ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Moniliophthora roreri mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015400	ATC	4	123	133	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
2	NC_015400	ATA	5	425	438	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_015400	TAA	4	2067	2078	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_015400	AAT	4	5439	5449	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_015400	ATA	4	5639	5649	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_015400	GCT	4	8028	8039	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
7	NC_015400	GAG	4	8070	8081	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_015400	ATA	4	8194	8205	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_015400	ATT	7	8629	8649	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	33033947
10	NC_015400	GAA	5	8859	8873	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	33033947
11	NC_015400	TGC	4	9643	9654	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
12	NC_015400	GAA	4	10232	10242	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_015400	CTT	4	10838	10850	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
14	NC_015400	ATT	5	12094	12108	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
15	NC_015400	CTT	4	12491	12501	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
16	NC_015400	GCA	4	12714	12724	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
17	NC_015400	TAG	4	13281	13293	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_015400	AGC	4	13317	13327	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
19	NC_015400	TTA	4	14196	14207	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_015400	GAA	4	14614	14625	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_015400	TAT	4	16755	16768	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	33033944
22	NC_015400	TAA	4	16980	16991	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	33033944
23	NC_015400	TAA	4	17298	17309	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	33033944
24	NC_015400	CTT	4	18019	18030	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	33033944
25	NC_015400	TGG	4	18182	18193	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	33033944
26	NC_015400	TAC	4	18701	18711	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	33033944
27	NC_015400	TTA	4	20781	20791	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	33033944
28	NC_015400	TAA	4	22182	22192	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33033944
29	NC_015400	GAA	4	22993	23004	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_015400	AGA	4	23943	23955	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	33033947
31	NC_015400	TAA	4	24307	24317	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_015400	TTA	4	25116	25128	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	33033944
33	NC_015400	TAT	4	27471	27482	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33033945
34	NC_015400	TTA	4	29737	29748	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33033945
35	NC_015400	TAT	12	29823	29856	34	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33033945
36	NC_015400	TTC	4	29989	29999	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	33033945
37	NC_015400	AAT	4	31695	31707	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	33033945
38	NC_015400	TTA	4	32444	32455	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_015400	ATT	4	33015	33025	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_015400	ATT	5	33261	33276	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
41	NC_015400	GCT	4	33919	33930	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	33033947
42	NC_015400	TTA	4	34274	34285	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33033947
43	NC_015400	TTA	4	34474	34485	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33033947
44	NC_015400	TTA	4	36111	36122	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_015400	GAA	4	37910	37921	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_015400	CTT	4	38340	38351	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
47	NC_015400	GAA	5	38418	38432	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
48	NC_015400	GAA	4	39171	39182	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_015400	CTT	5	39186	39200	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
50	NC_015400	CTT	5	39286	39300	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
51	NC_015400	TTA	4	40258	40268	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	33033945
52	NC_015400	AAG	4	40634	40645	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_015400	ATT	4	41198	41208	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	33033945
54	NC_015400	TAT	4	42127	42137	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	33033945
55	NC_015400	TAT	4	42650	42661	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_015400	TAA	4	44321	44332	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_015400	TGC	4	44402	44412	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
58	NC_015400	AAG	4	44692	44703	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_015400	AAG	6	45206	45223	18	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
60	NC_015400	AAG	4	46204	46215	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_015400	ATA	5	47677	47690	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
62	NC_015400	GAA	4	48605	48616	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_015400	AAG	4	48954	48965	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_015400	TTC	4	49664	49675	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33033945
65	NC_015400	TAT	4	49768	49779	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33033945
66	NC_015400	GCT	4	50201	50212	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
67	NC_015400	CTT	4	50392	50403	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
68	NC_015400	AAT	4	51592	51603	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_015400	TAA	4	51605	51615	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_015400	CTG	4	51711	51721	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
71	NC_015400	ATA	4	51972	51984	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
72	NC_015400	AAG	4	52509	52520	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_015400	GCT	4	52585	52597	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
74	NC_015400	TAA	4	52666	52677	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_015400	CTT	4	53034	53045	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
76	NC_015400	AGA	4	53406	53417	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33033947
77	NC_015400	GAA	5	53456	53470	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	33033947
78	NC_015400	GCA	5	54022	54035	14	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
79	NC_015400	TAA	4	54546	54557	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	33033945
80	NC_015400	AAT	4	54864	54876	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	33033945
81	NC_015400	TAT	4	55073	55084	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33033945
82	NC_015400	TAA	7	55406	55427	22	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33033945
83	NC_015400	TAA	4	55770	55781	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	33033945
84	NC_015400	AAT	4	55901	55913	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	33033945
85	NC_015400	ATA	4	56257	56267	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33033945
86	NC_015400	TAA	4	56458	56469	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	33033947
87	NC_015400	TAA	4	56677	56688	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	33033947
88	NC_015400	TAT	4	56913	56924	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33033947
89	NC_015400	TAT	9	57049	57075	27	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	33033947
90	NC_015400	AAT	5	59046	59060	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	33033948
91	NC_015400	TTA	5	59094	59109	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	33033948
92	NC_015400	TAT	4	61942	61952	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	33033948
93	NC_015400	TAT	4	61954	61964	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	33033948
94	NC_015400	TTA	4	61967	61981	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	33033948
95	NC_015400	TAT	5	61986	62000	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	33033948
96	NC_015400	GTT	4	62898	62908	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	33033948
97	NC_015400	ATT	4	63011	63022	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33033948
98	NC_015400	AAG	4	63078	63089	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33033948
99	NC_015400	TTA	4	65568	65580	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	33033948
100	NC_015400	TAA	4	66661	66671	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33033948
101	NC_015400	TAT	4	66717	66728	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_015400	TTA	4	67067	67079	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
103	NC_015400	ATT	4	67705	67717	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	33033948
104	NC_015400	ATT	4	68574	68585	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33033949
105	NC_015400	ATT	4	68644	68655	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33033949
106	NC_015400	ATA	5	68985	69000	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	33033949
107	NC_015400	TAG	4	70018	70028	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_015400	TAC	4	70204	70215	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
109	NC_015400	TAT	6	70878	70894	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
110	NC_015400	TGA	4	71496	71506	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	33033946
111	NC_015400	TAT	4	71582	71592	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	33033946
112	NC_015400	ATT	4	71687	71698	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33033946
113	NC_015400	TTA	4	72586	72597	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33033946
114	NC_015400	TAT	4	74535	74546	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33033946
115	NC_015400	TTA	4	75562	75572	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	33033946
116	NC_015400	TTA	4	76087	76098	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_015400	TAC	4	76300	76310	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
118	NC_015400	CTT	4	77708	77722	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
119	NC_015400	TTC	4	78176	78188	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	33033946
120	NC_015400	ATT	4	78369	78380	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	33033946
121	NC_015400	TGT	4	79271	79281	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	33033946
122	NC_015400	ATT	7	82623	82643	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	33033946
123	NC_015400	TAT	4	83197	83208	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_015400	CTT	4	83287	83301	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
125	NC_015400	TAA	4	84527	84538	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_015400	TAT	5	85414	85428	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
127	NC_015400	ATG	4	85665	85676	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_015400	AAT	4	85813	85825	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
129	NC_015400	AAG	4	85965	85976	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
130	NC_015400	ATT	4	86053	86064	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
131	NC_015400	TAT	4	86119	86130	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
132	NC_015400	AGA	4	87275	87286	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
133	NC_015400	CTT	4	87292	87303	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Moniliophthora roreri mitochondrion