NC_015403	CGAA	3	15425	15435	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	33085083
17	NC_015403	TTA	4	15890	15902	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_015403	CTGG	3	16856	16866	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	33085083
19	NC_015403	ATCT	3	17056	17068	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	33085083
20	NC_015403	ATA	4	18872	18883	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	33085083
21	NC_015403	TTG	4	19300	19311	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	33085083
22	NC_015403	CTG	4	19539	19550	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	33085083
23	NC_015403	ATT	5	20083	20097	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	33085083
24	NC_015403	ATTT	3	20266	20277	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015403	AATT	3	20715	20725	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_015403	ATTT	3	20869	20879	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	33085084
27	NC_015403	AATT	3	21357	21369	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	33085084
28	NC_015403	GAA	4	22314	22324	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	33085084
29	NC_015403	AATT	3	22855	22865	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_015403	AAAT	4	22881	22896	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
31	NC_015403	TATAT	3	25535	25548	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_015403	TCA	4	25759	25770	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
33	NC_015403	ATT	4	26378	26388	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	33085084
34	NC_015403	GCT	4	26450	26461	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	33085084
35	NC_015403	GAA	4	26603	26614	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33085084
36	NC_015403	AAAT	3	26950	26962	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	33085084
37	NC_015403	ATAA	3	28542	28552	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_015403	TAT	4	30766	30776	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_015403	AGTA	3	30985	30996	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_015403	AAGA	4	31511	31526	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	33085084
41	NC_015403	GAAA	3	31709	31719	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	33085084
42	NC_015403	AAAT	3	32009	32020	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	33085084
43	NC_015403	TAA	4	33116	33127	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_015403	TAAA	3	33532	33542	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_015403	AATA	3	35549	35560	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_015403	ATAA	3	37001	37012	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_015403	AGGT	3	37034	37045	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_015403	ATT	4	40408	40420	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	33085085
49	NC_015403	TACG	3	41201	41211	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	33085085
50	NC_015403	CTGCAC	4	42794	42817	24	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	8 %	33085085
51	NC_015403	GTGC	3	43075	43085	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	33085085
52	NC_015403	AATATT	3	43767	43784	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
53	NC_015403	ATTG	3	44770	44781	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	33085085
54	NC_015403	TGT	4	46711	46722	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	33085085
55	NC_015403	TGAAAA	3	48092	48110	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
56	NC_015403	TTTA	3	48170	48180	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	33085086
57	NC_015403	ATTT	3	49871	49882	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	33085086
58	NC_015403	TAAT	3	50567	50577	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	33085086
59	NC_015403	TAA	4	50683	50693	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33085086
60	NC_015403	CAA	4	51721	51732	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	33085086
61	NC_015403	TTTA	3	52329	52340	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_015403	TTTG	3	54351	54362	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	33085087
63	NC_015403	AAG	4	56035	56045	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	33085087
64	NC_015403	ATTA	3	56077	56087	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	33085087
65	NC_015403	ATTT	3	56411	56422	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015403	TAGT	3	57009	57021	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	33085087
67	NC_015403	GTTT	3	57460	57471	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	33085088
68	NC_015403	ACG	4	57774	57785	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	33085088
69	NC_015403	CAC	4	57890	57901	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	33085088
70	NC_015403	TTAA	3	58611	58622	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	33085088
71	NC_015403	TAA	4	59180	59191	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	33085088
72	NC_015403	TAA	4	60292	60302	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_015403	AGT	4	61571	61582	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	33085088
74	NC_015403	CAAA	3	62144	62154	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	33085088
75	NC_015403	TTG	4	62533	62544	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	33085088
76	NC_015403	AATT	3	63560	63571	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	33085088
77	NC_015403	TAAA	3	64165	64175	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_015403	TAAAA	3	64706	64720	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	33085088
79	NC_015403	AATT	3	66217	66228	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_015403	TTAA	3	66987	66998	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015403	ATT	4	67172	67182	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_015403	AAT	5	67220	67233	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_015403	ATTT	3	68122	68134	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_015403	ATTC	3	69795	69805	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	33085089
85	NC_015403	AAC	4	70043	70054	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	33085089
86	NC_015403	TA	6	70351	70362	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	33085089
87	NC_015403	TTTATA	3	71597	71615	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
88	NC_015403	AAT	4	73627	73638	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_015403	CTAT	3	75054	75066	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
90	NC_015403	TCT	4	75580	75590	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	33085089
91	NC_015403	TGC	4	75851	75862	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	33085089
92	NC_015403	ATGA	3	76155	76167	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	33085089
93	NC_015403	AAAC	3	76206	76217	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	33085089
