ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Coccomyxa sp. C-169 mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015316	TGC	4	506	517	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015316	GCA	4	2502	2513	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
3	NC_015316	CTGC	3	2735	2746	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
4	NC_015316	CACC	3	3212	3223	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	32719522
5	NC_015316	TGCA	3	3630	3640	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
6	NC_015316	TG	6	4317	4328	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_015316	CGG	4	4803	4814	12	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
8	NC_015316	AG	6	5836	5846	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_015316	GAGAAA	4	6404	6427	24	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_015316	GCAA	3	7882	7893	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
11	NC_015316	AGC	5	8810	8825	16	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
12	NC_015316	AAAC	3	9471	9481	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	32719522
13	NC_015316	GGA	4	10543	10554	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	32719522
14	NC_015316	TGGG	3	10684	10695	12	0 %	25 %	75 %	0 %	8 %	32719522
15	NC_015316	AGCC	3	11039	11049	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
16	NC_015316	CAG	4	11946	11957	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
17	NC_015316	TTGCA	3	12243	12257	15	20 %	40 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015316	GCT	4	12393	12404	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
19	NC_015316	CTCTTC	3	15107	15124	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	32719522
20	NC_015316	CTGCA	3	15349	15364	16	20 %	20 %	20 %	40 %	6 %	Non-Coding
21	NC_015316	ACCTCT	5	15364	15393	30	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	3 %	Non-Coding
22	NC_015316	GTGCA	4	15401	15421	21	20 %	20 %	40 %	20 %	4 %	Non-Coding
23	NC_015316	CT	7	15426	15439	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
24	NC_015316	TGC	5	15451	15464	14	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
25	NC_015316	TCAAAT	4	18539	18562	24	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	4 %	Non-Coding
26	NC_015316	CGGG	3	19163	19174	12	0 %	0 %	75 %	25 %	8 %	Non-Coding
27	NC_015316	GAA	4	19879	19890	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	32719523
28	NC_015316	TGC	4	20282	20293	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015316	AG	6	20380	20390	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_015316	AGA	4	20661	20672	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	32719523
31	NC_015316	AGGT	3	21338	21349	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_015316	TG	7	21871	21883	13	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	32719523
33	NC_015316	CTG	4	22650	22661	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
34	NC_015316	GCCC	3	24024	24034	11	0 %	0 %	25 %	75 %	9 %	Non-Coding
35	NC_015316	AAG	4	24146	24156	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_015316	TTGG	3	24878	24889	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	32719523
37	NC_015316	TGC	4	25562	25574	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
38	NC_015316	TGCTTC	6	25865	25900	36	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
39	NC_015316	ATGCA	3	25991	26004	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
40	NC_015316	TCAA	3	28620	28630	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
41	NC_015316	CTTC	7	29844	29871	28	0 %	50 %	0 %	50 %	10 %	Non-Coding
42	NC_015316	TAGT	3	31153	31165	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	32719524
43	NC_015316	TGC	4	33154	33164	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
44	NC_015316	GCAC	3	33865	33876	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	32719524
45	NC_015316	CTC	4	34892	34903	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	32719524
46	NC_015316	GCA	6	37032	37050	19	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10 %	Non-Coding
47	NC_015316	CTG	4	37489	37500	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
48	NC_015316	CAG	4	37525	37536	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
49	NC_015316	GTT	4	38854	38864	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_015316	GCA	4	40289	40301	13	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
51	NC_015316	CT	6	40509	40519	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
52	NC_015316	CTG	4	41064	41075	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015316	AGAC	3	43479	43491	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
54	NC_015316	CTC	4	44582	44593	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	32719524
55	NC_015316	CAG	4	45470	45481	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	32719524
56	NC_015316	GCATGG	3	46143	46160	18	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
57	NC_015316	TCT	4	46856	46867	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	32719524
58	NC_015316	CTCATG	3	49175	49192	18	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
59	NC_015316	CAG	5	50174	50188	15	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
60	NC_015316	CAG	4	50746	50757	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
61	NC_015316	TCT	4	52400	52411	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32719524
62	NC_015316	AGGA	3	53620	53630	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_015316	TGCAAT	4	54204	54226	23	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
64	NC_015316	CGAG	3	56053	56063	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
65	NC_015316	TTGCA	4	56783	56802	20	20 %	40 %	20 %	20 %	5 %	Non-Coding
66	NC_015316	GGA	4	57012	57022	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_015316	AGC	4	57107	57119	13	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
68	NC_015316	AACAT	3	57271	57285	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
69	NC_015316	AAGC	3	58200	58210	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
70	NC_015316	TATC	3	59969	59980	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	32719525
71	NC_015316	CTG	4	61089	61100	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015316	AGC	4	61270	61280	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
73	NC_015316	GGGCT	3	62443	62456	14	0 %	20 %	60 %	20 %	7 %	32719525
74	NC_015316	ACA	4	63952	63963	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
75	NC_015316	CAAG	3	64351	64363	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
76	NC_015316	TTC	4	64889	64900	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Coccomyxa sp. C-169 mitochondrion