94	NC_015403	ATT	4	76888	76900	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	33085089
95	NC_015403	GTTC	3	77335	77345	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	33085089
96	NC_015403	AAT	4	78807	78818	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	33085089
97	NC_015403	TATT	3	79776	79787	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	33085089
98	NC_015403	AATT	3	82397	82408	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_015403	TAA	4	82610	82620	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33085090
100	NC_015403	AAGT	3	83412	83423	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	33085090
101	NC_015403	AAT	4	83651	83661	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33085090
102	NC_015403	TATT	3	87508	87519	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_015403	CTTT	3	88425	88435	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
104	NC_015403	TTTA	3	89526	89536	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_015403	TTA	4	89941	89952	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_015403	TTCT	4	91539	91554	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	33085090
107	NC_015403	ATA	4	92241	92252	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_015403	ATTT	3	92415	92425	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_015403	TAT	4	93090	93100	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_015403	AT	6	93240	93251	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
111	NC_015403	TAAA	3	93738	93748	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_015403	TTGT	3	95490	95501	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_015403	TTA	4	95699	95710	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_015403	AATT	3	95717	95727	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_015403	TCAC	3	95836	95846	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
116	NC_015403	TTC	4	96315	96326	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33085090
117	NC_015403	TAAA	3	96663	96673	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	33085090
118	NC_015403	TGA	4	97159	97170	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_015403	ACC	4	97923	97934	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	33085090
120	NC_015403	TAT	4	98108	98120	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	33085090
121	NC_015403	TACAA	3	98763	98776	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	33085090
122	NC_015403	ATA	5	99185	99198	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	33085090
123	NC_015403	TGA	4	99962	99973	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	33085090
124	NC_015403	ATG	4	101069	101079	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	33085090
125	NC_015403	AAAT	3	102009	102020	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	33085090
126	NC_015403	TTAA	3	102088	102098	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	33085090
127	NC_015403	AAAGT	4	102959	102977	19	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	33085091
128	NC_015403	AAAG	3	103253	103264	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_015403	AATT	3	103366	103377	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
130	NC_015403	AAT	4	105486	105498	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	33085091
131	NC_015403	ATAA	3	105789	105800	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
132	NC_015403	TAA	4	106242	106252	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33085091
133	NC_015403	AT	7	106332	106344	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	33085091
134	NC_015403	AGA	4	107003	107014	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33085091
135	NC_015403	AT	6	107233	107244	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_015403	TAA	4	110019	110029	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33085092
137	NC_015403	TTAATT	3	110160	110177	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	33085092
138	NC_015403	ATTTTA	3	110242	110259	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
139	NC_015403	ATA	4	110442	110453	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
140	NC_015403	TTGA	3	110473	110483	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
141	NC_015403	CAG	4	110621	110632	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
142	NC_015403	AAC	4	110696	110706	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	33085092
143	NC_015403	CTA	4	111911	111921	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	33085092
144	NC_015403	ATA	4	112869	112879	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33085092
145	NC_015403	TA	8	113448	113463	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
146	NC_015403	TAT	4	113479	113489	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
147	NC_015403	ATA	4	113906	113917	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	33085092
148	NC_015403	AT	6	114376	114387	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
149	NC_015403	TAA	4	115319	115330	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
150	NC_015403	TAT	4	115338	115349	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
151	NC_015403	TAAA	3	116108	116118	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
152	NC_015403	TTTA	3	116132	116142	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	33085093
153	NC_015403	TAT	4	117886	117896	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	33085093
154	NC_015403	TAAT	3	117926	117937	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	33085093
155	NC_015403	TAAT	3	117947	117958	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	33085093
156	NC_015403	GCA	4	119833	119844	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	33085093
157	NC_015403	AAATT	3	120281	120295	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
158	NC_015403	GCAA	3	121570	121580	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	33085093
159	NC_015403	GAAC	3	125091	125102	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	33085094
160	NC_015403	GGT	4	126490	126501	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	33085094
161	NC_015403	GCTT	3	128252	128262	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	33085094
162	NC_015403	AAT	4	130185	130195	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33085094
163	NC_015403	TGTTT	4	130267	130286	20	0 %	80 %	20 %	0 %	10 %	33085094
164	NC_015403	AATT	3	130710	130720	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	33085094
165	NC_015403	ATTT	3	131171	131181	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	33085094
166	NC_015403	TTA	4	131539	131550	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33085094
167	NC_015403	AATT	3	132150	132160	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	33085094
168	NC_015403	TAACAT	3	133359	133377	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	33085095
169	NC_015403	GAAT	3	133667	133677	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33085095

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Fistulifera sp. JPCC DA0580 chloroplast